4dbl

Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 import system permease protein BtuC

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD × 2 （P06611） Vitamin B12-binding protein × 1 （P37028） PHOSPHATE ION × 2 SULFATE ION × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD × 2 （P06611） Vitamin B12-binding protein × 1 （P37028） PHOSPHATE ION × 2 SULFATE ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–349； UniProt 1–326 作者链 B； PDB构建体 24–349； UniProt 1–326 作者链 F； PDB构建体 24–349； UniProt 1–326 作者链 G； PDB构建体 24–349； UniProt 1–326

Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

Escherichia coli

UniProt P06611

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Vitamin B12 import system permease protein BtuC × 2 （P06609） Vitamin B12-binding protein × 1 （P37028） PHOSPHATE ION × 2 SULFATE ION × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Vitamin B12 import system permease protein BtuC × 2 （P06609） Vitamin B12-binding protein × 1 （P37028） PHOSPHATE ION × 2 SULFATE ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 H； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 I； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

Vitamin B12-binding protein

Escherichia coli

UniProt P37028

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Vitamin B12 import system permease protein BtuC × 2 （P06609） Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD × 2 （P06611） PHOSPHATE ION × 2 SULFATE ION × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Vitamin B12 import system permease protein BtuC × 2 （P06609） Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD × 2 （P06611） PHOSPHATE ION × 2 SULFATE ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–246； UniProt 22–266 作者链 J； PDB构建体 2–246； UniProt 22–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dbl
沉积日期 deposition_date	2012-01-16
结构标题 title	Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF
关键词 keywords	ABC transporter for vitamin B12, ATP binding, inner membrane, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dbl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dbl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dbl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.65 Å
Rg（电子密度）	37.89 Å
总 Rg	38.26 Å
原子数	10615
残基数	1389
排除体积	191610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dbl__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4dbl__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin B12 import system permease protein BtuC
分子量 formula_weight	37650.6 kDa
突变 mutation	C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,F,G
原子数 atom_count	21230

MGHHHHHHHHHHSSGENLYFQGHMLTLARQQQRQNIRWLLSLSVLMLLALLLSLSAGEQWISPGDWFTPRGELFVWQIRLPRTLAVLLVGAALAISGAVMQALFENPLAEPGLLGVSNGAGVGLIAAVLLGQGQLPNWALGLSAIAGALIITLILLRFARRHLSTSRLLLAGVALGIISSALMTWAIYFSTSVDLRQLMYWMMGGFGGVDWRQSWLMLALIPVLLWISSQSRPMNMLALGEISARQLGLPLWFWRNVLVAATGWMVGVSVALAGAIGFIGLVIPHILRLSGLTDHRVLLPGCALAGASALLLADIVARLALAAAELPIGVVTATLGAPVFIWLLLKAGR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD
分子量 formula_weight	27097.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.33
突变 mutation	C180S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,H,I

MSIVMQLQDVAESTRLGPLSGEVRAGEILHLVGPNGAGKSTLLARMAGMTSGKGSIQFAGQPLEAWSATKLALHRAYLSQQQTPPFATPVWHYLTLHQHDKTRTELLNDVAGALALDDKLGRSTNQLSGGEWQRVRLAAVVLQITPQANPAGQLLLLDQPMNSLDVAQQSALDKILSALSQQGLAIVMSSHDLNHTLRHAHRAWLLKGGKMLASGRREEVLTPPNLAQAYGMNFRRLDIEGHRMLISTI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Vitamin B12-binding protein
分子量 formula_weight	28238.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

MAAPRVITLSPANTELAFAAGITPVGVSSYSDYPPQAQKIEQVSTWQGMNLERIVALKPDLVIAWRGGNAERQVDQLASLGIKVMWVDATSIEQIANALRQLAPWSPQPDKAEQAAQSLLDQYAQLKAQYADKPKKRVFLQFGINPPFTSGKESIQNQVLEVCGGENIFKDSRVPWPQVSREQVLARSPQAIVITGGPDQIPKIKQYWGEQLKIPVIPLTSDWFERASPRIILAAQQLCNALSQVDSGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4dblA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	4dblB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	4dblC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4dblD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4dblE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	4dblE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	4dblF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	4dblG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC

结构域编号 domain_id	4dblH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4dblI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4dblJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	4dblJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

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晶胞边长 a length_a	133.650 Å
晶胞边长 b length_b	166.930 Å
晶胞边长 c length_c	132.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.493 Å
最低分辨率 resolution_low	30.015 Å
R 因子 r_factor	0.2153
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2513

Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 import system permease protein BtuC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vitamin B12-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dbl__assembly_1__model_1

4dbl__assembly_1__model_1 | I(q)

4dbl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 import system permease protein BtuC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vitamin B12-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dbl__assembly_1__model_1

4dbl__assembly_1__model_1 | I(q)

4dbl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)