4fa1

Crystal Structure of WT MauG in Complex with Pre-Methylamine Dehydrogenase Aged 130 Days.

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylamine utilization protein MauG

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methylamine dehydrogenase light chain × 2 （P22619） Methylamine dehydrogenase heavy chain × 2 （A1BB97） CALCIUM ION × 2 HEME C × 4 SODIUM ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACETATE ION × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAUG_PARDP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–367； UniProt 21–387 作者链 B； PDB构建体 1–367； UniProt 21–387

Methylamine dehydrogenase light chain

Paracoccus denitrificans

UniProt P22619

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methylamine utilization protein MauG × 2 （Q51658） Methylamine dehydrogenase heavy chain × 2 （A1BB97） CALCIUM ION × 2 HEME C × 4 SODIUM ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACETATE ION × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHML_PARDE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–131； UniProt 58–188 作者链 E； PDB构建体 1–131； UniProt 58–188

Methylamine dehydrogenase heavy chain

Paracoccus denitrificans

UniProt A1BB97

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methylamine utilization protein MauG × 2 （Q51658） Methylamine dehydrogenase light chain × 2 （P22619） CALCIUM ION × 2 HEME C × 4 SODIUM ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACETATE ION × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1BB97_PARDP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–385； UniProt 33–417 作者链 F； PDB构建体 1–385； UniProt 33–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fa1
沉积日期 deposition_date	2012-05-21
结构标题 title	Crystal Structure of WT MauG in Complex with Pre-Methylamine Dehydrogenase Aged 130 Days.
关键词 keywords	tryptophan tryptophylquinone, Oxidoreductase-Electron Transfer complex, Oxidoreductase-Electron transport complex; Oxidoreductase/Electron transport
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4fa1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4fa1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4fa1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.57 Å
Rg（电子密度）	42.58 Å
总 Rg	42.72 Å
原子数	13433
残基数	1709
排除体积	235970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4fa1__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methylamine utilization protein MauG
分子量 formula_weight	41146.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14647

EQARPADDALAALGAQLFVDPALSRNATQSCATCHDPARAFTDPREGKAGLAVSVGDDGQSHGDRNTPTLGYAALVPAFHRDANGKYKGGQFWDGRADDLKQQAGQPMLNPVEMAMPDRAAVAARLRDDPAYRTGFEALFGKGVLDDPERAFDAAAEALAAYQATGEFSPFDSKYDRVMRGEEKFTPLEEFGYTVFITWNCRLCHMQRKQGVAERETFTNFEYHNIGLPVNETAREASGLGADHVDHGLLARPGIEDPAQSGRFKVPSLRNVAVTGPYMHNGVFTDLRTAILFYNKYTSRRPEAKINPETGAPWGEPEVARNLSLAELQSGLMLDDGRVDALVAFLETLTDRRYEPLLEESRAAQKDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	318586
宿主生物 host_organism	Paracoccus denitrificans

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methylamine dehydrogenase light chain
分子量 formula_weight	15039.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.9.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

ADAPAGTDPRAKWVPQDNDIQACDYWRHCSIDGNICDCSGGSLTNCPPGTKLATASWVASCYNPTDGQSYLIAYRDCCGYNVSGRCPCLNTEGELPVYRPEFANDIIWCFGAEDDAMTYHCTISPIVGKASHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Methylamine dehydrogenase heavy chain
分子量 formula_weight	42321.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.99.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

DAPEAETQAQETQGQAAARAAAADLAAGQDDEPRILEAPAPDARRVYVNDPAHFAAVTQQFVIDGEAGRVIGMIDGGFLPNPVVADDGSFIAHASTVFSRIARGERTDYVEVFDPVTLLPTADIELPDAPRFLVGTYPWMTSLTPDGKTLLFYQFSPAPAVGVVDLEGKAFKRMLDVPDCYHIFPTAPDTFFMHCRDGSLAKVAFGTEGTPEITHTEVFHPEDEFLINHPAYSQKAGRLVWPTYTGKIHQIDLSSGDAKFLPAVEALTEAERADGWRPGGWQQVAYHRALDRIYLLVDQRDEWRHKTASRFVVVLDAKTGERLAKFEMGHEIDSINVSQDEKPLLYALSTGDKTLYIHDAESGEELRSVNQLGHGPQVITTADMG

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	318586
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1011

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4fa1c_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.21 — Methylamine dehydrogenase, L chain
超家族 Superfamily superfamily	g.21.1 — Methylamine dehydrogenase, L chain
家族 Family family	g.21.1.1 — Methylamine dehydrogenase, L chain

结构域编号 domain_id	d4fa1e_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.21 — Methylamine dehydrogenase, L chain
超家族 Superfamily superfamily	g.21.1 — Methylamine dehydrogenase, L chain
家族 Family family	g.21.1.1 — Methylamine dehydrogenase, L chain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4fa1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	4fa1A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	4fa1B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	4fa1B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	4fa1C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain

结构域编号 domain_id	4fa1D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4fa1E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain

结构域编号 domain_id	4fa1F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

▶

晶胞边长 a length_a	55.530 Å
晶胞边长 b length_b	83.520 Å
晶胞边长 c length_c	107.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	109.94 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.78 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.180 Å
最低分辨率 resolution_low	37.170 Å
R 因子 r_factor	0.1608
R_work r_work	0.1573
R_free r_free	0.2270

Crystal Structure of WT MauG in Complex with Pre-Methylamine Dehydrogenase Aged 130 Days.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylamine utilization protein MauG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methylamine dehydrogenase light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methylamine dehydrogenase heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4fa1__assembly_1__model_1

4fa1__assembly_1__model_1 | I(q)

4fa1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)