4il1

Crystal Structure of the Rat Calcineurin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 148.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin, Calcineurin subunit B type 1, Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform

Rattus norvegicus

UniProt P62161

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–149 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–149 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–149 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–149 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–149; UniProt 1–149 作者链 B; PDB构建体 1–149; UniProt 1–149 作者链 C; PDB构建体 1–149; UniProt 1–149 作者链 D; PDB构建体 1–149; UniProt 1–149

Calmodulin, Calcineurin subunit B type 1, Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform

Rattus norvegicus

UniProt P63100

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–170 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–170 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–170 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–170 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CANB1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 159–327; UniProt 2–170 作者链 B; PDB构建体 159–327; UniProt 2–170 作者链 C; PDB构建体 159–327; UniProt 2–170 作者链 D; PDB构建体 159–327; UniProt 2–170

Calmodulin, Calcineurin subunit B type 1, Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform

Rattus norvegicus

UniProt P63329

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–482 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–482 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–482 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–482 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;293 K;PEG 3350, 1-Propanol, Citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2BA_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 334–815; UniProt 1–482 作者链 B; PDB构建体 334–815; UniProt 1–482 作者链 C; PDB构建体 334–815; UniProt 1–482 作者链 D; PDB构建体 334–815; UniProt 1–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4il1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4il1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4il1
沉积日期 deposition_date2012-12-28
结构标题 titleCrystal Structure of the Rat Calcineurin
关键词 keywordsHydrolase, Calcium-binding protein, chimera protein, fusion protein, Protein phosphatase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.49
零角强度 I(0) i0840515000.00
分子量 molecular_weight243800.0 kDa
排除体积 excluded_volume305720 ų
包络体积 envelope_volume452490 ų
水化壳体积 shell_volume76250 ų
包络直径 envelope_diameter150.4
壳层 Rg shell_rg55.73
包络 Rg envelope_rg45.97
形状 Rg shape_rg48.48
总 Rg total_rg48.80
总原子数 total_atoms17131
残基数 n_residues2114
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.1
Rg (实空间) rg_real48.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10
I(0) (实空间) i0_real8.4050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal841000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8834
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.4
偏度 Skewness skewness-0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.648
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35290000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.797

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4il1A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id4il1A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id4il1B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id4il1B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id4il1C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id4il1C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id4il1D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id4il1D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)