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1B2I
KRINGLE 2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN: NMR SOLUTION STRUCTURE OF TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID (AMCHA) COMPLEX
提交 1999-09-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
181–263(83 aa)
片段:KRINGLE 2 DOMAIN
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突变:C181T, E182S, C188G
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AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.1;310 K;离子强度(mmCIF原始值)SEE PAPER;压力 AMBIENT
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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1BML
COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE
提交 1999-05-25
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
561–810(250 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
链 B
561–810(250 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
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突变:S741A
突变:S741A
|
未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;pH 8.0
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.291
|
|
1BML
COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE
提交 1999-05-25
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
561–810(250 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:S741A
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;pH 8.0
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.291
|
|
1BML
COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE
提交 1999-05-25
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
561–810(250 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:S741A
|
未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;pH 8.0
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.291
|
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1BUI
Structure of the ternary microplasmin-staphylokinase-microplasmin complex: a proteinase-cofactor-substrate complex in action
提交 1998-09-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
561–810(250 aa)
片段:Peptidase S1 catalytic domain
链 B
561–810(250 aa)
片段:Peptidase S1 catalytic domain
|
未记录
|
0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;pH 7.5
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.287
|
|
1CEA
THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID)
提交 1995-12-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
100–187(88 aa)
片段:KRINGLE 1
|
未记录
|
ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.06 Å
|
|
1CEA
THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID)
提交 1995-12-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
100–187(88 aa)
片段:KRINGLE 1
|
未记录
|
ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.06 Å
|
|
1CEB
THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID)
提交 1995-12-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
100–187(88 aa)
片段:KRINGLE 1
|
未记录
|
AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.07 Å
|
|
1CEB
THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID)
提交 1995-12-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
100–187(88 aa)
片段:KRINGLE 1
|
未记录
|
AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.07 Å
|
|
1DDJ
CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN
提交 1999-11-10
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
564–810(247 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:S741A
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.267
|
|
1DDJ
CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN
提交 1999-11-10
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
564–810(247 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:S741A
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.267
|
|
1DDJ
CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN
提交 1999-11-10
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 C
564–810(247 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:S741A
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.267
|
|
1DDJ
CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN
提交 1999-11-10
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 D
564–810(247 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:S741A
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.267
|
|
1HPJ
SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, 12 STRUCTURES
提交 1996-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
103–181(79 aa)
片段:KRINGLE 1 DOMAIN
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.3;310 K
|
分辨率未提供
|
|
1HPK
SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
提交 1996-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
103–181(79 aa)
片段:KRINGLE 1 DOMAIN
|
未记录
|
ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.3;310 K
|
分辨率未提供
|
|
1I5K
STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN
提交 2001-02-27
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
183–262(80 aa)
片段:MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN
链 B
183–262(80 aa)
片段:MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN
|
突变:C4G/E56D/L72Y
突变:C4G/E56D/L72Y
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.262
|
|
1KI0
The X-ray Structure of Human Angiostatin
提交 2001-12-02
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
100–352(253 aa)
|
突变:N289E
|
BCN BICINE × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;277 K;PEG 20,000, bicine, dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.75 Å
R-free 0.263
|
|
1KRN
STRUCTURE OF KRINGLE 4 AT 4C TEMPERATURE AND 1.67 ANGSTROMS RESOLUTION
提交 1995-06-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
374–461(88 aa)
片段:KRINGLE 4 DOMAIN
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
CRYSTALLIZED FROM BASA (BENZYL AMIN SULFONIC ACID) BUT ONLY SULFATE VISIBLE IN THE STRUCTURE.
