SAXSdb — 4cyc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX

DROSOPHILA MELANOGASTER

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 233–324	片段：HOMEODOMAIN WITH HX AND UBDA, RESIDUES 233-367	HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE × 1 （P40427） 5'-D(GPTPCPGPCPCPAPTPAPAPAPTPCPAPCP)-3' × 1 5'-D(APCPGPTPGPAPTPTPTPAPTPGPGPCPGP)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.1 M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.5	分辨率 2.36 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4CYC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B8I STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX 提交 1999-02-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 233–313（81 aa）片段：YPWM MOTIF AND HOMEODOMAIN	突变：C139S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；0.6M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.304
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 292–367（76 aa）片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000	分辨率 2.55 Å R-free 0.239
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 292–367（76 aa）片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000	分辨率 2.55 Å R-free 0.239
4UUT Crystal structure of the Ultrabithorax protein 提交 2014-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 233–324（92 aa）片段：HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 233-324	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% 1-4 BUTANEDIOL, 0.2M LISO4, 0.1M MES PH 6	分辨率 2.80 Å R-free 0.237
8F36 Ubx Homeodomain NMR solution structure 提交 2022-11-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–354（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）128；压力 1 NMR样品组成 0.76 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UbxHD, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 2 mM TCEP, 5 mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9YZP Isoreticular co-crystal 1 with asymmetrical expanded duplex (31mer) containing insert sequence TGATGAGCAG and loaded with ultrabithorax homeodomain 提交 2025-10-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 295–354（60 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；40mM Magnesium acetate, 1.5M Lithium sulfate, 50mM MES pH 6.5. The crystal was crosslinked with 45mg/mL EDC overnight, and then looped into a solution of 50mM potassium chloride, 4mM calcium chloride, 10% glycerol, and 10mM Tris hydrochloride for 1 hour. The drop was then supplemented with 40 micromolar Ultrabithorax homeodomain.	分辨率 3.67 Å R-free 0.295
9YZR Isoreticular co-crystal 1 with asymmetrical expanded duplex (31mer) containing insert sequence TAATTAGGCCG and loaded with ultrabithorax homeodomain 提交 2025-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 295–354（60 aa）链 E 295–354（60 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30mM magnesium acetate, 900mM Lithium sulfate, 50mM MES pH 6.5. The crystal was crosslinked with 48mg/mL EDC overnight, and then looped into a solution of 35mM potassium chloride, 4mM calcium chloride, 10% glycerol, and 10mM Tris hydrochloride for 1 hour. The drop was then supplemented with 80 micromolar Ultrabithorax homeodomain.	分辨率 3.39 Å R-free 0.298

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBX_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–93； UniProt 233–324

HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE

DROSOPHILA MELANOGASTER

UniProt P40427

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 238–312	片段：HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312	HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX × 1 （P83949） 5'-D(GPTPCPGPCPCPAPTPAPAPAPTPCPAPCP)-3' × 1 5'-D(APCPGPTPGPAPTPTPTPAPTPGPGPCPGP)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.1 M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.5	分辨率 2.36 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4CYC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B8I STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX 提交 1999-02-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 238–300（63 aa）片段：HOMEODOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；0.6M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.304
2R5Y Structure of Scr/Exd complex bound to a consensus Hox-Exd site 提交 2007-09-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 238–300（63 aa）片段：Homeobox TALE-type DNA-binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；277 K；20% MPD, 10-14% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.2M potassium chloride, 0.1M Tris , pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.299
2R5Z Structure of Scr/Exd complex bound to a DNA sequence derived from the fkh gene 提交 2007-09-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 238–300（63 aa）片段：Homeobox TALE-type DNA-binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；10-14 % PEG 4K, 20 % MPD, 0.1 M Tris, pH 8.7-8.9, 0.2 M Sodium Acetate, 0.2 M Potassium Chloride	分辨率 2.60 Å R-free 0.303
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 238–312（75 aa）片段：HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000	分辨率 2.55 Å R-free 0.239
4UUS CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF 提交 2014-07-31	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 238–312（75 aa）片段：HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000	分辨率 2.55 Å R-free 0.239
5ZJQ Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Red14' DNA sequence 提交 2018-03-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 237–310（74 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200mM MgCl2, 0.1M Tris pH 5.8, 17.5% PEG 4000, 5% glycerol	分辨率 2.44 Å R-free 0.252
5ZJR Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Magenta14' DNA sequence 提交 2018-03-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 237–310（74 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；90mM MgCl2, 0.1M Tris pH9.0, 22% PEG 3350	分辨率 3.03 Å R-free 0.288
5ZJS Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Blue14' DNA sequence 提交 2018-03-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 237–310（74 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM MgCl2, 0.1M Tris pH 5.8, 17.5% PEG 3350, 2.5% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.281
5ZJT Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Black14' DNA sequence 提交 2018-03-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 237–310（74 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M Sodium citrate pH 5.3, 25% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.276
7YB4 Solution structure of homeodomain of EXTRADENTICLE 提交 2022-06-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 238–300（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Homeobox protein Extradenticle, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Homeobox protein Extradenticle, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXD_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–76； UniProt 238–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4cyc
沉积日期 deposition_date	2014-04-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, HOX, PBC, DNA PROTEIN COMPLEX; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.27 Å
零角强度 I(0) i0	16109800.00
分子量 molecular_weight	24464.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28107 Å³
包络体积 envelope_volume	35868 Å³
水化壳体积 shell_volume	16828 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.1 Å
壳层 Rg shell_rg	23.91 Å
包络 Rg envelope_rg	18.48 Å
形状 Rg shape_rg	18.25 Å
总 Rg total_rg	19.03 Å
总原子数 total_atoms	1688
残基数 n_residues	154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8049
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.265
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2335000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX
分子量 formula_weight	11459.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1776

MQASNHTFYPWMAIAGTNGLRRRGRQTYTRYQTLELEKEFHTNHYLTRRRRIEMAHALCLTERQIKIWFQNRRMKLKKEIQAIKELNEQEKQA

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE
分子量 formula_weight	8857.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GARRKRRNFSKQASEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELARKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKAQEEANLYAA

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(GPTPCPGPCPCPAPTPAPAPAPTPCPAP*CP)-3'
分子量 formula_weight	4538.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GTCGCCATAAATCAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(APCPGPTPGPAPTPTPTPAPTPGPGPCP*GP)-3'
分子量 formula_weight	4640.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ACGTGATTTATGGCG

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	68

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4cycA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	4cycB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.707 Å
晶胞边长 b length_b	97.707 Å
晶胞边长 c length_c	73.735 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2128
R_work r_work	0.2121
R_free r_free	0.2268

fit	/app/data/saxs_computation/cy/4cyc/4cyc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/4cyc/4cyc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/4cyc/4cyc.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)