SAXSdb — 4g37

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

Photinus pyralis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE ; × 1 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE ; × 1 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] × 1 SULFATE ION × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUCI_PHOPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–555； UniProt 1–550 作者链 B； PDB构建体 6–555； UniProt 1–550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4g37
沉积日期 deposition_date	2012-07-13
结构标题 title	Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation
关键词 keywords	ANL Superfamily, ligase, adenylating enzymes, luciferase, domain alternation, trapped conformation, chemical cross-linker; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4g37__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4g37__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4g37__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.44 Å
Rg（电子密度）	23.36 Å
总 Rg	24.17 Å
原子数	4130
残基数	539
排除体积	73843 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4g37__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4g37__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Luciferin 4-monooxygenase
分子量 formula_weight	61016.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.12.7
突变 mutation	C82S, I108C, T214A, A215L, C216A, I232A, C258S, F295L, E354K, C391S, Y447C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8395

GPLGSMEDAKNIKKGPAPFYPLEDGTAGEQLHKAMKRYALVPGTIAFTDAHIEVNITYAEYFEMSVRLAEAMKRYGLNTNHRIVVSSENSLQFFMPVLGALFIGVAVAPANDCYNERELLNSMNISQPTVVFVSKKGLQKILNVQKKLPIIQKIIIMDSKTDYQGFQSMYTFVTSHLPPGFNEYDFVPESFDRDKTIALIMNSSGSTGLPKGVALPHRALAVRFSHARDPIFGNQIAPDTAILSVVPFHHGFGMFTTLGYLISGFRVVLMYRFEEELFLRSLQDYKIQSALLVPTLFSFLAKSTLIDKYDLSNLHEIASGGAPLSKEVGEAVAKRFHLPGIRQGYGLTETTSAILITPKGDDKPGAVGKVVPFFEAKVVDLDTGKTLGVNQRGELSVRGPMIMSGYVNNPEATNALIDKDGWLHSGDIAYWDEDEHFFIVDRLKSLIKYKGCQVAPAELESILLQHPNIFDAGVAGLPDDDAGELPAAVVVLEHGKTMTEKEIVDYVASQVTTAKKLRGGVVFVDEVPKGLTGKLDARKIREILIKAKKGGKSKL

来源 Source

来源生物 organism	Photinus pyralis
通用名 common_name	North American firefly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7054
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE ;
分子量 formula_weight	606.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate]
分子量 formula_weight	274.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	190

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4g37a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

结构域编号 domain_id	d4g37b_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4g37A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4g37A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4g37B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4g37B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	75.638 Å
晶胞边长 b length_b	184.091 Å
晶胞边长 c length_c	170.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.396 Å
最低分辨率 resolution_low	29.219 Å
R 因子 r_factor	0.2023
R_work r_work	0.1993
R_free r_free	0.2586

Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4g37__assembly_2__model_1

4g37__assembly_2__model_1 | I(q)

4g37__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4g37__assembly_2__model_1

4g37__assembly_2__model_1 | I(q)

4g37__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)