|
分辨率 1.67 Å
R-free 0.232
|
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1L4D
CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX
提交 2002-03-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
562–810(249 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791
|
突变:S741A
|
SO4 SULFATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.263
|
|
1L4D
CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX
提交 2002-03-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
562–810(249 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791
|
突变:S741A
|
SO4 SULFATE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.263
|
|
1L4D
CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX
提交 2002-03-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
562–810(249 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791
|
突变:S741A
|
SO4 SULFATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.263
|
|
1L4Z
X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS
提交 2002-03-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
563–810(248 aa)
片段:Catalytic domain, Residues 544-791
|
突变:S741A
|
CD CADMIUM ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.262
|
|
1L4Z
X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS
提交 2002-03-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
563–810(248 aa)
片段:Catalytic domain, Residues 544-791
|
突变:S741A
|
CD CADMIUM ION × 12
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.262
|
|
1PK4
CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 4 REFINED AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION
提交 1991-07-18
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
376–454(79 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 1.90 Å
|
|
1PKR
THE STRUCTURE OF RECOMBINANT PLASMINOGEN KRINGLE 1 AND THE FIBRIN BINDING SITE
提交 1993-08-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
101–181(81 aa)
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.48 Å
|
|
1PMK
KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES
提交 1994-04-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
374–461(88 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.25 Å
|
|
1PMK
KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES
提交 1994-04-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
374–461(88 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.25 Å
|
|
1QRZ
CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN
提交 1999-06-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
565–810(246 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:M585Q, V673M, M788L
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.294
|
|
1QRZ
CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN
提交 1999-06-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
565–810(246 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:M585Q, V673M, M788L
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.294
|
|
1QRZ
CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN
提交 1999-06-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 C
565–810(246 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:M585Q, V673M, M788L
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.294
|
|
1QRZ
CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN
提交 1999-06-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 D
565–810(246 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
|
突变:M585Q, V673M, M788L
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.294
|
|
1RJX
Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT
提交 2003-11-20
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
564–810(247 aa)
片段:Serine Protease CATALYTIC DOMAIN
|
突变:K698M, R561A
|
SO4 SULFATE ION × 8
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 5.6;293 K;Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.245
|
|
1RJX
Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT
提交 2003-11-20
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 24
PDB 声明:24-meric
|
链 B
564–810(247 aa)
片段:Serine Protease CATALYTIC DOMAIN
|
突变:K698M, R561A
|
SO4 SULFATE ION × 192
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 5.6;293 K;Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.245
|
|
1RJX
Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT
提交 2003-11-20
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
|
链 B
564–810(247 aa)
片段:Serine Protease CATALYTIC DOMAIN
|
突变:K698M, R561A
|
SO4 SULFATE ION × 48
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
hanging drop;pH 5.6;293 K;Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.245
|
|
2DOH
The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound a to a peptide from the group A streptococcal surface protein PAM
提交 2006-04-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 X
100–333(234 aa)
片段:Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3
|
突变:N289E
|
DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;20% PEG 8000, 0.1M potassium phosphate (dihydrate), 5% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.260
|
|
2DOI
The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM
提交 2006-04-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 X
100–333(234 aa)
片段:Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3
|
突变:N289E
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.296
|
|
2DOI
The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM
提交 2006-04-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
100–333(234 aa)
片段:Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3
|
突变:N289E
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.296
|
|
2KNF
Solution structure and functional characterization of human plasminogen kringle 5
提交 2009-08-21
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
480–562(83 aa)
|
突变:A14V
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.1;压力 ambient
NMR样品组成
50 mM sodium phosphate, 11 mM AMCHA, 2.2 mM rK5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供
|
|
2L0S
Solution Structure of Human Plasminogen Kringle 3
提交 2010-07-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
272–354(83 aa)
片段:UNP residues 272-354, Kringle 3 Domain
|
突变:C43S
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 ambient
NMR测量条件
298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 ambient
NMR样品组成
1.0 mM [U-97% 15N] hPgn rK3-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供
|
|
2PK4
THE REFINED STRUCTURE OF THE EPSILON-AMINOCAPROIC ACID COMPLEX OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE
