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4hbq

Crystal structure of a loop deleted mutant of Human MAdCAM-1 D1D2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mucosal addressin cell adhesion molecule 1

Homo sapiens

UniProt Q13477

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–224 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 12% polyethylene glycol (PEG) 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.40 Å R-free 0.178
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 23–224 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 12% polyethylene glycol (PEG) 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.40 Å R-free 0.178
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–224 链 B； UniProt 23–224 未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 12% polyethylene glycol (PEG) 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.40 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4HBQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BQS THE CRYSTAL STRUCTURE OF MUCOSAL ADDRESSIN CELL ADHESION MOLECULE-1 (MADCAM-1) 提交 1998-08-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–231（209 aa） 片段：EXTRACELLULAR REGION WITH TWO IG-LIKE DOMAINS
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；PROTEIN SOLUTION:17 MG/ML. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 10% PEG 400, 0.5M LI2SO4, PH 7.5-8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.280
1GSM A reassessment of the MAdCAM-1 structure and its role in integrin recognition. 提交 2002-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–224（206 aa） 片段：EXTRACELLULAR REGION WITH TWO IG-LIKE DOMAINS
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN SOLUTION:10 MG/ML. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 16% PEG 4000, 0.5M LI2SO4, PH 7.75.
分辨率 1.90 Å R-free 0.250
4HC1 Crystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2 complexed with Fab 10G3 提交 2012-09-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–224（202 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris pH 7.0, 10% (w/v) PEG monomethyl ether (PEGMME) 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.87 Å R-free 0.253
4HC1 Crystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2 complexed with Fab 10G3 提交 2012-09-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–224（202 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris pH 7.0, 10% (w/v) PEG monomethyl ether (PEGMME) 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.87 Å R-free 0.253
4HCR Crystal structure of human MAdCAM-1 D1D2 complexed with Fab PF-547659 提交 2012-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–225（203 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Citrate pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 12% (w/v) myo-inositol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.208
4HCR Crystal structure of human MAdCAM-1 D1D2 complexed with Fab PF-547659 提交 2012-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–225（203 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Citrate pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 12% (w/v) myo-inositol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.208
4HD9 Crystal structure of native human MAdCAM-1 D1D2 domain 提交 2012-10-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–225（203 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG4K, 0.5M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.214
9P95 CryoEM structure of integrin alpha4beta7 bound to MAdCAM-1 提交 2025-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–317（317 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；0.05% CHAPS added immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MADCA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–198； UniProt 23–224 作者链 B； PDB构建体 1–198； UniProt 23–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4hbq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4hbq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4hbq
沉积日期 deposition_date2012-09-28
结构标题 titleCrystal structure of a loop deleted mutant of Human MAdCAM-1 D1D2
关键词 keywordsimmunoglobulin superfamily, integrin alpha4beta7, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.10 Å
零角强度 I(0) i032124900.00
分子量 molecular_weight43850.0 kDa
排除体积 excluded_volume54785 ų
包络体积 envelope_volume74690 ų
水化壳体积 shell_volume21560 ų
包络直径 envelope_diameter109.3 Å
壳层 Rg shell_rg34.72 Å
包络 Rg envelope_rg31.71 Å
形状 Rg shape_rg31.13 Å
总 Rg total_rg31.33 Å
总原子数 total_atoms6164
残基数 n_residues412
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.9 Å
Rg (实空间) rg_real31.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real3.2120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32120000.0000
解质量估计 total_estimate0.8379
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.0 Å
偏度 Skewness skewness0.298
峰度 Kurtosis kurtosis-0.751
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4357000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.590; Smooth: 0.864
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd4hbqa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4hbqa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd4hbqa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4hbqb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4hbqb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd4hbqb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4hbqA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4hbqA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4hbqB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4hbqB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)