SAXSdb — 4cyc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX

DROSOPHILA MELANOGASTER

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE × 1 （P40427） 5'-D(GPTPCPGPCPCPAPTPAPAPAPTPCPAPCP)-3' × 1 5'-D(APCPGPTPGPAPTPTPTPAPTPGPGPCPGP)-3' × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBX_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–93； UniProt 233–324

HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE

DROSOPHILA MELANOGASTER

UniProt P40427

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX × 1 （P83949） 5'-D(GPTPCPGPCPCPAPTPAPAPAPTPCPAPCP)-3' × 1 5'-D(APCPGPTPGPAPTPTPTPAPTPGPGPCPGP)-3' × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXD_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–76； UniProt 238–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4cyc
沉积日期 deposition_date	2014-04-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, HOX, PBC, DNA PROTEIN COMPLEX; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4cyc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4cyc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4cyc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.59 Å
Rg（电子密度）	18.27 Å
总 Rg	19.03 Å
原子数	1688
残基数	154
排除体积	28107 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4cyc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX
分子量 formula_weight	11459.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1776

MQASNHTFYPWMAIAGTNGLRRRGRQTYTRYQTLELEKEFHTNHYLTRRRRIEMAHALCLTERQIKIWFQNRRMKLKKEIQAIKELNEQEKQA

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE
分子量 formula_weight	8857.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GARRKRRNFSKQASEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELARKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKAQEEANLYAA

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(GPTPCPGPCPCPAPTPAPAPAPTPCPAP*CP)-3'
分子量 formula_weight	4538.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GTCGCCATAAATCAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(APCPGPTPGPAPTPTPTPAPTPGPGPCP*GP)-3'
分子量 formula_weight	4640.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ACGTGATTTATGGCG

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	68

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4cycA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	4cycB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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晶胞边长 a length_a	97.707 Å
晶胞边长 b length_b	97.707 Å
晶胞边长 c length_c	73.735 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2128
R_work r_work	0.2121
R_free r_free	0.2268

CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cyc__assembly_1__model_1

4cyc__assembly_1__model_1 | I(q)

4cyc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4cyc__assembly_1__model_1

4cyc__assembly_1__model_1 | I(q)

4cyc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)