SAXSdb — 4dhx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

80 kDa MCM3-associated protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1163–1235	片段：ENY2-binding region residues 1163-1235	Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog × 2 （Q9NPA8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；11% PEG 8000, 0.2M NaOAc, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1163–1235	片段：ENY2-binding region residues 1163-1235	Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog × 2 （Q9NPA8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；11% PEG 8000, 0.2M NaOAc, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4DHX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8R7J Cryo-EM structure of the human TREX-2 complex 提交 2023-11-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 582–1004（423 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8R7K Cryo-EM structure of the human UAP56 - TREX-2 complex 提交 2023-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 582–1004（423 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9DLP Cryo-EM structure of human TREX-2 complex bound to DDX39B(UAP56) 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 358–1000（643 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9T6N Cryo-EM structure of the human GANP-PCID2-DSS1 complex bound to UAP56 提交 2025-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 598–998（401 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.00 Å
9UPB Structure of the human TREX-2 bound to UAP56 提交 2025-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 580–1000（421 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
9UPC Structure of human TREX-2 提交 2025-04-28	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 580–1000（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCM3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–75； UniProt 1163–1235 作者链 D； PDB构建体 3–75； UniProt 1163–1235

Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog

Homo sapiens

UniProt Q9NPA8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–101 链 C； UniProt 1–101	未记录	80 kDa MCM3-associated protein × 1 （O60318）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；11% PEG 8000, 0.2M NaOAc, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–101 链 F； UniProt 1–101	未记录	80 kDa MCM3-associated protein × 1 （O60318）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；11% PEG 8000, 0.2M NaOAc, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENY2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 C； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 E； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 F； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dhx
沉积日期 deposition_date	2012-01-30
结构标题 title	ENY2:GANP complex
关键词 keywords	mRNA export, TRANSPORT PROTEIN-DNA binding Protein complex; TRANSPORT PROTEIN/DNA binding Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.14 Å
零角强度 I(0) i0	53160400.00
分子量 molecular_weight	57999.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72878 Å³
包络体积 envelope_volume	105490 Å³
水化壳体积 shell_volume	26273 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.20 Å
包络 Rg envelope_rg	35.51 Å
形状 Rg shape_rg	36.17 Å
总 Rg total_rg	36.27 Å
总原子数 total_atoms	8309
残基数 n_residues	508
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8250
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.483
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.430
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3221000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.581; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	80 kDa MCM3-associated protein
分子量 formula_weight	8555.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8559

GSLVLSELSQGLAVELMERVMMEFVRETCSQELKNAVETDQRVRVARCCEDVCAHLVDLFLVEEIFQTAKETLQE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog
分子量 formula_weight	11551.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F

MVVSKMNKDAQMRAAINQKLIETGERERLKELLRAKLIECGWKDQLKAHCKEVIKEKGLEHVTVDDLVAEITPKGRALVPDSVKKELLQRIRTFLAQHASL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4dhxa_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.135 — Sac3 CID region-like
超家族 Superfamily superfamily	j.135.1 — Sac3 CID region-like
家族 Family family	j.135.1.1 — Sac3 CID region-like

结构域编号 domain_id	d4dhxb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

结构域编号 domain_id	d4dhxc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

结构域编号 domain_id	d4dhxd_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.135 — Sac3 CID region-like
超家族 Superfamily superfamily	j.135.1 — Sac3 CID region-like
家族 Family family	j.135.1.1 — Sac3 CID region-like

结构域编号 domain_id	d4dhxe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

结构域编号 domain_id	d4dhxf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4dhxA00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1340 —

结构域编号 domain_id	4dhxB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4dhxC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4dhxD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1340 —

结构域编号 domain_id	4dhxE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4dhxF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.592 Å
晶胞边长 b length_b	76.124 Å
晶胞边长 c length_c	70.612 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	19.884 Å
R 因子 r_factor	0.2239
R_work r_work	0.2224
R_free r_free	0.2504

fit	/app/data/saxs_computation/dh/4dhx/4dhx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/4dhx/4dhx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/4dhx/4dhx.dat

ENY2:GANP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

80 kDa MCM3-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Enhancer of yellow 2 transcription factor homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)