4hbm

Ordering of the N Terminus of Human MDM2 by Small Molecule Inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 2 water × 2	与蛋白数一致
11	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 2 water × 2	与蛋白数一致
12	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125 作者链 B； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125 作者链 C； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125 作者链 D； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125 作者链 E； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125 作者链 F； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125 作者链 G； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125 作者链 H； PDB构建体 1–120； UniProt 6–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hbm
沉积日期 deposition_date	2012-09-28
结构标题 title	Ordering of the N Terminus of Human MDM2 by Small Molecule Inhibitors
关键词 keywords	MDM2, p53, protein protein interaction, inhibitor, ligase-ligase inhibitor complex; ligase/ligase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4hbm__assembly_8__model_1

Assembly 8 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4hbm__assembly_8__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4hbm__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.20 Å
Rg（电子密度）	12.66 Å
总 Rg	14.06 Å
原子数	824
残基数	99
排除体积	14963 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4hbm__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4hbm__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4hbm__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4hbm__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4hbm__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4hbm__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`4hbm__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`4hbm__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`4hbm__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`4hbm__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`4hbm__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`4hbm__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
分子量 formula_weight	13595.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7589

MSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVLFYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQESSDSGTSVSEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	{(3R,5R,6S)-5-(3-chlorophenyl)-6-(4-chlorophenyl)-1-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-2-oxopiperidin-3-yl}acetic acid
分子量 formula_weight	450.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	866

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4hbma_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	d4hbmb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	d4hbmc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	d4hbmd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	d4hbme_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	d4hbmf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	d4hbmg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	d4hbmh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.1 — SWIB/MDM2 domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4hbmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	4hbmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	4hbmC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	4hbmD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	4hbmE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	4hbmF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	4hbmG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	4hbmH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

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晶胞边长 a length_a	185.350 Å
晶胞边长 b length_b	73.950 Å
晶胞边长 c length_c	123.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2400

Ordering of the N Terminus of Human MDM2 by Small Molecule Inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4hbm__assembly_8__model_1

4hbm__assembly_8__model_1 | I(q)

4hbm__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Ordering of the N Terminus of Human MDM2 by Small Molecule Inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4hbm__assembly_8__model_1

4hbm__assembly_8__model_1 | I(q)

4hbm__assembly_8__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)