SAXSdb — 4fyq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminopeptidase N

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–967	片段：UNP residues 66-967	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 22 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4FYQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4FYR Human aminopeptidase N (CD13) in complex with bestatin 提交 2012-07-05	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 ZN ZINC ION × 2 BES 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 20 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 1.91 Å R-free 0.190
4FYS Human aminopeptidase N (CD13) in complex with angiotensin IV 提交 2012-07-05	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：UNP residues 66-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 2.01 Å R-free 0.198
4FYT Human aminopeptidase N (CD13) in complex with amastatin 提交 2012-07-05	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 66–967（902 aa）片段：UNP residues 66-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.183
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 36–967（932 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：UNP residues 68-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 66–967（902 aa）片段：UNP residues 68-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 66–967（902 aa）片段：UNP residues 68-967	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A	分辨率 3.50 Å R-free 0.267
6U7E HCoV-229E RBD Class III in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
6U7E HCoV-229E RBD Class III in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.244
6U7F HCoV-229E RBD Class IV in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.225
6U7F HCoV-229E RBD Class IV in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.225
6U7G HCoV-229E RBD Class V in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.218
6U7G HCoV-229E RBD Class V in complex with human APN 提交 2019-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 66–967（902 aa）片段：ectodomain (UNP residues 66-967)	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.218
7AEW 14-3-3 sigma bound to bis-phosphorylated aminopeptidase N (APN, CD13) via canonical and non-canonical binding motifs 提交 2020-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 BBB 36–73（38 aa）链 CCC 36–73（38 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 27 % PEG400	分辨率 1.20 Å R-free 0.184
7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–963（902 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 62–963（902 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 62–963（902 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride	分辨率 3.10 Å R-free 0.278
8WDE CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map) 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 66–967（902 aa）链 E 66–967（902 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9CAM Aminopeptidase N close state 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–967（967 aa）链 B 1–967（967 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9CAO Aminopeptidase N open state 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–967（967 aa）链 B 1–967（967 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å

共 13 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–903； UniProt 66–967

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4fyq
沉积日期 deposition_date	2012-07-05
结构标题 title	Human aminopeptidase N (CD13)
关键词 keywords	metalloprotease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.70 Å
零角强度 I(0) i0	180423000.00
分子量 molecular_weight	105370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131130 Å³
包络体积 envelope_volume	158690 Å³
水化壳体积 shell_volume	44502 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.4 Å
壳层 Rg shell_rg	37.31 Å
包络 Rg envelope_rg	28.61 Å
形状 Rg shape_rg	28.67 Å
总 Rg total_rg	29.55 Å
总原子数 total_atoms	7417
残基数 n_residues	892
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	180400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8960
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.871

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aminopeptidase N
分子量 formula_weight	103250.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8188

PDQSKAWNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQPPDIDKTELVEPTEYLVVHLKGSLVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNWNVTEFHTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYRENSLLFDPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTPAQISELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNRSIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQEHFLLDPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDVRAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQIINDAFNLASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACSNGVPECEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATSTIISITNNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWFTENSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	693

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4fyqa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.98 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.98.1 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
家族 Family family	b.98.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4fyqa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4fyqa3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.30 — Zn aminopeptidase insert domain
家族 Family family	b.1.30.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4fyqa4
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4fyqA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	4fyqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	4fyqA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 —

结构域编号 domain_id	4fyqA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	50 — Zincin-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	157.901 Å
晶胞边长 b length_b	157.901 Å
晶胞边长 c length_c	115.047 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	26.610 Å
R 因子 r_factor	0.1714
R_work r_work	0.1703
R_free r_free	0.1934

fit	/app/data/saxs_computation/fy/4fyq/4fyq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fy/4fyq/4fyq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fy/4fyq/4fyq.dat

Human aminopeptidase N (CD13)