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4isr

Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with rat synaptotagmin II

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 137.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurotoxin

Clostridium botulinum

UniProt Q9LBR1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 864–1285 片段：Hc domain (unp residues 864-1285) Synaptotagmin-2 × 1 （P29101） SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.59 Å R-free 0.235
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 864–1285 片段：Hc domain (unp residues 864-1285) Synaptotagmin-2 × 1 （P29101） SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.59 Å R-free 0.235
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 864–1285 片段：Hc domain (unp residues 864-1285) Synaptotagmin-2 × 1 （P29101） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.59 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4ISR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3N7L Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype D/C VPI 5993 binding domain 提交 2010-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 862–1285（424 aa） 片段：Receptor Binding Domain (UNP residues 862-1285)
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1M MES pH 6.0, 5% PEG400, 1.8 M ammonium, 250 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
3N7M Crystal structure of W1252A mutant of HCR D/C VPI 5995 提交 2010-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 862–1285（424 aa） 片段：Receptor Binding Domain (UNP residues 862-1285)
突变：W1252A SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M Hepes pH 7.5, 4% PEG400, 45% ammonium sulfate, 250mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4FVV Crystal structure of HCR/D-Sa-GBL1/C 提交 2012-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 862–1285（424 aa） 片段：receptor binding domain, UNP residues 862-1285
突变：loop of KLGDDYWFN(1246-1254) mutated to RLGGDWYR SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；292 K；16% PEG5K-MME, 50 mM MgSO4, 0.1 M HEPPs buffer, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
4FVV Crystal structure of HCR/D-Sa-GBL1/C 提交 2012-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 862–1285（424 aa） 片段：receptor binding domain, UNP residues 862-1285
突变：loop of KLGDDYWFN(1246-1254) mutated to RLGGDWYR GOL GLYCEROL × 2 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；292 K；16% PEG5K-MME, 50 mM MgSO4, 0.1 M HEPPs buffer, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 864–1285（422 aa） 片段：Hc domain (unp residues 864-1285)
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 864–1285（422 aa） 片段：Hc domain (unp residues 864-1285)
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.220
4ISQ Binding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with human synaptotagmin I 提交 2013-01-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 864–1285（422 aa） 片段：Hc domain (unp residues 864-1285)
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.220

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9LBR1_CLOBO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 10–431； UniProt 864–1285 作者链 B； PDB构建体 10–431； UniProt 864–1285 作者链 C； PDB构建体 10–431； UniProt 864–1285

Synaptotagmin-2

物种未注明

UniProt P29101

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 40–60 片段：toxin binding site (unp residues 40-60) Neurotoxin × 1 （Q9LBR1） SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.59 Å R-free 0.235
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 40–60 片段：toxin binding site (unp residues 40-60) Neurotoxin × 1 （Q9LBR1） SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.59 Å R-free 0.235
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 40–60 片段：toxin binding site (unp residues 40-60) Neurotoxin × 1 （Q9LBR1） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.0 M NaSO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.59 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYT2_RAT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–21； UniProt 40–60 作者链 E； PDB构建体 1–21； UniProt 40–60 作者链 F； PDB构建体 1–21； UniProt 40–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4isr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4isr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4isr
沉积日期 deposition_date2013-01-17
结构标题 titleBinding domain of Botulinum neurotoxin DC in complex with rat synaptotagmin II
关键词 keywordsMembrane binding, Synaptotagmin and Ganglioside binding, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.99 Å
零角强度 I(0) i0331789000.00
分子量 molecular_weight150650.0 kDa
排除体积 excluded_volume188780 ų
包络体积 envelope_volume258140 ų
水化壳体积 shell_volume51397 ų
包络直径 envelope_diameter141.3 Å
壳层 Rg shell_rg46.96 Å
包络 Rg envelope_rg41.33 Å
形状 Rg shape_rg41.98 Å
总 Rg total_rg42.27 Å
总原子数 total_atoms10614
残基数 n_residues1288
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.8 Å
Rg (实空间) rg_real42.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal331800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8974
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.6 Å
偏度 Skewness skewness0.134
峰度 Kurtosis kurtosis-0.719
角度范围 angular_range— – 0.1850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha79650000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.918
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4isrA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4isrA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
结构域编号 domain_id4isrB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4isrB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
结构域编号 domain_id4isrC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id4isrC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)