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4f7n

Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 11 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 8

Homo sapiens

UniProt P49336

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–403 片段：UNP residues 1-403 Cyclin-C × 1 （P24863） 0SV 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K 分辨率 2.65 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4F7N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3RGF Crystal Structure of human CDK8/CycC 提交 2011-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
4CRL Crystal structure of human CDK8-Cyclin C in complex with cortistatin A 提交 2014-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-403
未记录 C1I CORTISTATIN A × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
4F6S Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 7 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SQ 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4F6U Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 5 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SR 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea × 1 NA SODIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.10 Å R-free 0.198
4F6W Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 1 (N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SS N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.39 Å R-free 0.234
4F70 Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 4 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0ST 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
4F7J Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 3 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea) 提交 2012-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SU 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
4F7L Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 2 (tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate) 提交 2012-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SO tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
4F7S Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SW N-(2-phenylethyl)quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
4G6L Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-07-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.266
5BNJ CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH 8-{3-Chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-phenyl]-pyridin- 4-yl}-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-05-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：KINASE DOMAIN, residues 3-405
未记录 4TV 8-{3-chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]pyridin-4-yl}-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9,
分辨率 2.64 Å R-free 0.273
5CEI Crystal structure of CDK8:Cyclin C complex with compound 22 提交 2015-07-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 7 50R 4-(4-iodophenoxy)-N-methylthieno[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.24 Å R-free 0.227
5FGK CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-(3-Amino-1H-indazol-6-yl)-5-chloro- pyridine-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 5XG 8-[3-(3-azanyl-2~{H}-indazol-6-yl)-5-chloranyl-pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 0；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.36 Å R-free 0.237
5HBE CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 5Y6 8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.38 Å R-free 0.256
5HBH CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 5-{5-Chloro-4-[1-(2-methoxy-ethyl)-1,8-diaza-spiro[4.5]dec-8-yl]-pyridin-3-yl}-1-methyl-1,3-dihydro-benzo[c]isothiazole 2,2-dioxide 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 5Y7 5-[5-chloranyl-4-[1-(2-methoxyethyl)-1,8-diazaspiro[4.5]decan-8-yl]pyridin-3-yl]-1-methyl-3~{H}-2,1-benzothiazole 2,2-dioxide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
5HBJ CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[2-Amino-3-chloro-5-(1-methyl-1H-indazol-5-yl)-pyridin-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-362
未记录 5Y8 8-[2-azanyl-3-chloranyl-5-(1-methylindazol-5-yl)pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 3.00 Å R-free 0.288
5HNB CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [6-Hydroxy-3-(3-methyl-benzyl)-1H-indazol-5-yl]-((S)-3-hydroxy-pyrrolidin-1-yl)-methanone 提交 2016-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 62M [6-hydroxy-3-(3-methylbenzyl)-1H-indazol-5-yl][(3S)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride
分辨率 2.35 Å R-free 0.252
5HVY CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 20 提交 2016-01-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 66X N-{(3S)-1-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyrrolidin-3-yl}-N'-{4-[(morpholin-4-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}urea × 1 FMT FORMIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.39 Å R-free 0.220
5I5Z CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-(1-Methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-[1,6]naphthyridine-2-carboxylic acid methylamide 提交 2016-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 68U N-methyl-8-(1-methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2lambda~6~,1-benzothiazol-5-yl)-1,6-naphthyridine-2-carboxamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
5ICP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(5-methyl-imidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)-methanone 提交 2016-02-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 69Z [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](5-methylimidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.18 Å R-free 0.216
5IDN CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–364（364 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 6A7 [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.26 Å R-free 0.253
5IDP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH (3-Amino-1H-indazol-5-yl)-[(S)-2-(4-fluoro-phenyl)-piperidin-1-yl]-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–364（364 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 6A6 (3-amino-1H-indazol-5-yl)[(2S)-2-(4-fluorophenyl)piperidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.65 Å R-free 0.272
5XQX Human CDK8-CYCC in complex with compound 4: N-methyl-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–371（371 aa） 片段：UNP residues 1-371
未记录 GOL GLYCEROL × 2 8CC N-methyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.30 Å R-free 0.222
5XS2 CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 17:3-chloro-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–371（371 aa） 片段：UNP residues 1-371
未记录 GOL GLYCEROL × 1 8D6 3-chloranyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.04 Å R-free 0.225
6QTG Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI-1347 提交 2019-02-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JH8 2-[4-(4-isoquinolin-4-ylphenyl)pyrazol-1-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.70 Å R-free 0.231
6QTJ Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI 919811 提交 2019-02-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JHK ~{N},~{N}-dimethyl-2-[4-[4-(2,6-naphthyridin-4-yl)phenyl]pyrazol-1-yl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.48 Å R-free 0.220
6R3S CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 提交 2019-03-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
6T41 CDK8/Cyclin C in complex with N-(4-chlorobenzyl)isoquinolin-4-amine 提交 2019-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 MFE ~{N}-[(4-chlorophenyl)methyl]quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20%(w/v) PEG-3350 and 0.2 M sodium formate
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
6TPA CDK8/CyclinC in complex with drug ETP-50775 提交 2019-12-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 NZ8 1-[4-chloranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-3-(5-oxidanylidene-6-pyridin-4-yl-pyrido[2,3-b][1,5]benzoxazepin-9-yl)urea × 1 FMT FORMIC ACID × 12 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 200mM NaFormate, 3% Butanediol
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
6Y0A CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH BI00690300 提交 2020-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；20% (wt/vol) polyethylene glycol 3350 0.2 M sodium formate
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
8TQ2 Structure of the kinase lobe of human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–464（464 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQC Structure of the human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–464（464 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQW Structure of human transcriptional Mediator complex 提交 2023-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric
链 a 1–464（464 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
9H8C Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 2-9 提交 2024-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1IS8 4-[(3~{S})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.57 Å R-free 0.262
9H8S Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 3-7 提交 2024-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 A1ITF 4-[(3~{S},5~{R})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-5-methoxy-piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.16 Å R-free 0.248

