4dx5

Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acriflavine resistance protein B

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DARPIN × 2 GLYCEROL × 15 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 8 N-OCTANE × 7 DECANE × 6 HEXANE × 5 DODECANE × 4 (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 1 TETRADECANE × 1 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 1 nonane × 1 SULFATE ION × 1 UNDECANE × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACRB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049 作者链 B； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049 作者链 C； PDB构建体 1–1049； UniProt 1–1049

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4dx5
沉积日期 deposition_date	2012-02-27
结构标题 title	Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop
关键词 keywords	DARPin, multidrug efflux protein, MEMBRANE PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4dx5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4dx5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4dx5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.70 Å
Rg（电子密度）	47.11 Å
总 Rg	47.33 Å
原子数	27227
残基数	3418
排除体积	483470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4dx5__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acriflavine resistance protein B
分子量 formula_weight	114736.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	29010

MPNFFIDRPIFAWVIAIIIMLAGGLAILKLPVAQYPTIAPPAVTISASYPGADAKTVQDTVTQVIEQNMNGIDNLMYMSSNSDSTGTVQITLTFESGTDADIAQVQVQNKLQLAMPLLPQEVQQQGVSVEKSSSSFLMVVGVINTDGTMTQEDISDYVAANMKDAISRTSGVGDVQLFGSQYAMRIWMNPNELNKFQLTPVDVITAIKAQNAQVAAGQLGGTPPVKGQQLNASIIAQTRLTSTEEFGKILLKVNQDGSRVLLRDVAKIELGGENYDIIAEFNGQPASGLGIKLATGANALDTAAAIRAELAKMEPFFPSGLKIVYPYDTTPFVKISIHEVVKTLVEAIILVFLVMYLFLQNFRATLIPTIAVPVVLLGTFAVLAAFGFSINTLTMFGMVLAIGLLVDDAIVVVENVERVMAEEGLPPKEATRKSMGQIQGALVGIAMVLSAVFVPMAFFGGSTGAIYRQFSITIVSAMALSVLVALILTPALCATMLKPIAKGDHGEGKKGFFGWFNRMFEKSTHHYTDSVGGILRSTGRYLVLYLIIVVGMAYLFVRLPSSFLPDEDQGVFMTMVQLPAGATQERTQKVLNEVTHYYLTKEKNNVESVFAVNGFGFAGRGQNTGIAFVSLKDWADRPGEENKVEAITMRATRAFSQIKDAMVFAFNLPAIVELGTATGFDFELIDQAGLGHEKLTQARNQLLAEAAKHPDMLTSVRPNGLEDTPQFKIDIDQEKAQALGVSINDINTTLGAAWGGSYVNDFIDRGRVKKVYVMSEAKYRMLPDDIGDWYVRAADGQMVPFSAFSSSRWEYGSPRLERYNGLPSMEILGQAAPGKSTGEAMELMEQLASKLPTGVGYDWTGMSYQERLSGNQAPSLYAISLIVVFLCLAALYESWSIPFSVMLVVPLGVIGALLAATFRGLTNDVYFQVGLLTTIGLSAKNAILIVEFAKDLMDKEGKGLIEATLDAVRMRLRPILMTSLAFILGVMPLVISTGAGSGAQNAVGTGVMGGMVTATVLAIFFVPVFFVVVRRRFSRKNEDIEHSHTVDHHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DARPIN
分子量 formula_weight	18317.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MRGSHHHHHHGSDLGKKLLEAARAGRDDEVRILMANGADVNAADVVGWTPLHLAAYWGHLEIVEVLLKNGADVNAYDTLGSTPLHLAAHFGHLEIVEVLLKNGADVNAKDDNGITPLHLAANRGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTAFDISINNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	SYNTHETIC CONSTRUCT
通用名 common_name	ARTIFICIAL GENE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEXANE
分子量 formula_weight	86.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	(4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE
分子量 formula_weight	457.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	nonane
分子量 formula_weight	128.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	UNDECANE
分子量 formula_weight	156.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1783

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

结构域编号 domain_id	4dx5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4dx5A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1320 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like

结构域编号 domain_id	4dx5A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	4dx5A05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4dx5A06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5A07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5A08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	4dx5B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4dx5B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1320 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like

结构域编号 domain_id	4dx5B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	4dx5B05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4dx5B06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5B07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5B08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	4dx5C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4dx5C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1320 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like

结构域编号 domain_id	4dx5C04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	4dx5C05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1640 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4dx5C06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5C07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	4dx5C08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	4dx5D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	4dx5E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

▶

晶胞边长 a length_a	145.990 Å
晶胞边长 b length_b	161.720 Å
晶胞边长 c length_c	245.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	39.468 Å
R 因子 r_factor	0.2018
R_work r_work	0.2002
R_free r_free	0.2312

Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acriflavine resistance protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dx5__assembly_1__model_1

4dx5__assembly_1__model_1 | I(q)

4dx5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)

Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acriflavine resistance protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4dx5__assembly_1__model_1

4dx5__assembly_1__model_1 | I(q)

4dx5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)