4gum

Cystal structure of locked-trimer of human MIF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage migration inhibitory factor

Homo sapiens

UniProt P14174

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–115 链 B; UniProt 2–115 链 C; UniProt 2–115 突变:N110C CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;293 K;0.2M LiSO4, 3% DMSO, pH8.0, 33% PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.33 Å R-free 0.272
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–115 链 E; UniProt 2–115 链 F; UniProt 2–115 突变:N110C CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;293 K;0.2M LiSO4, 3% DMSO, pH8.0, 33% PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.33 Å R-free 0.272
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–115 链 H; UniProt 2–115 链 I; UniProt 2–115 突变:N110C CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;293 K;0.2M LiSO4, 3% DMSO, pH8.0, 33% PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.33 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、130 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MIF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 C; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 D; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 E; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 F; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 G; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 H; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 I; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gum

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gum
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gum
沉积日期 deposition_date2012-08-29
结构标题 titleCystal structure of locked-trimer of human MIF
关键词 keywordsalpha/beta mixture, cytokine and isomerase, isomerase; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.29
零角强度 I(0) i0177797000.00
分子量 molecular_weight105560.0 kDa
排除体积 excluded_volume131330 ų
包络体积 envelope_volume176660 ų
水化壳体积 shell_volume42117 ų
包络直径 envelope_diameter119.0
壳层 Rg shell_rg41.32
包络 Rg envelope_rg34.82
形状 Rg shape_rg35.27
总 Rg total_rg35.76
总原子数 total_atoms7395
残基数 n_residues993
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.6
Rg (实空间) rg_real35.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13
I(0) (实空间) i0_real1.7780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal177800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8951
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.9
偏度 Skewness skewness0.188
峰度 Kurtosis kurtosis-0.733
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47410000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.918

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd4guma_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gumb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gumc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gumd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gume_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gumf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gumg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gumh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd4gumi_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id4gumA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4gumI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)