SAXSdb — 4gej

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin-interacting protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 2–149	片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149 突变：C36S, C49S, C120S	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Hepes, 0.2 M Calcium Acetate, 10-12% PEG monomethyl ether 5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GEJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GEI N-terminal domain of VDUP-1 提交 2012-08-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–149（148 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 2-149	突变：K64A, C36S, C49S, C120S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7.15；277 K；25mM Hepes, 1 mM DTT, pH 7.15, batch, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
4GFX Crystal structure of the N-terminal domain of TXNIP 提交 2012-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–154（151 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 4-154)	突变：F4V,K5A,K6A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.75 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.60 Å R-free 0.227
4LL1 The structure of the TRX and TXNIP complex 提交 2013-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–317（315 aa）片段：UNP residues 3-317 链 C 3–317（315 aa）片段：UNP residues 3-317	突变：C120S, C170S, C205S, C267S 突变：C120S, C170S, C205S, C267S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；0.16M tri-sodium citrate, 16% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.288
4LL4 The structure of the TRX and TXNIP complex 提交 2013-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–317（315 aa）片段：UNP residues 3-317 链 C 3–317（315 aa）片段：UNP residues 3-317	突变：C170S, C205S, C267S 突变：C170S, C205S, C267S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；0.16M tri-sodium citrate, 16% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 327–338（12 aa）片段：UNP residues 327-338	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.297
4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 327–338（12 aa）片段：UNP residues 327-338	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.297
4ROJ Crystal Structure of the VAV2 SH2 domain in complex with TXNIP phosphorylated peptide 提交 2014-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 327–338（12 aa）片段：UNP residues 327-338	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG550-MME, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.219
4ROJ Crystal Structure of the VAV2 SH2 domain in complex with TXNIP phosphorylated peptide 提交 2014-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 327–338（12 aa）片段：UNP residues 327-338	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG550-MME, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.219
4ROJ Crystal Structure of the VAV2 SH2 domain in complex with TXNIP phosphorylated peptide 提交 2014-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 327–338（12 aa）片段：UNP residues 327-338	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG550-MME, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.219
5CQ2 Crystal Structure of tandem WW domains of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 327–338（12 aa）片段：UNP Residues 327-338 链 C 327–338（12 aa）片段：UNP Residues 327-338	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 72	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS	分辨率 1.40 Å R-free 0.184
5DZD Crystal Structure of WW4 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 327–338（12 aa）片段：UNP residues 327-338 链 D 327–338（12 aa）片段：UNP residues 327-338	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5	分辨率 1.57 Å R-free 0.206

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXNIP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 B； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 C； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 D； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 E； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 F； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 G； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 H； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 I； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149 作者链 J； PDB构建体 3–150； UniProt 2–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gej
沉积日期 deposition_date	2012-08-02
结构标题 title	N-terminal domain of VDUP-1
关键词 keywords	alpha-arrestin, oxidative stress, metabolism, thioredoxin, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.52 Å
零角强度 I(0) i0	345401000.00
分子量 molecular_weight	155230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	196020 Å³
包络体积 envelope_volume	302460 Å³
水化壳体积 shell_volume	61982 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.3 Å
壳层 Rg shell_rg	46.78 Å
包络 Rg envelope_rg	39.11 Å
形状 Rg shape_rg	40.49 Å
总 Rg total_rg	41.03 Å
总原子数 total_atoms	10938
残基数 n_residues	1361
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.6 Å
Rg (实空间) rg_real	40.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	345500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6698
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.014
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4gejA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	4gejJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.740 Å
晶胞边长 b length_b	178.810 Å
晶胞边长 c length_c	81.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.000 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2936

描述 description	Thioredoxin-interacting protein
分子量 formula_weight	17106.5 kDa
突变 mutation	C36S, C49S, C120S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	10938

N-terminal domain of VDUP-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin-interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

fit	/app/data/saxs_computation/ge/4gej/4gej.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ge/4gej/4gej.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ge/4gej/4gej.dat