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4gwn

Crystal structure of human mature meprin beta

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Meprin A subunit beta

Homo sapiens

UniProt Q16820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 10 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 62–614 片段：Mature meprin beta ectomoiety, UNP residues 62-614 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20%(wt/vol) PEG 3350, 0.2M sodium malonate, 0.1M bis-Tris propane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4GWN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4GWM Crystal structure of human promeprin beta 提交 2012-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–614（592 aa） 片段：Promeprin beta ectomoiety, UNP residues 23-614
链 B 23–614（592 aa） 片段：Promeprin beta ectomoiety, UNP residues 23-614
突变：T23P, P24W 突变：T23P, P24W ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；18.2%(wt/vol) PEG8000, 1M LiCl, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.188
7AQ1 Crystal structure of human mature meprin beta in complex with the specific inhibitor MWT-S-270 提交 2020-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimer
链 A 62–595（534 aa）
链 B 62–595（534 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 RUE 3-[[(3-Carboxyphenyl)methyl-[2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]amino]methyl]benzoic acid × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；286 K；Protein was mixed with inhibitor in a molar ratio of 1 to 1.2 to a final protein concentration of 8 mg/mL in 30 mM Tris, 100 mM sodium chloride, pH 7.6. 200 nL protein/inhibitor was mixed with 200 nL praezipitation buffer and equilibrated against 55 micro Liter of praezipitation buffer, containing 25 percent (w/v) PEG 4000 and 30 percent (v/v) ethylene glycol.
分辨率 2.41 Å R-free 0.236
7AUW Inhibitory complex of human meprin beta with mouse fetuin-B. 提交 2020-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 62–608（547 aa）
链 C 62–608（547 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.3；293 K；20.0% PEG smear medium, 0.1M ammonium sulfate, 0.05M magnesium sulfate heptahydrate, 0.1M bicine pH 9.3, 10% ethylene glycol.
分辨率 2.80 Å R-free 0.261

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEP1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–553； UniProt 62–614

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gwn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gwn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gwn
沉积日期 deposition_date2012-09-03
结构标题 titleCrystal structure of human mature meprin beta
关键词 keywordsMultidomain structure, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.35 Å
零角强度 I(0) i075542800.00
分子量 molecular_weight65481.0 kDa
排除体积 excluded_volume80856 ų
包络体积 envelope_volume100420 ų
水化壳体积 shell_volume32412 ų
包络直径 envelope_diameter90.9 Å
壳层 Rg shell_rg33.14 Å
包络 Rg envelope_rg25.45 Å
形状 Rg shape_rg25.34 Å
总 Rg total_rg26.21 Å
总原子数 total_atoms4598
残基数 n_residues533
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.1 Å
Rg (实空间) rg_real26.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real7.5540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal75550000.0000
解质量估计 total_estimate0.8924
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.9 Å
偏度 Skewness skewness0.147
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14170000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4gwnA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id4gwnA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4gwnA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)