提交 1991-07-18
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
375–454(80 aa)
|
未记录
|
ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.25 Å
|
|
3UIR
Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex
提交 2011-11-05
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
564–810(247 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.78 Å
R-free 0.258
|
|
3UIR
Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex
提交 2011-11-05
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
564–810(247 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.78 Å
R-free 0.258
|
|
4A5T
STRUCTURAL BASIS FOR THE CONFORMATIONAL MODULATION
提交 2011-10-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 S
20–810(791 aa)
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.49 Å
R-free 0.250
|
|
4CIK
plasminogen kringle 1 in complex with inhibitor
提交 2013-12-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
101–181(81 aa)
片段:KRINGLE 1, RESIDUES 101-181
|
未记录
|
XO3 5-[(2R,4S)-2-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]-1,2-oxazol-3-one × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 1.78 Å
R-free 0.292
|
|
4DUR
The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen
提交 2012-02-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
20–810(791 aa)
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 4
K POTASSIUM ION × 1
BCT BICARBONATE ION × 1
ACT ACETATE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.215
|
|
4DUR
The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen
提交 2012-02-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
其他组合
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
20–810(791 aa)
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 3
K POTASSIUM ION × 1
BCT BICARBONATE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.215
|
|
4DUU
The X-ray Crystal Structure of Full-Length type I Human Plasminogen
提交 2012-02-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
20–810(791 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;2M sodium formate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.20 Å
R-free 0.312
|
|
5HPG
STRUCTURE AND LIGAND DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE 5 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN
提交 1997-09-19
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
480–563(84 aa)
片段:KRINGLE 5
链 B
480–563(84 aa)
片段:KRINGLE 5
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;24% (W/V) PEG 8000, 0.1 M NA-HEPES, PH 7.0, 0.15 M LI2(SO4)
|
分辨率 1.66 Å
|
|
5UGD
Protease Inhibitor
提交 2017-01-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
562–810(249 aa)
片段:UNP residues 562-810
|
未记录
|
89S Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(pyridin-4-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000,
4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol,
0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)
|
分辨率 1.38 Å
R-free 0.182
|
|
5UGG
Protease Inhibitor
提交 2017-01-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
562–810(249 aa)
片段:UNP residues 562-810
|
未记录
|
89M Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(quinolin-2-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000,
4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol,
0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)
|
分辨率 1.20 Å
R-free 0.176
|
|
6D3X
Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma
提交 2018-04-17
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
565–810(246 aa)
片段:UNP residues 565-810
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;293 K;21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 1.80 Å
R-free 0.216
|
|
6D3X
Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma
提交 2018-04-17
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
565–810(246 aa)
片段:UNP residues 565-810
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;293 K;21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 1.80 Å
R-free 0.216
|
|
6D3Y
Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma
提交 2018-04-17
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
564–810(247 aa)
片段:UNP residues 564-810
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 1
GOL GLYCEROL × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.1 M 2-ethanesulfonic acid, 0.15 M ammonium sulfate, 13% PEG4000
|
分辨率 1.32 Å
R-free 0.213
|
|
6D3Z
Protease SFTI complex
提交 2018-04-17
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
565–810(246 aa)
片段:UNP residues 565-810
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;293 K;0.1 M sodium acetate, 1 M sodium formate
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.203
|
|
6D40
Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma
提交 2018-04-17
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
563–810(248 aa)
片段:UNP residues 563-810
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;15% PEG4000, 0.1 M MES, 0.15 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.43 Å
R-free 0.210
|
|
6OG4
plasminogen binding group A streptococcal M protein
提交 2019-04-01
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
183–264(82 aa)
片段:Kringle 2 domain (UNP residues 183-264)
链 B
183–264(82 aa)
片段:Kringle 2 domain (UNP residues 183-264)
|
突变:C169A
突变:C169A
|
SO4 SULFATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å
R-free 0.220
|
|
6Q1U
Structure of plasmin and peptide complex
提交 2019-08-06
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
562–810(249 aa)
|
未记录
|
WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;100 mM Sodium Citrate,
100 mM MgCl2,
18% PEG 4000
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.287
|
|
6Q1U
Structure of plasmin and peptide complex
提交 2019-08-06
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
562–810(249 aa)
|
未记录
|
WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;100 mM Sodium Citrate,
100 mM MgCl2,
18% PEG 4000
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.287
|
|
6UZ4
Solution structure of AGL55-Kringle 2 complex
提交 2019-11-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
185–262(78 aa)
|
突变:C11G, E63D, L79Y
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] AGL55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM AGL55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供
|
|
6UZ5
Solution structure of KTI55-Kringle 2 complex
提交 2019-11-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
185–262(78 aa)
|
突变:C11G, E63D, L79Y
