SAXSdb — 4g01

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 9A

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein RABF2b × 1 （Q9SN68） CALCIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS9A_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–267； UniProt 1–265

Ras-related protein RABF2b

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9SN68

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vacuolar protein sorting-associated protein 9A × 1 （Q9LT31） CALCIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAF2B_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–181； UniProt 1–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4g01
沉积日期 deposition_date	2012-07-09
结构标题 title	ARA7-GDP-Ca2+/VPS9a
关键词 keywords	;GTPase-GDP-metal-GEF complex, vps9 domain, Ras super family, guanine nucleotide exchange factor, small GTPase, GDP/GTP binding, divalent metal binding, geranylgeranylation, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4g01__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4g01__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4g01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.91 Å
Rg（电子密度）	22.83 Å
总 Rg	23.72 Å
原子数	3200
残基数	402
排除体积	57025 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4g01__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 9A
分子量 formula_weight	30168.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3461

GSMENTDVFLGLHDFLERMRKPSAGDFVKSIKSFIVSFSNNAPDPEKDCAMVQEFFSKMEAAFRAHPLWSGCSEEELDSAGDGLEKYVMTKLFTRVFASNTEEVIADEKLFQKMSLVQQFISPENLDIQPTFQNESSWLLAQKELQKINMYKAPRDKLVCILNCCKVINNLLLNASIASNENAPGADEFLPVLIYVTIKANPPQLHSNLLYIQRYRRESKLVGEAAYFFTNILSAESFISNIDAKSISLDEAEFEKNMESARARISG

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein RABF2b
分子量 formula_weight	19887.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSMAAAGNKSINAKLVLLGDVGAGKSSLVLRFVKDQFVEFQESTIGAAFFSQTLAVNDATVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAAAAIIVFDVTNQASFERAKKWVQELQAQGNPNMVMALAGNKSDLLDARKVTAEDAQTYAQENGLFFMETSAKTATNVKEIFYEIARRLPRVQPTEN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	261

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4g01b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4g01A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4g01A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — VPS9 domain

结构域编号 domain_id	4g01B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	68.349 Å
晶胞边长 b length_b	76.139 Å
晶胞边长 c length_c	81.787 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	55.730 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2728

ARA7-GDP-Ca2+/VPS9a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 9A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein RABF2b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4g01__assembly_1__model_1

4g01__assembly_1__model_1 | I(q)

4g01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

ARA7-GDP-Ca2+/VPS9a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 9A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related protein RABF2b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4g01__assembly_1__model_1

4g01__assembly_1__model_1 | I(q)

4g01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)