4gs7

Structure of the Interleukin-15 quaternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-15

Homo sapiens

UniProt P40933

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 49–162 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Interleukin-2 receptor subunit beta × 1 (P14784) Cytokine receptor common subunit gamma × 1 (P31785) Interleukin-15 receptor subunit alpha × 1 (Q13261) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.75;298 K;22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.35 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL15_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–116; UniProt 49–162

Interleukin-2 receptor subunit beta

Homo sapiens

UniProt P14784

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–240 突变:N29Q, N43Q, N71Q 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Interleukin-15 × 1 (P40933) Cytokine receptor common subunit gamma × 1 (P31785) Interleukin-15 receptor subunit alpha × 1 (Q13261) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.75;298 K;22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.35 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2RB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–217; UniProt 27–240

Cytokine receptor common subunit gamma

Homo sapiens

UniProt P31785

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 55–254 突变:N75Q 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Interleukin-15 × 1 (P40933) Interleukin-2 receptor subunit beta × 1 (P14784) Interleukin-15 receptor subunit alpha × 1 (Q13261) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.75;298 K;22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.35 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2RG_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–203; UniProt 55–254

Interleukin-15 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q13261

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 30–97 未记录 Interleukin-15 × 1 (P40933) Interleukin-2 receptor subunit beta × 1 (P14784) Cytokine receptor common subunit gamma × 1 (P31785) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.75;298 K;22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.35 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I15RA_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–69; UniProt 30–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gs7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gs7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gs7
沉积日期 deposition_date2012-08-27
结构标题 titleStructure of the Interleukin-15 quaternary complex
关键词 keywordsCytokine, Cytokine Receptor, Immunoregulatory, anti-tumor, anti-viral, Reductive methylation, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.45
零角强度 I(0) i075019400.00
分子量 molecular_weight67876.0 kDa
排除体积 excluded_volume84726 ų
包络体积 envelope_volume108410 ų
水化壳体积 shell_volume31228 ų
包络直径 envelope_diameter104.9
壳层 Rg shell_rg35.86
包络 Rg envelope_rg29.75
形状 Rg shape_rg29.44
总 Rg total_rg30.08
总原子数 total_atoms4779
残基数 n_residues561
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.7
Rg (实空间) rg_real30.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real7.5020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal75020000.0000
解质量估计 total_estimate0.8966
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.7
偏度 Skewness skewness0.218
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9719000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.962

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd4gs7a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd4gs7a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4gs7b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd4gs7b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd4gs7c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd4gs7c2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd4gs7c3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4gs7d_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamilyg.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family familyg.18.1.1 — Complement control module/SCR domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4gs7A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Interleukin-15/Interleukin-21
结构域编号 domain_id4gs7B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4gs7B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4gs7C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4gs7C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4gs7D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)