SAXSdb — 4ht6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–92	未记录	WD repeat-containing protein PAC11 × 1 （P40960）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–92	未记录	WD repeat-containing protein PAC11 × 1 （P40960）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–92	未记录	WD repeat-containing protein PAC11 × 1 （P40960）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–92	未记录	WD repeat-containing protein PAC11 × 2 （P40960）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4HT6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4DS1 The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction 提交 2012-02-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–92（92 aa）链 C 1–92（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 M Ammonium acetate, 5% methyl pentanediol (v/v), 35% PEG 4000 (w/v), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.187
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 o 1–92（92 aa）链 p 1–92（92 aa）链 q 1–92（92 aa）链 r 1–92（92 aa）链 s 1–92（92 aa）链 t 1–92（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 o 1–92（92 aa）链 p 1–92（92 aa）链 q 1–92（92 aa）链 r 1–92（92 aa）链 s 1–92（92 aa）链 t 1–92（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 o 1–92（92 aa）链 p 1–92（92 aa）链 q 1–92（92 aa）链 r 1–92（92 aa）链 s 1–92（92 aa）链 t 1–92（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–97； UniProt 1–92 作者链 C； PDB构建体 6–97； UniProt 1–92 作者链 E； PDB构建体 6–97； UniProt 1–92

WD repeat-containing protein PAC11

物种未注明

UniProt P40960

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 75–85	片段：residues 75-85	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 1 （Q02647）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 75–85	片段：residues 75-85	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 1 （Q02647）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 75–85	片段：residues 75-85	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 1 （Q02647）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 75–85	片段：residues 75-85	Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 （Q02647）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAC11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 75–85 作者链 D； PDB构建体 1–11； UniProt 75–85 作者链 F； PDB构建体 1–11； UniProt 75–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ht6
沉积日期 deposition_date	2012-10-31
结构标题 title	The Structure of a Yeast Dynein Dyn2-Pac11 Complex and Effect on Single Molecule Dynein Motor Activity
关键词 keywords	Dimerization, Dynein, Intermediate Chain, Light Chain, Dynein Intermediate Chain Dynein Heavy Chain, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.00 Å
零角强度 I(0) i0	16677500.00
分子量 molecular_weight	33056.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42314 Å³
包络体积 envelope_volume	48548 Å³
水化壳体积 shell_volume	19906 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.01 Å
包络 Rg envelope_rg	21.28 Å
形状 Rg shape_rg	20.96 Å
总 Rg total_rg	22.02 Å
总原子数 total_atoms	2343
残基数 n_residues	291
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8661
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.315
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4904000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dynein light chain 1, cytoplasmic
分子量 formula_weight	10868.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	2617

GPLGSMSDENKSTPIVKASDITDKLKEDILTISKDALDKYQLERDIAGTVKKQLDVKYGNTWHVIVGKNFGSYVTHEKGHFVYFYIGPLAFLVFKTA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	WD repeat-containing protein PAC11
分子量 formula_weight	1282.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

ITYDKGIQTDQ

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	274

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4ht6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

结构域编号 domain_id	4ht6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

结构域编号 domain_id	4ht6E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.506 Å
晶胞边长 b length_b	112.747 Å
晶胞边长 c length_c	56.369 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	37.717 Å
R 因子 r_factor	0.1698
R_work r_work	0.1596
R_free r_free	0.2124

fit	/app/data/saxs_computation/ht/4ht6/4ht6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ht/4ht6/4ht6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ht/4ht6/4ht6.dat

The Structure of a Yeast Dynein Dyn2-Pac11 Complex and Effect on Single Molecule Dynein Motor Activity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein light chain 1, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

WD repeat-containing protein PAC11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)