SAXSdb — 4dcn

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 14–179 链 B； UniProt 14–179	片段：N-terminus truncated Arl1, residues 14-179 突变：Q71L	Arfaptin-2 × 2 （P53365） MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；100mM HEPES, 200mM Ammonium Sulfate, 25%(w/v) PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 3.01 Å R-free 0.333

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DCN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1UPT Structure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1 提交 2003-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 15–181（167 aa）片段：RESIDUES 15-181 链 C 15–181（167 aa）片段：RESIDUES 15-181	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；GROWTH IN 20% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5. RESERVOIR EXCHANGED FOR 31% PEG 3350, 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5, FROZEN IN 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5.	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
1UPT Structure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1 提交 2003-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 15–181（167 aa）片段：RESIDUES 15-181 链 G 15–181（167 aa）片段：RESIDUES 15-181	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；GROWTH IN 20% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5. RESERVOIR EXCHANGED FOR 31% PEG 3350, 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5, FROZEN IN 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5.	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
5EE5 Structure of human ARL1 in complex with the DCB domain of BIG1 提交 2015-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–181（167 aa）	突变：delta N14, Q71L	NA SODIUM ION × 14 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 8K/PEG 1k 10% Sodium Acetate 0.1-0.2mM Tris pH8.5 glacial acetic 0.100mM	分辨率 2.28 Å R-free 0.259
5J5C Crystal structure of ARL1-GTP and DCB domain of BIG1 complex 提交 2016-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–181（166 aa）片段：small GTPase, UNP residues 16-181	突变：Q71L	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；289 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic, 0.1M Tris-HCl pH 9.1, and 27% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.258

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–166； UniProt 14–179 作者链 B； PDB构建体 1–166； UniProt 14–179

Arfaptin-2

Homo sapiens

UniProt P53365

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 118–315 链 D； UniProt 118–315	片段：C-terminal BAR domain, residues 118-315	ADP-ribosylation factor-like protein 1 × 2 （P40616） MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；100mM HEPES, 200mM Ammonium Sulfate, 25%(w/v) PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 3.01 Å R-free 0.333

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DCN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I49 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ARFAPTIN 提交 2001-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341 链 B 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, ISOPROPANOL, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
1I4D CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GDP COMPLEXED WITH ARFAPTIN (P21) 提交 2001-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341 链 B 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；Tris, Peg20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1I4L CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GDP IN COMPLEX WITH ARFAPTIN (P41) 提交 2001-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341 链 B 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；Tris, PEG20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.301
1I4L CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GDP IN COMPLEX WITH ARFAPTIN (P41) 提交 2001-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341 链 B 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；Tris, PEG20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.301
1I4T CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GMPPNP IN COMPLEX WITH ARFAPTIN 提交 2001-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341 链 B 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；Tris, PEG20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1I4T CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GMPPNP IN COMPLEX WITH ARFAPTIN 提交 2001-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341 链 B 118–341（224 aa）片段：RESIDUES 118-341	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；Tris, PEG20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
2DCO S1P4 First Extracellular Loop Peptidomimetic 提交 2006-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 235–244（10 aa）片段：Extracellular Loop 1 链 A 260–261（2 aa）片段：Extracellular Loop 1 链 A 264–267（4 aa）片段：Extracellular Loop 1	突变：L10C/A28C 突变：L10C/A28C 突变：L10C/A28C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06 mol/kg；压力 1 NMR样品组成 1mM CCE1a U-15N; 10mM phosphate buffer pH 6; 20% TFE-d3, 0.025% NaN3 \| 20% TFE-d3 NMR样品组成 3mM CCE1a U-15N,13C; 10mM phosphate buffer pH 6; 20% TFE-d3, 0.025% NaN3 \| 20% TFE-d3	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARFP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–198； UniProt 118–315 作者链 D； PDB构建体 1–198； UniProt 118–315

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dcn
沉积日期 deposition_date	2012-01-18
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of the Arfaptin2 BAR domain in Complex with ARL1
关键词 keywords	Small GTPase Effector Complex, BAR domain, Membrane deformation, PROTEIN BINDING-SIGNALING PROTEIN complex; PROTEIN BINDING/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.21 Å
零角强度 I(0) i0	104020000.00
分子量 molecular_weight	82657.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103600 Å³
包络体积 envelope_volume	145340 Å³
水化壳体积 shell_volume	32033 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.25 Å
包络 Rg envelope_rg	42.43 Å
形状 Rg shape_rg	42.19 Å
总 Rg total_rg	42.22 Å
总原子数 total_atoms	5801
残基数 n_residues	719
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7531
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.441
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.734
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4789000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.525; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.422; Smooth: 0.789

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor-like protein 1
分子量 formula_weight	18729.6 kDa
突变 mutation	Q71L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5805

GTREMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKNLKFQVWDLGGLTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAILVVFANKQDMEQAMTSSEMANSLGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Arfaptin-2
分子量 formula_weight	22548.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSRTVDLELELQIELLRETKRKYESVLQLGRALTAHLYSLLQTQHALGDAFADLSQKSPELQEEFGYNAETQKLLCKNGETLLGAVNFFVSSINTLVTKTMEDTLMTVKQYEAARLEYDAYRTDLEELSLGPRDAGTRGRLESAQATFQAHRDKYEKLRGDVAIKLKFLEENKIKVMHKQLLLFHNAVSAYFAGNQKQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4dcna_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d4dcnb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d4dcnc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family family	a.238.1.2 — Arfaptin, Rac-binding fragment

结构域编号 domain_id	d4dcnd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family family	a.238.1.2 — Arfaptin, Rac-binding fragment

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4dcnA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4dcnB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4dcnC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain

结构域编号 domain_id	4dcnD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	62.764 Å
晶胞边长 b length_b	111.125 Å
晶胞边长 c length_c	119.809 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2642
R_free r_free	0.3330

fit	/app/data/saxs_computation/dc/4dcn/4dcn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dc/4dcn/4dcn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dc/4dcn/4dcn.dat

Crystal Structure Analysis of the Arfaptin2 BAR domain in Complex with ARL1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Arfaptin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)