4fnk

Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 139.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza A virus

UniProt Q91MA7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 6 其他聚合物 9 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–345 链 B; UniProt 346–519 链 C; UniProt 27–345 链 D; UniProt 346–519 链 E; UniProt 27–345 链 F; UniProt 346–519 片段:UNP residues 27-345 片段:UNP residues 346-519 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;2.0 M ammonium sulfate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、90 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEMA_I68A4
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–323; UniProt 27–345 作者链 C; PDB构建体 5–323; UniProt 27–345 作者链 E; PDB构建体 5–323; UniProt 27–345 作者链 B; PDB构建体 1–174; UniProt 346–519 作者链 D; PDB构建体 1–174; UniProt 346–519 作者链 F; PDB构建体 1–174; UniProt 346–519

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4fnk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4fnk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4fnk
沉积日期 deposition_date2012-06-19
结构标题 titleCrystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin
关键词 keywordsviral fusion protein, virus attachment and entry, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.94
零角强度 I(0) i0466731000.00
分子量 molecular_weight170350.0 kDa
排除体积 excluded_volume210390 ų
包络体积 envelope_volume270900 ų
水化壳体积 shell_volume56937 ų
包络直径 envelope_diameter139.0
壳层 Rg shell_rg44.72
包络 Rg envelope_rg40.60
形状 Rg shape_rg40.93
总 Rg total_rg41.14
总原子数 total_atoms11960
残基数 n_residues1467
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.1
Rg (实空间) rg_real41.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36
I(0) (实空间) i0_real4.6670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal466600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8424
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.3
偏度 Skewness skewness0.491
峰度 Kurtosis kurtosis-0.451
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50720000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.739

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd4fnka1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamilyb.19.1 — Viral protein domain
家族 Family familyb.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece
结构域编号 domain_idd4fnka2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4fnkb_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family familyh.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
结构域编号 domain_idd4fnkc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamilyb.19.1 — Viral protein domain
家族 Family familyb.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece
结构域编号 domain_idd4fnkc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4fnkd_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family familyh.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
结构域编号 domain_idd4fnke1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamilyb.19.1 — Viral protein domain
家族 Family familyb.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece
结构域编号 domain_idd4fnke2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4fnkf_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family familyh.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4fnkA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain
结构域编号 domain_id4fnkB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4fnkC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain
结构域编号 domain_id4fnkD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4fnkE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain
结构域编号 domain_id4fnkF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)