SAXSdb — 4gh9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase cofactor VP35

Marburg virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 204–329	片段：UNP residues 204-329	ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2-2.4 M ammonium sulphate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GH9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GHA Crystal structure of Marburg virus VP35 RNA binding domain bound to 12-bp dsRNA 提交 2012-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 204–329（126 aa）片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329 链 C 204–329（126 aa）片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329 链 E 204–329（126 aa）片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329 链 G 204–329（126 aa）片段：Marburg virus VP35 RNA binding domain, UNP residues 204-329	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis-Tris, 2% v/v Tacsimate, 18% PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.250
5TOH Crystal Structure of the Marburg Virus VP35 Oligomerization Domain I2 提交 2016-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 60–130（71 aa）片段：UNP residues 60-130 链 B 60–130（71 aa）片段：UNP residues 60-130 链 C 60–130（71 aa）片段：UNP residues 60-130	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.5 K；100 mM Sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM Mg-acetate and 18% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), cryo-protected by addition of 25% ethylene glycol	分辨率 2.01 Å R-free 0.266
5TOI Crystal Structure of the Marburg Virus VP35 Oligomerization Domain P4222 提交 2016-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 60–130（71 aa）片段：UNP residues 60-130 链 B 60–130（71 aa）片段：UNP residues 60-130 链 C 60–130（71 aa）片段：UNP residues 60-130	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.5 K；0.2 M K/Na tartrate and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.19 Å R-free 0.342
9IP2 Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex from Marburg virus 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–329（329 aa）链 C 1–329（329 aa）链 D 1–329（329 aa）链 E 1–329（329 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å R-free 0.301
9IP4 Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex from Marburg virus 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 57–329（273 aa）链 C 57–329（273 aa）链 D 57–329（273 aa）链 E 57–329（273 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å R-free 0.327

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP35_MABVM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–146； UniProt 204–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gh9
沉积日期 deposition_date	2012-08-07
结构标题 title	Crystal structure of Marburg virus VP35 RNA binding domain
关键词 keywords	Viral polymerase, Interferon inhibition, double stranded viral RNA, VIRAL PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN; VIRAL PROTEIN,RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.37 Å
零角强度 I(0) i0	3532930.00
分子量 molecular_weight	13704.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17396 Å³
包络体积 envelope_volume	19456 Å³
水化壳体积 shell_volume	11740 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.9 Å
壳层 Rg shell_rg	19.75 Å
包络 Rg envelope_rg	14.70 Å
形状 Rg shape_rg	14.36 Å
总 Rg total_rg	15.57 Å
总原子数 total_atoms	967
残基数 n_residues	122
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5330e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3510e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3533000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8110
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	548700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase cofactor VP35
分子量 formula_weight	16302.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1084

MAHHHHHHVDDDDKENLYFQSKPNLSAKDLALLLFTHLPGNNTPFHILAQVLSKIAYKSGKSGAFLDAFHQILSEGENAQAALTRLSRTFDAFLGVVPPVIRVKNFQTVPRPCQKSLRAVPPNPTIDKGWVCVYSSEQGETRALKI

来源 Source

来源生物 organism	Marburg virus
通用名 common_name	MARV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4gh9a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.388 — Filoviridae VP35-like
超家族 Superfamily superfamily	d.388.1 — Filoviridae VP35-like
家族 Family family	d.388.1.1 — Filoviridae VP35

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4gh9A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain

结构域编号 domain_id	4gh9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.524 Å
晶胞边长 b length_b	90.880 Å
晶胞边长 c length_c	65.925 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	26.682 Å
R 因子 r_factor	0.1635
R_work r_work	0.1608
R_free r_free	0.2167

fit	/app/data/saxs_computation/gh/4gh9/4gh9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gh/4gh9/4gh9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gh/4gh9/4gh9.dat

Crystal structure of Marburg virus VP35 RNA binding domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase cofactor VP35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction