SAXSdb — 4etp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin-like protein KAR3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Spindle pole body-associated protein VIK1 × 1 （Q12045） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 6 N,N'-ethane-1,2-diylbis(2-iodoacetamide) × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAR3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 26–403； UniProt 352–729

Spindle pole body-associated protein VIK1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12045

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Kinesin-like protein KAR3 × 1 （P17119） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 GLYCEROL × 6 N,N'-ethane-1,2-diylbis(2-iodoacetamide) × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VIK1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 27–333； UniProt 341–647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4etp
沉积日期 deposition_date	2012-04-24
结构标题 title	C-terminal motor and motor homology domain of Kar3Vik1 fused to a synthetic heterodimeric coiled coil
关键词 keywords	;Kinesin Motor Protein, Kinesin Motor Homology Domain, karyogamy, mitosis, microtubules, internal Vik1 crosslink with N, N-Ethylenebis(iodoacetamide), Nucleus, MOTOR PROTEIN ;; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4etp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4etp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4etp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.80 Å
Rg（电子密度）	31.54 Å
总 Rg	32.27 Å
原子数	5418
残基数	666
排除体积	96776 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4etp__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinesin-like protein KAR3
分子量 formula_weight	45178.9 kDa
突变 mutation	C391L, C469A, C517A, C566V, C655V)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5681

GASKIAALKEKIAALKEKIAALKEKIKDTELGMKELNEILIKEETVRRTLHNELQELRGNIRVYLRIRPALKNLENSDTSLINVNEFDDNSGVQSMEVTKIQNTAQVHEFKFDKIFDQQDTNVDVFKEVGQLVQSSLDGYNVAIFAYGQTGSGKTFTMLNPGDGIIPSTISHIFNWINKLKTKGWDYKVNAEFIEIYNENIVDLLRSDNNNKEDTSIGLKHEIRHDQETKTTTITNVTSVKLESEEMVEIILKKANKLRSTASTASNEHSSRSHSIFIIHLSGSNAKTGAHSYGTLNLVDLAGSERINVSQVVGDRLRETQNINKSLSALGDVIHALGQPDSTKRHIPFRNSKLTYLLQYSLTGDSKTLMFVNISPSSSHINETLNSLRFASKVNSTRLVSRK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spindle pole body-associated protein VIK1
分子量 formula_weight	38478.7 kDa
突变 mutation	C377V, C436A, C536A, C596A, C640A, E355C, K423C)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GASEIAALEKEIAALEKEIAALEKEISKQEKFYNDTYNTVCKELLRSRRLENSIIEQKGTMRVYAYVMEQNLPENLLFDYENGVITQGLSEHVYKFNRVIPHLKVSEDCFFTQEYSVYHDMALNQKKNFNLISLSTTPHGSLRESLIKFLAEKDTIYQKQYVITLQFVFLSDDEFSQDMLLDYSHNDKDSIKLKFEKHSISLDSKLVIIENGLEDLPLNFSADEHPNLPHSGMGIIKVQFFPRDSKSDGNNDPVPVDFYFIELNNLKSIEQFDKSIFKKESAETPIALVLKKLISDTKSFFLLNLNDSKNVNKLLTISEEVQTQLAKRKKKLT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N,N'-ethane-1,2-diylbis(2-iodoacetamide)
分子量 formula_weight	396.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	246

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4etpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	850 — Kinesin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Kinesin motor domain

结构域编号 domain_id	4etpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	850 — Kinesin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	88.060 Å
晶胞边长 b length_b	94.939 Å
晶胞边长 c length_c	114.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	24.970 Å
R 因子 r_factor	0.2092
R_work r_work	0.2073
R_free r_free	0.2447

C-terminal motor and motor homology domain of Kar3Vik1 fused to a synthetic heterodimeric coiled coil

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin-like protein KAR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Spindle pole body-associated protein VIK1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4etp__assembly_1__model_1

4etp__assembly_1__model_1 | I(q)

4etp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

C-terminal motor and motor homology domain of Kar3Vik1 fused to a synthetic heterodimeric coiled coil

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin-like protein KAR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spindle pole body-associated protein VIK1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4etp__assembly_1__model_1

4etp__assembly_1__model_1 | I(q)

4etp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)