4ejx

Structure of ceruloplasmin-myeloperoxidase complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ceruloplasmin

物种未注明

UniProt P00450

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1065 未记录 Myeloperoxidase light chain × 1 (P05164) Myeloperoxidase heavy chain × 1 (P05164) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;280 K;40% MPD, 0.2 M potassium fluoride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K 分辨率 4.69 Å R-free 0.401

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CERU_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1065; UniProt 1–1065

Myeloperoxidase light chain

物种未注明

UniProt P05164

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 165–278 链 D; UniProt 279–745 片段:UNP residues 165-278 片段:UNP residues 279-745 Ceruloplasmin × 1 (P00450) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;280 K;40% MPD, 0.2 M potassium fluoride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K 分辨率 4.69 Å R-free 0.401

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、108 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PERM_HUMAN
Isoform
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 165–278 作者链 D; PDB构建体 1–467; UniProt 279–745

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ejx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ejx
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ejx
沉积日期 deposition_date2012-04-07
结构标题 titleStructure of ceruloplasmin-myeloperoxidase complex
关键词 keywordscupredoxin domains, glycoproteins, protein-protein interaction, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.10
零角强度 I(0) i0533651000.00
分子量 molecular_weight186110.0 kDa
排除体积 excluded_volume231540 ų
包络体积 envelope_volume284240 ų
水化壳体积 shell_volume63061 ų
包络直径 envelope_diameter127.1
壳层 Rg shell_rg44.28
包络 Rg envelope_rg36.16
形状 Rg shape_rg36.09
总 Rg total_rg36.59
总原子数 total_atoms13093
残基数 n_residues1604
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.5
Rg (实空间) rg_real36.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real5.3360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal533700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8902
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.4
偏度 Skewness skewness0.303
峰度 Kurtosis kurtosis-0.399
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha140200000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.907

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)