4hx3

Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 144.5 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Extracellular small neutral protease

Streptomyces caespitosus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–132 链 C； UniProt 2–132	片段：Mature protease	Neutral proteinase inhibitor ScNPI × 2 （Q9FDS0） ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–132 链 G； UniProt 2–132	片段：Mature protease	Neutral proteinase inhibitor ScNPI × 2 （Q9FDS0） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 2–132 链 K； UniProt 2–132	片段：Mature protease	Neutral proteinase inhibitor ScNPI × 2 （Q9FDS0） ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4HX3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C7K CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZINC PROTEASE 提交 2000-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–132（132 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 7；277 K；acetone, pH 7.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.00 Å R-free 0.178
1KUH ZINC PROTEASE FROM STREPTOMYCES CAESPITOSUS 提交 1996-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–132（132 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.225

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNPA_STRCS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–134； UniProt 2–132 作者链 C； PDB构建体 4–134； UniProt 2–132 作者链 E； PDB构建体 4–134； UniProt 2–132 作者链 G； PDB构建体 4–134； UniProt 2–132 作者链 I； PDB构建体 4–134； UniProt 2–132 作者链 K； PDB构建体 4–134； UniProt 2–132

Neutral proteinase inhibitor ScNPI

Streptomyces caespitosus

UniProt Q9FDS0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 29–141 链 D； UniProt 29–141	未记录	Extracellular small neutral protease × 2 （P56406） ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 29–141 链 H； UniProt 29–141	未记录	Extracellular small neutral protease × 2 （P56406） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 29–141 链 L； UniProt 29–141	未记录	Extracellular small neutral protease × 2 （P56406） ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M magnesium chloride, 15.0% (v/v) ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4HX3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4HWX Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin 提交 2012-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–141（113 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium citrate dihydrate, 0.2 M ammonium acetate, 10% (w/v) PEG3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.214
4HWX Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin 提交 2012-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–141（113 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium citrate dihydrate, 0.2 M ammonium acetate, 10% (w/v) PEG3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.214
4HX2 Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with Bacillus licheniformis subtilisin 提交 2012-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 29–141（113 aa）链 D 29–141（113 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 1AX (2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 K POTASSIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M cacodylate, 0.2 M zinc acetate dihydrate, 10% (v/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.217

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9FDS0_STRCS
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141 作者链 D； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141 作者链 F； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141 作者链 H； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141 作者链 J； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141 作者链 L； PDB构建体 2–114； UniProt 29–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hx3
沉积日期 deposition_date	2012-11-09
结构标题 title	Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin
关键词 keywords	Streptomyces subtilisin inhibitor fold, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.44 Å
零角强度 I(0) i0	431212000.00
分子量 molecular_weight	157600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191640 Å³
包络体积 envelope_volume	265030 Å³
水化壳体积 shell_volume	54084 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.37 Å
包络 Rg envelope_rg	42.09 Å
形状 Rg shape_rg	42.42 Å
总 Rg total_rg	42.63 Å
总原子数 total_atoms	11059
残基数 n_residues	1466
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.5 Å
Rg (实空间) rg_real	42.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	431100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8766
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.379
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.445
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.836

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Extracellular small neutral protease
分子量 formula_weight	14571.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.77
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	11334

GPMVTVTYDPSNAPSFQQEIANAAQIWNSSVRNVQLRAGGNADFSYYEGNDSRGSYAQTDGHGRGYIFLDYQQNQQYDSTRVTAHETGHVLGLPDHYQGPCSELMSGGGPGPSCTNPYPNAQERSRVNALWANG

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces caespitosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neutral proteinase inhibitor ScNPI
分子量 formula_weight	11923.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

GSAHGPSAMVFTVIQGSGEPTDTVLRATTLSCAYTAEGTHPAPRAACDALNATDGELNRLLAAPDPSLVCPMYFDPVTVTADGVLNGRRVAWKHTFSNTCVMSANLNSNPVYAF

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces caespitosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	275

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

结构域编号 domain_id	d4hx3a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.1 — Zinc protease

结构域编号 domain_id	d4hx3a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx3b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hx3c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.1 — Zinc protease

结构域编号 domain_id	d4hx3c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx3d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hx3e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.1 — Zinc protease

结构域编号 domain_id	d4hx3e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx3f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hx3g1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.1 — Zinc protease

结构域编号 domain_id	d4hx3g2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx3h1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hx3h2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx3i1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.1 — Zinc protease

结构域编号 domain_id	d4hx3i2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx3j_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4hx3k1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.1 — Zinc protease

结构域编号 domain_id	d4hx3k2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4hx3l_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.84 — Subtilisin inhibitor
超家族 Superfamily superfamily	d.84.1 — Subtilisin inhibitor
家族 Family family	d.84.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4hx3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4hx3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

结构域编号 domain_id	4hx3C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4hx3D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

结构域编号 domain_id	4hx3E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4hx3F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

结构域编号 domain_id	4hx3G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4hx3H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

结构域编号 domain_id	4hx3I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4hx3J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

结构域编号 domain_id	4hx3K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	4hx3L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	350 — Subtilisin Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Subtilisin inhibitor-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	116.540 Å
晶胞边长 b length_b	121.810 Å
晶胞边长 c length_c	130.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	43.490 Å
R 因子 r_factor	0.1957
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2423

Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with S. caespitosus snapalysin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Extracellular small neutral protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neutral proteinase inhibitor ScNPI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/hx/4hx3/4hx3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hx/4hx3/4hx3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hx/4hx3/4hx3.dat