SAXSdb — 4ioy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FACT complex subunit SPT16

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 675–958	片段：Middle Domain (UNP residues 675-958)	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 6.0, 0.2 M sodium chloride, 40% PEG400, 10 mM TCEP-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.95 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IOY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BIP Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–465（465 aa）片段：residues 1-465	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；25% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.94 Å R-free 0.244
3BIP Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–465（465 aa）片段：residues 1-465	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；25% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.94 Å R-free 0.244
3BIQ Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–465（465 aa）片段：residues 1-465	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；25% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.73 Å R-free 0.213
3BIT Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–451（451 aa）片段：residues 1-451	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；278 K；35% PEG 300, 200mM NaCl, 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 278K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
3BIT Crystal structure of yeast Spt16 N-terminal Domain 提交 2007-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–451（451 aa）片段：residues 1-451	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；278 K；35% PEG 300, 200mM NaCl, 100mM Sodium Acetate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 278K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
7NKY RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure 提交 2021-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：27-meric	链 Q 1–1035（1035 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 L 1–1035（1035 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPT16_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 9–285； UniProt 675–958

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ioy
沉积日期 deposition_date	2013-01-08
结构标题 title	Structure of the Spt16 Middle Domain Reveals Functional Features of the Histone Chaperone FACT
关键词 keywords	Spt16, FACT, double pleckstrin homology domain, H3-H4 histones, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.83 Å
零角强度 I(0) i0	13637600.00
分子量 molecular_weight	28283.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35716 Å³
包络体积 envelope_volume	43037 Å³
水化壳体积 shell_volume	18657 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.99 Å
包络 Rg envelope_rg	20.29 Å
形状 Rg shape_rg	19.83 Å
总 Rg total_rg	20.77 Å
总原子数 total_atoms	1991
残基数 n_residues	243
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7854
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.315
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.297
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2173000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FACT complex subunit SPT16
分子量 formula_weight	33066.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2183

GIDPFTHMGRTKRLDQIFVRPNPDTKRVPSTVFIHENGIRFQSPLRTDSRIDILFSNIKNLIFQSCKGELIVVIHIHLKNPILMGKKKIQDVQFYREASDMSVDETGRFRRYGDEDELEQEQEERRKRAALDKEFKYFADAIAEASNGLLTVENTFRDLGFQGVPNRSAVFCMPTTDCLVQLIEPPFLVINLEEVEICILERVQFGLKNFDMVFVYKDFNKPVTHINTVPIESLDFLKQWLTDMDIPYTVSTINLNWATIMKSLQDDPYQFFLDGGWNFLATGSD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4ioyX01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	4ioyX02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.978 Å
晶胞边长 b length_b	133.978 Å
晶胞边长 c length_c	40.342 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.945 Å
最低分辨率 resolution_low	29.690 Å
R 因子 r_factor	0.1774
R_work r_work	0.1766
R_free r_free	0.1966

fit	/app/data/saxs_computation/io/4ioy/4ioy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/4ioy/4ioy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/4ioy/4ioy.dat

Structure of the Spt16 Middle Domain Reveals Functional Features of the Histone Chaperone FACT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FACT complex subunit SPT16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement