4e47

SET7/9 in complex with inhibitor (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6- sulfonamide and S-adenosylmethionine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SETD7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366 作者链 C； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366 作者链 D； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4e47
沉积日期 deposition_date	2012-03-12
结构标题 title	SET7/9 in complex with inhibitor (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6- sulfonamide and S-adenosylmethionine
关键词 keywords	;ternary complex, SET domain, methyltransferase, inhibitor, S-adenosylmethionine, chromatin regulator, chromosomal protein, nucleus, transcription, transcription regulation, transferase, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4e47__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4e47__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4e47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.65 Å
Rg（电子密度）	19.66 Å
总 Rg	20.54 Å
原子数	1982
残基数	246
排除体积	34759 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4e47__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4e47__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4e47__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4e47__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
分子量 formula_weight	29684.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8934

QYKDNIRHGVCWIYYPDGGSLVGEVNEDGEMTGEKIAYVYPDERTALYGKFIDGEMIEGKLATLMSTEEGRPHFELMPGNSVYHFDKSTSSCISTNALLPDPYESERVYVAESLISSAGEGLFSKVAVGPNTVMSFYNGVRITHQEVDSRDWALNGNTLSLDEETVIDVPEPYNHVSKYCASLGHKANHSFTPNCIYDMFVHPRFGPIKCIRTLRAVEADEELTVAYGYDHSPPGKSGPEAPEWYQVELKAFQATQQKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide
分子量 formula_weight	438.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	857

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4e47a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4e47a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4e47a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4e47b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4e47b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4e47b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4e47c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4e47c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4e47c3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4e47d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4e47d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4e47d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4e47A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4e47A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	4e47B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4e47B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	4e47C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4e47C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	4e47D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4e47D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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晶胞边长 a length_a	117.343 Å
晶胞边长 b length_b	133.799 Å
晶胞边长 c length_c	136.865 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	39.880 Å
R 因子 r_factor	0.1616
R_work r_work	0.1595
R_free r_free	0.2007

SET7/9 in complex with inhibitor (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6- sulfonamide and S-adenosylmethionine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4e47__assembly_1__model_1

4e47__assembly_1__model_1 | I(q)

4e47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

SET7/9 in complex with inhibitor (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6- sulfonamide and S-adenosylmethionine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4e47__assembly_1__model_1

4e47__assembly_1__model_1 | I(q)

4e47__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)