4hsa

Structure of interleukin 17a in complex with il17ra receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-17A

Homo sapiens

UniProt Q16552

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 34–155 链 B; UniProt 34–155 突变:N45D, C106S Interleukin-17 receptor A × 1 (Q96F46) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.15 Å R-free 0.232
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 34–155 链 E; UniProt 34–155 突变:N45D, C106S Interleukin-17 receptor A × 1 (Q96F46) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.15 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL17_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–122; UniProt 34–155 作者链 B; PDB构建体 1–122; UniProt 34–155 作者链 D; PDB构建体 1–122; UniProt 34–155 作者链 E; PDB构建体 1–122; UniProt 34–155

Interleukin-17 receptor A

Homo sapiens

UniProt Q96F46

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 32–317 突变:N175D, N234D Interleukin-17A × 2 (Q16552) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.15 Å R-free 0.232
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 32–317 突变:N175D, N234D Interleukin-17A × 2 (Q16552) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.15 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I17RA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–286; UniProt 32–317 作者链 F; PDB构建体 1–286; UniProt 32–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4hsa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4hsa
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4hsa
沉积日期 deposition_date2012-10-29
结构标题 titleStructure of interleukin 17a in complex with il17ra receptor
关键词 keywordscytokine receptor, glycosylation, IMMUNE SYSTEM-PROTEIN BINDING complex; IMMUNE SYSTEM/PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.06
零角强度 I(0) i0215926000.00
分子量 molecular_weight114210.0 kDa
排除体积 excluded_volume140870 ų
包络体积 envelope_volume198070 ų
水化壳体积 shell_volume44123 ų
包络直径 envelope_diameter119.5
壳层 Rg shell_rg43.83
包络 Rg envelope_rg36.37
形状 Rg shape_rg37.07
总 Rg total_rg37.46
总原子数 total_atoms8026
残基数 n_residues965
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.9
Rg (实空间) rg_real37.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08
I(0) (实空间) i0_real2.1590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal215900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9093
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.5
偏度 Skewness skewness0.142
峰度 Kurtosis kurtosis-0.754
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20310000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.961

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4hsaA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id4hsaB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id4hsaC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2160 — Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1
结构域编号 domain_id4hsaC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2150 — Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2
结构域编号 domain_id4hsaD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id4hsaE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id4hsaF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2160 — Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1
结构域编号 domain_id4hsaF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2150 — Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)