4gja

Crystal structure of renin in complex with NVP-AYL747 (compound 5)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

Homo sapiens

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0M3 (3S,5R)-N-(2,2-diphenylethyl)-5-{[(4-methylphenyl)sulfonyl]amino}piperidine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;reservoir: 18-21% PEG4000, 0.4-0.6 M sodium chloride, 50 mM sodium citrate, pH 4-5, protein solution: 10-15 mg/mL protein, 25 mM sodium chloride, 12.5 mM Tris, pH 8, drop: 1 uL protein solution + 1 uL reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.230
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 67–406 片段:UNP residues 67-406 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0M3 (3S,5R)-N-(2,2-diphenylethyl)-5-{[(4-methylphenyl)sulfonyl]amino}piperidine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;reservoir: 18-21% PEG4000, 0.4-0.6 M sodium chloride, 50 mM sodium citrate, pH 4-5, protein solution: 10-15 mg/mL protein, 25 mM sodium chloride, 12.5 mM Tris, pH 8, drop: 1 uL protein solution + 1 uL reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、228 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gja

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gja
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gja
沉积日期 deposition_date2012-08-09
结构标题 titleCrystal structure of renin in complex with NVP-AYL747 (compound 5)
关键词 keywordsrenin inhibitor, fragment based screening, 3, 5-disubstituted piperidines, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.39
零角强度 I(0) i0172297000.00
分子量 molecular_weight70228.0 kDa
排除体积 excluded_volume68304 ų
包络体积 envelope_volume114350 ų
水化壳体积 shell_volume34658 ų
包络直径 envelope_diameter93.4
壳层 Rg shell_rg34.79
包络 Rg envelope_rg27.43
形状 Rg shape_rg27.37
总 Rg total_rg27.98
总原子数 total_atoms5307
残基数 n_residues660
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.7
Rg (实空间) rg_real28.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.7230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal172300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9008
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.3
偏度 Skewness skewness0.317
峰度 Kurtosis kurtosis-0.473
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30510000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.897

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4gjaa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd4gjab_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4gjaA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id4gjaA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id4gjaB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id4gjaB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)