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDK8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–405； UniProt 1–403

Cyclin-C

Homo sapiens

UniProt P24863

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–283 未记录 Cyclin-dependent kinase 8 × 1 （P49336） 0SV 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K 分辨率 2.65 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4F7N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3RGF Crystal Structure of human CDK8/CycC 提交 2011-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
4CRL Crystal structure of human CDK8-Cyclin C in complex with cortistatin A 提交 2014-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 C1I CORTISTATIN A × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
4F6S Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 7 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SQ 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4F6U Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 5 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SR 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea × 1 NA SODIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.10 Å R-free 0.198
4F6W Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 1 (N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SS N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.39 Å R-free 0.234
4F70 Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 4 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0ST 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
4F7J Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 3 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea) 提交 2012-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SU 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
4F7L Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 2 (tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate) 提交 2012-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SO tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
4F7S Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SW N-(2-phenylethyl)quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
4G6L Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-07-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.266
5BNJ CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH 8-{3-Chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-phenyl]-pyridin- 4-yl}-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-05-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 4TV 8-{3-chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]pyridin-4-yl}-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9,
分辨率 2.64 Å R-free 0.273
5CEI Crystal structure of CDK8:Cyclin C complex with compound 22 提交 2015-07-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 7 50R 4-(4-iodophenoxy)-N-methylthieno[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.24 Å R-free 0.227
5FGK CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-(3-Amino-1H-indazol-6-yl)-5-chloro- pyridine-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5XG 8-[3-(3-azanyl-2~{H}-indazol-6-yl)-5-chloranyl-pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 0；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.36 Å R-free 0.237
5HBE CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5Y6 8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.38 Å R-free 0.256
5HBH CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 5-{5-Chloro-4-[1-(2-methoxy-ethyl)-1,8-diaza-spiro[4.5]dec-8-yl]-pyridin-3-yl}-1-methyl-1,3-dihydro-benzo[c]isothiazole 2,2-dioxide 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5Y7 5-[5-chloranyl-4-[1-(2-methoxyethyl)-1,8-diazaspiro[4.5]decan-8-yl]pyridin-3-yl]-1-methyl-3~{H}-2,1-benzothiazole 2,2-dioxide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
5HBJ CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[2-Amino-3-chloro-5-(1-methyl-1H-indazol-5-yl)-pyridin-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5Y8 8-[2-azanyl-3-chloranyl-5-(1-methylindazol-5-yl)pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 3.00 Å R-free 0.288
5HNB CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [6-Hydroxy-3-(3-methyl-benzyl)-1H-indazol-5-yl]-((S)-3-hydroxy-pyrrolidin-1-yl)-methanone 提交 2016-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 62M [6-hydroxy-3-(3-methylbenzyl)-1H-indazol-5-yl][(3S)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride
分辨率 2.35 Å R-free 0.252
5HVY CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 20 提交 2016-01-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 66X N-{(3S)-1-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyrrolidin-3-yl}-N'-{4-[(morpholin-4-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}urea × 1 FMT FORMIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.39 Å R-free 0.220
5I5Z CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-(1-Methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-[1,6]naphthyridine-2-carboxylic acid methylamide 提交 2016-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 68U N-methyl-8-(1-methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2lambda~6~,1-benzothiazol-5-yl)-1,6-naphthyridine-2-carboxamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
