4e5d

2.2A resolution structure of a firefly luciferase-benzothiazole inhibitor complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

物种未注明

UniProt P08659

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–550 未记录 0NJ 2-(2-fluorophenyl)-6-methoxy-1,3-benzothiazole × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;277 K;25% (v/v) PEG 400, 20% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LUCI_PHOPY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–550; UniProt 1–550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4e5d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4e5d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4e5d
沉积日期 deposition_date2012-03-14
结构标题 title2.2A resolution structure of a firefly luciferase-benzothiazole inhibitor complex
关键词 keywords;OXIDOREDUCTASE, MONOOXYGENASE, PHOTOPROTEIN, LUMINESCENCE, profiling, PubChem, luciferase, quantitative high-throughput screening, qHTS, firefly luciferase, reporter-gene assays, adenylate forming enzymes, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex ;; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.24
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.34
零角强度 I(0) i066231700.00
分子量 molecular_weight43505.0 kDa
排除体积 excluded_volume42578 ų
包络体积 envelope_volume66770 ų
水化壳体积 shell_volume25572 ų
包络直径 envelope_diameter72.1
壳层 Rg shell_rg28.57
包络 Rg envelope_rg21.51
形状 Rg shape_rg21.34
总 Rg total_rg21.99
总原子数 total_atoms3302
残基数 n_residues425
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.5
Rg (实空间) rg_real22.13
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real6.6230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal66230000.0000
解质量估计 total_estimate0.7152
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.4
偏度 Skewness skewness0.181
峰度 Kurtosis kurtosis-0.471
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14450000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.189; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4e5da_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamilye.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family familye.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4e5dA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12780 — ANL, N-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)