SAXSdb — 4h9s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H4 × 1 （P62805） Death domain-associated protein 6 × 1 （Q9UER7） PHOSPHATE ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H4 × 1 （P62805） Death domain-associated protein 6 × 1 （Q9UER7） PHOSPHATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Histone H4 × 2 （P62805） Death domain-associated protein 6 × 2 （Q9UER7） PHOSPHATE ION × 5 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H33_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 B； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H3.3 × 1 （P84243） Death domain-associated protein 6 × 1 （Q9UER7） PHOSPHATE ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H3.3 × 1 （P84243） Death domain-associated protein 6 × 1 （Q9UER7） PHOSPHATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Histone H3.3 × 2 （P84243） Death domain-associated protein 6 × 2 （Q9UER7） PHOSPHATE ION × 5 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–83； UniProt 21–103 作者链 D； PDB构建体 1–83； UniProt 21–103

Death domain-associated protein 6

Homo sapiens

UniProt Q9UER7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H3.3 × 1 （P84243） Histone H4 × 1 （P62805） PHOSPHATE ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Histone H3.3 × 1 （P84243） Histone H4 × 1 （P62805） PHOSPHATE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Histone H3.3 × 2 （P84243） Histone H4 × 2 （P62805） PHOSPHATE ION × 5 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DAXX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–216； UniProt 183–398 作者链 F； PDB构建体 1–216； UniProt 183–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4h9s
沉积日期 deposition_date	2012-09-24
结构标题 title	Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4
关键词 keywords	histone chaperone, DNA BINDING PROTEIN-APOPTOSIS complex; DNA BINDING PROTEIN/APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4h9s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4h9s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4h9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.86 Å
Rg（电子密度）	22.79 Å
总 Rg	23.69 Å
原子数	2962
残基数	366
排除体积	52649 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4h9s__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4h9s__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4h9s__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.3
分子量 formula_weight	15328.9 kDa
突变 mutation	A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6076

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREICQDFKTDLRWQSAAIGALQEAAEAFLVALFEDTNLCTIHAKRVTIFPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9409.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

KVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Death domain-associated protein 6
分子量 formula_weight	25326.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GSRRQIQRLEQLLALYVAEIRRLQEKELDLSELDDPDSAYLQEARLKRKLIRLFGRLCELKDCSSLTGRVIEQRIPYRGTRYPEVNRRIERLINKPGPDTFPDYGDVLRAVEKAAARHSLGLPRQQLQLMAQDAFRDVGIRLQERRHLDLIYNFGCHLTDDYRPGVDPALSDPVLARRLRENRSLAMSRLDEVISKYAMLQDKSEEGERKKRRARL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	172

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4h9sa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d4h9sb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d4h9sc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d4h9sd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4h9sA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4h9sB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4h9sC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4h9sD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	4h9sE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2170 —

结构域编号 domain_id	4h9sF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2170 —

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晶胞边长 a length_a	96.397 Å
晶胞边长 b length_b	99.165 Å
晶胞边长 c length_c	100.611 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	44.092 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1952
R_free r_free	0.2503

Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Death domain-associated protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4h9s__assembly_1__model_1

4h9s__assembly_1__model_1 | I(q)

4h9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Death domain-associated protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4h9s__assembly_1__model_1

4h9s__assembly_1__model_1 | I(q)

4h9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)