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4iim

Crystal structure of the Second SH3 Domain of ITSN1 bound with a synthetic peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intersectin-1

Homo sapiens

UniProt Q15811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 916–970 链 B； UniProt 916–970 未记录 peptide ligand × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.2 M NaCitrate and 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K 分辨率 1.80 Å R-free 0.243
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 916–970 链 B； UniProt 916–970 未记录 peptide ligand × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.2 M NaCitrate and 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K 分辨率 1.80 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4IIM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1229–1581（353 aa） 片段：Dbl homology and Pleckstrin homology domains (residues 1229-1580)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
1KI1 Guanine Nucleotide Exchange Region of Intersectin in Complex with Cdc42 提交 2001-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1229–1581（353 aa） 片段：Dbl homology and Pleckstrin homology domains (residues 1229-1580)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
2KGR Solution structure of protein ITSN1 from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5524A 提交 2009-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 210–312（103 aa） 片段：residues 210-312
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] protein-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KHN NMR solution structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646E. 提交 2009-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–111（111 aa） 片段：UNP residues 1-111
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）430；压力 ambient
NMR样品组成 0.87 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HR3646E-1, 20 mM MES-2, 200 mM sodium chloride-3, 5 mM calcium chloride-4, 10 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.81 mM [U-5% 13C; U-98% 15N] HR3646E-7, 20 mM MES-8, 200 mM sodium chloride-9, 5 mM calcium chloride-10, 10 mM DTT-11, 0.02 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3FIA Crystal structure of the EH 1 domain from human intersectin-1 protein. Northeast Structural Genomics Consortium target HR3646e. 提交 2008-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–111（111 aa） 片段：residues 1-111
突变：M1V, I14T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulfate, 12% glycerol, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, microbatch under oil , temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.176
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1229–1579（351 aa） 片段：DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571)
突变：S1373E GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.65 Å R-free 0.284
3QBV Structure of designed orthogonal interaction between CDC42 and nucleotide exchange domains of intersectin 提交 2011-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1229–1579（351 aa） 片段：DH AND PH DOMAINS (UNP Residues 1229-1571)
突变：S1373E GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mm TRIS pH 7.5, 25% PEG 3350, 150mm ammonium sulfate, and 1mM DTT, temperature 295k, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.65 Å R-free 0.284
5HZI Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1230–1308（79 aa）
链 A 1238–1509（272 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol
分辨率 2.60 Å R-free 0.285
5HZI Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1230–1308（79 aa）
链 B 1238–1509（272 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol
分辨率 2.60 Å R-free 0.285
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1230–1308（79 aa）
链 A 1309–1580（272 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol
分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1230–1308（79 aa）
链 B 1309–1580（272 aa）
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol
分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1230–1308（79 aa）
链 B 1309–1580（272 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 3.30 Å R-free 0.257
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1230–1308（79 aa）
链 D 1309–1580（272 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6GBU Crystal structure of the second SH3 domain of FCHSD2 (SH3-2) in complex with the fourth SH3 domain of ITSN1 (SH3d) 提交 2018-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1069–1133（65 aa）
链 D 1069–1133（65 aa）
链 F 1069–1133（65 aa）
链 H 1069–1133（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.5M ammonium sulfate, 10% Glycerol, Tris pH8.5
分辨率 3.44 Å R-free 0.247
6H5T Intersectin SH3A short isoform 提交 2018-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 741–835（95 aa）
未记录 7PG 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% (v/v) polyethylene glycol 550 mono-methyl ether, 100 mM MES-NaOH at pH 6.5, and 10 mM ZnSO4
分辨率 1.69 Å R-free 0.191
6H5T Intersectin SH3A short isoform 提交 2018-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 741–835（95 aa）
未记录 7PG 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL × 1 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% (v/v) polyethylene glycol 550 mono-methyl ether, 100 mM MES-NaOH at pH 6.5, and 10 mM ZnSO4
分辨率 1.69 Å R-free 0.191

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITSN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 13–67； UniProt 916–970 作者链 B； PDB构建体 13–67； UniProt 916–970

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4iim
沉积日期 deposition_date2012-12-20
结构标题 titleCrystal structure of the Second SH3 Domain of ITSN1 bound with a synthetic peptide
关键词 keywordsSH3 Domain, ITSN1, Structural Genomics Consortium, SGC, protein-peptide complex, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4iimA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4iimB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)