4gs7

Structure of the Interleukin-15 quaternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-15

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	Interleukin-2 receptor subunit beta × 1 （P14784） Cytokine receptor common subunit gamma × 1 （P31785） Interleukin-15 receptor subunit alpha × 1 （Q13261） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACETATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–116； UniProt 49–162

Interleukin-2 receptor subunit beta

Homo sapiens

UniProt P14784

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	Interleukin-15 × 1 （P40933） Cytokine receptor common subunit gamma × 1 （P31785） Interleukin-15 receptor subunit alpha × 1 （Q13261） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACETATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL2RB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–217； UniProt 27–240

Cytokine receptor common subunit gamma

Homo sapiens

UniProt P31785

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	Interleukin-15 × 1 （P40933） Interleukin-2 receptor subunit beta × 1 （P14784） Interleukin-15 receptor subunit alpha × 1 （Q13261） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACETATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL2RG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–203； UniProt 55–254

Interleukin-15 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q13261

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 2	Interleukin-15 × 1 （P40933） Interleukin-2 receptor subunit beta × 1 （P14784） Cytokine receptor common subunit gamma × 1 （P31785） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACETATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I15RA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–69； UniProt 30–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gs7
沉积日期 deposition_date	2012-08-27
结构标题 title	Structure of the Interleukin-15 quaternary complex
关键词 keywords	Cytokine, Cytokine Receptor, Immunoregulatory, anti-tumor, anti-viral, Reductive methylation, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4gs7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4gs7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4gs7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.30 Å
Rg（电子密度）	29.45 Å
总 Rg	30.08 Å
原子数	4779
残基数	562
排除体积	84726 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4gs7__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-15
分子量 formula_weight	13080.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5053

MGNWVNVISDLKKIEDLIQSMHIDATLYTESDVHPSCKVTAMKCFLLELQVISLESGDASIHDTVENLIILANNSLSSNGNVTESGCKECEELEEKNIKEFLQSFVHIVQMFINTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-2 receptor subunit beta
分子量 formula_weight	25152.6 kDa
突变 mutation	N29Q, N43Q, N71Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ADPAVQGTSQFTCFYNSRAQISCVWSQDGALQDTSCQVHAWPDRRRWQQTCELLPVSQASWACNLILGAPDSQKLTTVDIVTLRVLCREGVRWRVMAIQDFKPFENLRLMAPISLQVVHVETHRCNISWEISQASHYFERHLEFEARTLSPGHTWEEAPLLTLKQKQEWICLETLTPDTQYEFQVRVKPLQGEFTTWSPWSQPLAFRTKPAALGKDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytokine receptor common subunit gamma
分子量 formula_weight	24390.3 kDa
突变 mutation	N75Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ADPLPLPEVQCFVFNVEYMNCTWQSSSEPQPTNLTLHYWYKNSDNDKVQKCSHYLFSEEITSGCQLQKKEIHLYQTFVVQLQDPREPRRQATQMLKLQNLVIPWAPENLTLHKLSESQLELNWNNRFLNHCLEHLVQYRTDWDHSWTEQSVDYRHKFSLPSVDGQKRYTFRVRSRFNPLCGSAQHWSEWSHPIHWGSNTSKEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Interleukin-15 receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	7759.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGITCPPPMSVEHADIWVKSYSLYSRERYICNSGFKRKAGTSSLTECVLNKATNVAHWTTPSLKCIRDP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4gs7a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d4gs7a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4gs7b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d4gs7b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d4gs7c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d4gs7c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

结构域编号 domain_id	d4gs7c3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4gs7d_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamily	g.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family family	g.18.1.1 — Complement control module/SCR domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4gs7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Interleukin-15/Interleukin-21

结构域编号 domain_id	4gs7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4gs7B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4gs7C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4gs7C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4gs7D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 —

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晶胞边长 a length_a	70.949 Å
晶胞边长 b length_b	74.610 Å
晶胞边长 c length_c	129.211 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	40.230 Å
R 因子 r_factor	0.1838
R_work r_work	0.1816
R_free r_free	0.2268

Structure of the Interleukin-15 quaternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Interleukin-2 receptor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytokine receptor common subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Interleukin-15 receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gs7__assembly_1__model_1

4gs7__assembly_1__model_1 | I(q)

4gs7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)