SAXSdb — 4i1s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Melanoma differentiation associated protein-5

Sus scrofa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 303–397 链 A； UniProt 666–808	片段：helicase domain region 641-665 replaced by SGSGS, proteolysis by trypsin during crystallization 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Non-structural protein V × 1 （P11207） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH7.5 18% (w/v) PEG1500 trace amounts of trypsin , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.29 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A7LCX1_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–95； UniProt 303–397 作者链 A； PDB构建体 101–243； UniProt 666–808

Non-structural protein V

Simian virus 5

UniProt P11207

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–52	片段：region 55-79 replaced by SGSGSGSGSG, proteolysis by trypsin during crystallization	Melanoma differentiation associated protein-5 × 1 （A7LCX1） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH7.5 18% (w/v) PEG1500 trace amounts of trypsin , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.29 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4I1S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2B5L Crystal Structure of DDB1 In Complex with Simian Virus 5 V Protein 提交 2005-09-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–222（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20000, sodium chloride, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.299
2B5L Crystal Structure of DDB1 In Complex with Simian Virus 5 V Protein 提交 2005-09-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–222（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20000, sodium chloride, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.299
2HYE Crystal Structure of the DDB1-Cul4A-Rbx1-SV5V Complex 提交 2006-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–222（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；100mM NaHEPES, 7-9% PEG4000, 10% iso-propanol, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.316

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	V_SV5
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–52； UniProt 1–52

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4i1s
沉积日期 deposition_date	2012-11-21
结构标题 title	Melanoma differentiation associated protein-5 Helicase domain complex with inhibitor Non-structural protein V
关键词 keywords	SF2-ATPase, Helicase, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.13 Å
零角强度 I(0) i0	21571500.00
分子量 molecular_weight	34040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42016 Å³
包络体积 envelope_volume	50316 Å³
水化壳体积 shell_volume	20526 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.93 Å
包络 Rg envelope_rg	21.24 Å
形状 Rg shape_rg	21.04 Å
总 Rg total_rg	22.14 Å
总原子数 total_atoms	2361
残基数 n_residues	284
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8924
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.373
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3545000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Melanoma differentiation associated protein-5
分子量 formula_weight	28586.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2489

EDLFKDRLLEIMTNIQTFCQISPMSDFGTQPYEQWLIQMEKKAARDGNRKDRVCAEHLKKYNEALQINDTIRRIDAYNHLKTFYNDEKEKKFEVLSGSGSLDESDIFLMTLFLRNKKILKKLAENPEYENEKLTKLRNTIMEHFTRTEESARGIIFTKTRQSAYALSQWITDNKKFAEVGVKAHHLIGAGHSSEFKPMTQNEQREVISKFRTGKINLLIATTVAEEGLDIKECNIVIRYGLVT

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pigs,swine,wild boar
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-structural protein V
分子量 formula_weight	5844.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GGFHRREYSIGWVGDEVKVTEWCNPSCSPITAAARRFECTCHQCPVTCSECE

来源 Source

来源生物 organism	Simian virus 5
通用名 common_name	SV5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11208
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4i1sA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1320 — phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4i1sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4i1sB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.070 Å
晶胞边长 b length_b	52.490 Å
晶胞边长 c length_c	120.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.293 Å
最低分辨率 resolution_low	48.141 Å
R 因子 r_factor	0.1817
R_work r_work	0.1792
R_free r_free	0.2296

fit	/app/data/saxs_computation/i1/4i1s/4i1s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i1/4i1s/4i1s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i1/4i1s/4i1s.dat

Melanoma differentiation associated protein-5 Helicase domain complex with inhibitor Non-structural protein V

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Melanoma differentiation associated protein-5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Non-structural protein V

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)