4gs0

Crystal structure of SHP1 catalytic domain with JAK1 activation loop peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6

Homo sapiens

UniProt P29350

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 243–528 片段:Phosphatase domain (UNP Residues 242-528) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.2 M calcium acetate, 13% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.195
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 243–528 片段:Phosphatase domain (UNP Residues 242-528) Tyrosine-protein kinase JAK1 × 1 (P23458) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.2 M calcium acetate, 13% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN6_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 23–308; UniProt 243–528 作者链 B; PDB构建体 23–308; UniProt 243–528

Tyrosine-protein kinase JAK1

物种未注明

UniProt P23458

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1033–1036 片段:JAK1 activation loop phophomimetic (UNP Residues 1032-1037) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6 × 1 (P29350) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.2 M calcium acetate, 13% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、85 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–4; UniProt 1033–1036

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gs0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gs0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gs0
沉积日期 deposition_date2012-08-27
结构标题 titleCrystal structure of SHP1 catalytic domain with JAK1 activation loop peptide
关键词 keywordsprotein-protein complex, Phosphatase domain, Hydrolase, HYDROLASE-TRANSFERASE complex; HYDROLASE/TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.17
零角强度 I(0) i064569900.00
分子量 molecular_weight61988.0 kDa
排除体积 excluded_volume77180 ų
包络体积 envelope_volume96777 ų
水化壳体积 shell_volume29657 ų
包络直径 envelope_diameter112.9
壳层 Rg shell_rg34.04
包络 Rg envelope_rg28.72
形状 Rg shape_rg28.16
总 Rg total_rg28.79
总原子数 total_atoms4358
残基数 n_residues540
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.8
Rg (实空间) rg_real28.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real6.4570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal64570000.0000
解质量估计 total_estimate0.7936
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.3
偏度 Skewness skewness0.579
峰度 Kurtosis kurtosis-0.019
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17560000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.557; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.660; Smooth: 0.980

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4gs0A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily
结构域编号 domain_id4gs0B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)