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KTI55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM KTI55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供
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7E50
Crystal structure of human microplasmin in complex with kazal-type inhibitor AaTI
提交 2021-02-16
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构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 B
564–810(247 aa)
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未记录
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GOL GLYCEROL × 1
NA SODIUM ION × 3
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296 K;0.2 M Ammonium formate, 20 % polyethylene glycol 3350 pH 6.6
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分辨率 1.95 Å
R-free 0.275
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7THS
Macrocyclic plasmin inhibitor
提交 2022-01-12
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
561–810(250 aa)
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突变:S760A
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I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 4
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
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分辨率 1.80 Å
R-free 0.208
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7THS
Macrocyclic plasmin inhibitor
提交 2022-01-12
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 B
561–810(250 aa)
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突变:S760A
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I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 3
I5Q (2S)-butane-1,2-diol × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
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分辨率 1.80 Å
R-free 0.208
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7UAH
Macrocyclic plasmin inhibitor
提交 2022-03-12
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
561–810(250 aa)
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突变:S760A
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M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol
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分辨率 1.57 Å
R-free 0.192
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7UAH
Macrocyclic plasmin inhibitor
提交 2022-03-12
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
561–810(250 aa)
|
突变:S760A
|
M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 2
NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol
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分辨率 1.57 Å
R-free 0.192
|
|
8F7U
Macrocyclic Plasmin Inhibitor
提交 2022-11-20
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
561–810(250 aa)
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突变:S760A
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GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.7;293 K;14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.47 Å
R-free 0.189
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|
8F7U
Macrocyclic Plasmin Inhibitor
提交 2022-11-20
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
561–810(250 aa)
|
突变:S760A
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GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 4
GOL GLYCEROL × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.7;293 K;14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.47 Å
R-free 0.189
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8F7V
Macrocyclic plasmin inhibitor
提交 2022-11-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
561–810(250 aa)
|
未记录
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EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.65 Å
R-free 0.187
|
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8F7V
Macrocyclic plasmin inhibitor
提交 2022-11-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
561–810(250 aa)
|
未记录
|
EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1
SO4 SULFATE ION × 6
GOL GLYCEROL × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.65 Å
R-free 0.187
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8UQ6
Human Plasminogen bound to streptococcal surface enolase
提交 2023-10-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
20–810(791 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.60 Å
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9AZK
Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin
提交 2024-03-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
561–810(250 aa)
片段:serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录
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A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
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分辨率 2.10 Å
R-free 0.255
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9AZK
Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin
提交 2024-03-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
561–810(250 aa)
片段:serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录
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A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.255
|
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9AZK
Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin
提交 2024-03-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 C
561–810(250 aa)
片段:serine protease domain (UNP residues 561-810)
|
未记录
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A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.255
|
|
9AZK
Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin
提交 2024-03-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 D
561–810(250 aa)
片段:serine protease domain (UNP residues 561-810)
|
未记录
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A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.255
|
|
9AZK
Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin
提交 2024-03-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 5
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 E
561–810(250 aa)
片段:serine protease domain (UNP residues 561-810)
|
未记录
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A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.255
|
|
9AZK
Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin
提交 2024-03-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 6
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 F
561–810(250 aa)
片段:serine protease domain (UNP residues 561-810)
|
未记录
|
A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.255
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