4ddg

Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9	Polyubiquitin-C × 6 （P0CG48）	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 9	Polyubiquitin-C × 6 （P0CG48）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2D2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147 作者链 B； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147 作者链 C； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147 作者链 J； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147 作者链 K； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147 作者链 L； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1

Homo sapiens

UniProt Q96FW1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9	Polyubiquitin-C × 6 （P0CG48）	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 9	Polyubiquitin-C × 6 （P0CG48）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OTUB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 153–399； UniProt 25–271 作者链 B； PDB构建体 153–399； UniProt 25–271 作者链 C； PDB构建体 153–399； UniProt 25–271 作者链 J； PDB构建体 153–399； UniProt 25–271 作者链 K； PDB构建体 153–399； UniProt 25–271 作者链 L； PDB构建体 153–399； UniProt 25–271

Polyubiquitin-C

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 9	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 3 （P62837,Q96FW1）	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 9	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1 × 3 （P62837,Q96FW1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 M； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 N； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 O； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 P； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 Q； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 R； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ddg
沉积日期 deposition_date	2012-01-18
结构标题 title	Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub
关键词 keywords	inhibition, HYDROLASE-LIGASE complex; HYDROLASE/LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ddg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ddg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ddg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.57 Å
Rg（电子密度）	42.22 Å
总 Rg	42.51 Å
原子数	13284
残基数	1653
排除体积	236530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ddg__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ddg__assembly_2__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1
分子量 formula_weight	45782.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19, 3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,J,K,L
原子数 atom_count	26568

GAMALKRIHKELNDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSISLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDREKYNRIAREWTQKYAMGGSAYDEAIMAQQDRIQQEIAVQNPLVSERLELSVLYKEYAEDDNIYQQKIKDLHKKYSYIRKTRPDGNSFYRAFGFSHLEALLDDSKELQRFKAVSAKSKEDLVSQGFTEFTIEDFHNTFMDLIEQVEKQTSVADLLASFNDQSTSDYLVVYLRLLTSGYLQRESKFFEHFIEGGRTVKEFCQQEVEPMCKESDHIHIIALAQALSVSIQVEYMDRGEGGTTNPHIFPEGSEPKVYLLYRPGHYDILYK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,I,M,N,O,P,Q,R

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id	4ddgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4ddgA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	4ddgA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	4ddgB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4ddgB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	4ddgB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	4ddgC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4ddgC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	4ddgC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	4ddgD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4ddgJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	4ddgJ03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	4ddgK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4ddgK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	4ddgK03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	4ddgL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4ddgL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	4ddgL03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Peptidase C65 Otubain, subdomain 2

结构域编号 domain_id	4ddgM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4ddgR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	134.566 Å
晶胞边长 b length_b	104.928 Å
晶胞边长 c length_c	148.479 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.299 Å
最低分辨率 resolution_low	49.121 Å
R 因子 r_factor	0.2356
R_work r_work	0.2332
R_free r_free	0.2802

Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ddg__assembly_1__model_1

4ddg__assembly_1__model_1 | I(q)

4ddg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2, Ubiquitin thioesterase OTUB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ddg__assembly_1__model_1

4ddg__assembly_1__model_1 | I(q)

4ddg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)