4dcb

Y. pestis Plasminogen Activator Pla in Complex with Human Plasminogen Activation Loop Peptide ALP11

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulase/fibrinolysin

Yersinia pestis

UniProt P17811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–312 突变:D84N Plasminogen × 1 (P00747) MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M NH4KH2PO4 and 0.1M NaOAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.03 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COLY_YERPE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–288; UniProt 25–312

Plasminogen

物种未注明

UniProt P00747

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 576–585 未记录 Coagulase/fibrinolysin × 1 (P17811) MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M NH4KH2PO4 and 0.1M NaOAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.03 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、76 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLMN_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–10; UniProt 576–585

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4dcb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4dcb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4dcb
沉积日期 deposition_date2012-01-17
结构标题 titleY. pestis Plasminogen Activator Pla in Complex with Human Plasminogen Activation Loop Peptide ALP11
关键词 keywordsBeta barrel, Plasminogen activator, Protease, Outer membrane, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.53
零角强度 I(0) i019636700.00
分子量 molecular_weight33164.0 kDa
排除体积 excluded_volume41245 ų
包络体积 envelope_volume49313 ų
水化壳体积 shell_volume19449 ų
包络直径 envelope_diameter79.8
壳层 Rg shell_rg28.16
包络 Rg envelope_rg23.00
形状 Rg shape_rg22.51
总 Rg total_rg23.34
总原子数 total_atoms2341
残基数 n_residues288
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.7
Rg (实空间) rg_real23.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real1.9640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19640000.0000
解质量估计 total_estimate0.8295
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.5
偏度 Skewness skewness0.566
峰度 Kurtosis kurtosis-0.293
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5737000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.681; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.755; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)