4d76

Human FXIa in complex with small molecule inhibitors.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULATION FACTOR XI

HOMO SAPIENS

UniProt P03951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 388–625 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 388-625 突变:YES GOL GLYCEROL × 3 J1J N-[(2S)-1-({5-[(diaminomethylidene)amino]pentyl}amino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]-4-hydroxy-2-oxo-1,2-dihydroquinoline-6-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS-CL PH 8.5, 0.2M NACL 分辨率 1.77 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA11_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–238; UniProt 388–625

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4d76

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4d76
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4d76
沉积日期 deposition_date2014-11-20
结构标题 titleHuman FXIa in complex with small molecule inhibitors.
关键词 keywordsHYDROLASE, SERINE PROTEASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.88
零角强度 I(0) i014160100.00
分子量 molecular_weight27575.0 kDa
排除体积 excluded_volume34206 ų
包络体积 envelope_volume38901 ų
水化壳体积 shell_volume18662 ų
包络直径 envelope_diameter57.7
壳层 Rg shell_rg23.67
包络 Rg envelope_rg17.28
形状 Rg shape_rg16.85
总 Rg total_rg17.99
总原子数 total_atoms1936
残基数 n_residues218
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.9
Rg (实空间) rg_real18.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real1.4160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8936
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.8
偏度 Skewness skewness0.130
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.4350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5053000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4d76a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4d76A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4d76A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)