4e5x

Crystal structure of a complex between the human adenovirus type 2 E3-19K protein and MHC class I molecule HLA-A2/Tax

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:heavy chain Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Protein Tax-1 × 1 (P0C213) Early E3 18.5 kDa glycoprotein × 1 (P68979) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–299 片段:heavy chain Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Protein Tax-1 × 1 (P0C213) Early E3 18.5 kDa glycoprotein × 1 (P68979) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、464 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–275; UniProt 25–299 作者链 D; PDB构建体 1–275; UniProt 25–299

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 片段:Beta 2-microglobulin HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Protein Tax-1 × 1 (P0C213) Early E3 18.5 kDa glycoprotein × 1 (P68979) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–119 片段:Beta 2-microglobulin HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Protein Tax-1 × 1 (P0C213) Early E3 18.5 kDa glycoprotein × 1 (P68979) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119 作者链 E; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Protein Tax-1

物种未注明

UniProt P0C213

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 11–19 片段:Tax peptide HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Early E3 18.5 kDa glycoprotein × 1 (P68979) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 11–19 片段:Tax peptide HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Early E3 18.5 kDa glycoprotein × 1 (P68979) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAX_HTL1F
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 11–19 作者链 F; PDB构建体 1–9; UniProt 11–19

Early E3 18.5 kDa glycoprotein

Human adenovirus 6

UniProt P68979

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 18–117 片段:Ad2 e3-19K HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Protein Tax-1 × 1 (P0C213) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 18–117 片段:Ad2 e3-19K HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Protein Tax-1 × 1 (P0C213) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;290 K;0.8M succinic acid pH7.0 0.1M calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K 分辨率 1.95 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E3GL_ADE06
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–100; UniProt 18–117 作者链 H; PDB构建体 1–100; UniProt 18–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4e5x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4e5x
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4e5x
沉积日期 deposition_date2012-03-14
结构标题 titleCrystal structure of a complex between the human adenovirus type 2 E3-19K protein and MHC class I molecule HLA-A2/Tax
关键词 keywords;Ad2 E3-19K-HLA-A2 complex, unique tertiary structure, Adenovirus E3-19K, Immune evasion function, MHC class I molecule, Endoplasmic reticulum, IMMUNE SYSTEM-TRANSCRIPTION complex ;; IMMUNE SYSTEM/TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.81
零角强度 I(0) i0202028000.00
分子量 molecular_weight112900.0 kDa
排除体积 excluded_volume140130 ų
包络体积 envelope_volume191310 ų
水化壳体积 shell_volume43450 ų
包络直径 envelope_diameter125.0
壳层 Rg shell_rg42.11
包络 Rg envelope_rg37.63
形状 Rg shape_rg37.78
总 Rg total_rg38.19
总原子数 total_atoms7967
残基数 n_residues964
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.4
Rg (实空间) rg_real38.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82
I(0) (实空间) i0_real2.0200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal202000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8936
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.8
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.630
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17520000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.938

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4e5xA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4e5xA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4e5xB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4e5xD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id4e5xD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4e5xE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4e5xG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3530
结构域编号 domain_id4e5xH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3530

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)