5ICP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(5-methyl-imidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)-methanone 提交 2016-02-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 69Z [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](5-methylimidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.18 Å R-free 0.216
5IDN CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 6A7 [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.26 Å R-free 0.253
5IDP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH (3-Amino-1H-indazol-5-yl)-[(S)-2-(4-fluoro-phenyl)-piperidin-1-yl]-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 6A6 (3-amino-1H-indazol-5-yl)[(2S)-2-(4-fluorophenyl)piperidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.65 Å R-free 0.272
5XQX Human CDK8-CYCC in complex with compound 4: N-methyl-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–264（263 aa） 片段：UNP residues 2-264
未记录 GOL GLYCEROL × 2 8CC N-methyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.30 Å R-free 0.222
5XS2 CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 17:3-chloro-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–264（263 aa） 片段：UNP residues 2-264
未记录 GOL GLYCEROL × 1 8D6 3-chloranyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.04 Å R-free 0.225
6QTG Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI-1347 提交 2019-02-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 JH8 2-[4-(4-isoquinolin-4-ylphenyl)pyrazol-1-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.70 Å R-free 0.231
6QTJ Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI 919811 提交 2019-02-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 JHK ~{N},~{N}-dimethyl-2-[4-[4-(2,6-naphthyridin-4-yl)phenyl]pyrazol-1-yl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.48 Å R-free 0.220
6R3S CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 提交 2019-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
6T41 CDK8/Cyclin C in complex with N-(4-chlorobenzyl)isoquinolin-4-amine 提交 2019-10-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 MFE ~{N}-[(4-chlorophenyl)methyl]quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20%(w/v) PEG-3350 and 0.2 M sodium formate
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
6TPA CDK8/CyclinC in complex with drug ETP-50775 提交 2019-12-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 NZ8 1-[4-chloranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-3-(5-oxidanylidene-6-pyridin-4-yl-pyrido[2,3-b][1,5]benzoxazepin-9-yl)urea × 1 FMT FORMIC ACID × 12 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 200mM NaFormate, 3% Butanediol
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
6Y0A CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH BI00690300 提交 2020-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–280（280 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；20% (wt/vol) polyethylene glycol 3350 0.2 M sodium formate
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
8TQ2 Structure of the kinase lobe of human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQC Structure of the human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQW Structure of human transcriptional Mediator complex 提交 2023-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric
链 b 1–283（283 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
9H8C Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 2-9 提交 2024-10-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1IS8 4-[(3~{S})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.57 Å R-free 0.262
9H8S Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 3-7 提交 2024-10-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 A1ITF 4-[(3~{S},5~{R})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-5-methoxy-piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.16 Å R-free 0.248

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCNC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 5–287； UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4f7n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4f7n
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4f7n
沉积日期 deposition_date2012-05-16
结构标题 titleCrystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 11 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea)
关键词 keywordsprotein kinase complex, Proteros, TRANSFERASE-TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSCRIPTION/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.51 Å
零角强度 I(0) i0150551000.00
分子量 molecular_weight66259.0 kDa
排除体积 excluded_volume64830 ų
包络体积 envelope_volume114590 ų
水化壳体积 shell_volume33477 ų
包络直径 envelope_diameter95.0 Å
壳层 Rg shell_rg35.83 Å
包络 Rg envelope_rg28.50 Å
形状 Rg shape_rg28.49 Å
总 Rg total_rg29.10 Å
总原子数 total_atoms5027
残基数 n_residues602
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.2 Å
Rg (实空间) rg_real29.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal150600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9068
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.8 Å
偏度 Skewness skewness0.269
峰度 Kurtosis kurtosis-0.594
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34010000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.905
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4f7nA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4f7nA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id4f7nB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id4f7nB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)