SAXSdb — 4h9g

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu-A

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–406	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 14J 5-bromofuran-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M tris, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.93 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4H9G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIP EF-TU EF-TS COMPLEX FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1997-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–405（405 aa）链 B 1–405（405 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；60 MM CACODYLATE, PH 6.5 70 MM AMMONIUM SULFATE 8% PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.289
1AIP EF-TU EF-TS COMPLEX FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1997-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–405（405 aa）链 F 1–405（405 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；60 MM CACODYLATE, PH 6.5 70 MM AMMONIUM SULFATE 8% PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.289
1EXM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS ELONGATION FACTOR TU (EF-TU) IN COMPLEX WITH THE GTP ANALOGUE GPPNHP. 提交 2000-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–406（405 aa）片段：INTACT WILD-TYPE EF-TU	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20mM Sodium cacodylate, 5mM Magnesium sulfate, 38-44% Ammonium sulfate, 7-10 mg/mL EF-Tu, molar ratio EF-Tu:GppNHp = 1:5, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.243
4LBV Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.193
4LBV Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.03 Å R-free 0.193
4LBW Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.74 Å R-free 0.194
4LBW Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.74 Å R-free 0.194
4LBY Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.69 Å R-free 0.207
4LBZ Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.22 Å R-free 0.212
4LBZ Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.22 Å R-free 0.212
4LC0 Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.22 Å R-free 0.201
4LC0 Identifying ligand binding hot spots in proteins using brominated fragments 提交 2013-06-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–406（404 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；1.8M ammonium sulfate, 15% sucrose, 0.1M Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.22 Å R-free 0.201

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTU1_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–405； UniProt 2–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4h9g
沉积日期 deposition_date	2012-09-24
结构标题 title	Probing EF-Tu with a very small brominated fragment library identifies the CCA pocket
关键词 keywords	P-loop, GTPase, GTP Binding, tRNA Binding, Ribosome Binding, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.50 Å
零角强度 I(0) i0	38725000.00
分子量 molecular_weight	46061.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56857 Å³
包络体积 envelope_volume	66322 Å³
水化壳体积 shell_volume	25299 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.69 Å
包络 Rg envelope_rg	21.76 Å
形状 Rg shape_rg	21.47 Å
总 Rg total_rg	22.41 Å
总原子数 total_atoms	3218
残基数 n_residues	404
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8871
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.244
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9534000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.988

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor Tu-A
分子量 formula_weight	44681.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3848

AKGEFVRTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAALTYVAAAENPNVEVKDYGDIDKAPEERARGITINTAHVEYETAKRHYSHVDCPGHADYIKNMITGAAQMDGAILVVSAADGPMPQTREHILLARQVGVPYIVVFMNKVDMVDDPELLDLVEMEVRDLLNQYEFPGDEVPVIRGSALLALEQMHRNPKTRRGENEWVDKIWELLDAIDEYIPTPVRDVDKPFLMPVEDVFTITGRGTVATGRIERGKVKVGDEVEIVGLAPETRKTVVTGVEMHRKTLQEGIAGDNVGVLLRGVSREEVERGQVLAKPGSITPHTKFEASVYVLKKEEGGRHTGFFSGYRPQFYFRTTDVTGVVQLPPGVEMVMPGDNVTFTVELIKPVALEEGLRFAIREGGRTVGAGVVTKILE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	AMMONIUM ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	5-bromofuran-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	191.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	382

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4h9ga1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d4h9ga2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4h9ga3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4h9gA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4h9gA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	4h9gA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	147.205 Å
晶胞边长 b length_b	98.627 Å
晶胞边长 c length_c	39.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	29.390 Å
R 因子 r_factor	0.1558
R_work r_work	0.1543
R_free r_free	0.1842

fit	/app/data/saxs_computation/h9/4h9g/4h9g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/4h9g/4h9g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/4h9g/4h9g.dat

Probing EF-Tu with a very small brominated fragment library identifies the CCA pocket