4dkl

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera

Enterobacteria phage T4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	methyl 4-{[(5beta,6alpha)-17-(cyclopropylmethyl)-3,14-dihydroxy-4,5-epoxymorphinan-6-yl]amino}-4-oxobutanoate × 2 SULFATE ION × 24 CHOLESTEROL × 2 [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 4 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYS_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 213–372； UniProt 2–161

Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera

Enterobacteria phage T4

UniProt P42866

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	methyl 4-{[(5beta,6alpha)-17-(cyclopropylmethyl)-3,14-dihydroxy-4,5-epoxymorphinan-6-yl]amino}-4-oxobutanoate × 2 SULFATE ION × 24 CHOLESTEROL × 2 [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 4 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OPRM_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 52–263 作者链 A； PDB构建体 373–463； UniProt 270–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dkl
沉积日期 deposition_date	2012-02-03
结构标题 title	Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist
关键词 keywords	G-protein coupled receptor, 7 transmembrane receptor, SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex; SIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dkl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dkl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dkl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.56 Å
Rg（电子密度）	32.41 Å
总 Rg	33.04 Å
原子数	7306
残基数	884
排除体积	132900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dkl__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera
分子量 formula_weight	52778.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	D1020N, C1054T, C1097A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3690

GSHSLCPQTGSPSMVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYEKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCIPTSSTIEQP

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
通用名 common_name	mouse, bacteriophage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	methyl 4-{[(5beta,6alpha)-17-(cyclopropylmethyl)-3,14-dihydroxy-4,5-epoxymorphinan-6-yl]amino}-4-oxobutanoate
分子量 formula_weight	456.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	[(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4dklA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	4dklA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	70.882 Å
晶胞边长 b length_b	174.730 Å
晶胞边长 c length_c	68.353 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.488 Å
R 因子 r_factor	0.2347
R_work r_work	0.2326
R_free r_free	0.2753

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dkl__assembly_1__model_1

4dkl__assembly_1__model_1 | I(q)

4dkl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dkl__assembly_1__model_1

4dkl__assembly_1__model_1 | I(q)

4dkl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)