4j9j

Structure of designed HisF

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 57.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 97–216 链 A； UniProt 96–220	片段：SEE REMARK 999 突变：S6I,V45A,T76A,D81G,D156G,D202V	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4J9J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GPW Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. 提交 2001-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–253（253 aa）	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS (PH 8.0), 1 MM DTT, 1 MM EDTA, 28.8 MG/ML PROTEIN COMPLEX. PRECIPITATE SOLUTION: 15 %[W/V] PEG-8000, 0.9 M AMMONIUM NITRATE, 0.1 M HEPES/HCL (PH 8.5), 10 MM DTT, 5% [V/V] MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
1GPW Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. 提交 2001-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–253（253 aa）	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS (PH 8.0), 1 MM DTT, 1 MM EDTA, 28.8 MG/ML PROTEIN COMPLEX. PRECIPITATE SOLUTION: 15 %[W/V] PEG-8000, 0.9 M AMMONIUM NITRATE, 0.1 M HEPES/HCL (PH 8.5), 10 MM DTT, 5% [V/V] MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
1GPW Structural evidence for ammonia tunneling across the (beta/alpha)8 barrel of the imidazole glycerol phosphate synthase bienzyme complex. 提交 2001-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–253（253 aa）	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN SOLUTION: 10 MM TRIS (PH 8.0), 1 MM DTT, 1 MM EDTA, 28.8 MG/ML PROTEIN COMPLEX. PRECIPITATE SOLUTION: 15 %[W/V] PEG-8000, 0.9 M AMMONIUM NITRATE, 0.1 M HEPES/HCL (PH 8.5), 10 MM DTT, 5% [V/V] MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.290
1THF CYCLASE SUBUNIT OF IMIDAZOLEGLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM THERMOTOGA MARITIMA 提交 1998-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–253（253 aa）片段：CYCLASE SUBUNIT	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.80	分辨率 1.45 Å R-free 0.214
1VH7 Crystal structure of a cyclase subunit of imidazolglycerolphosphate synthase 提交 2003-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
2A0N Crystal structure of Imidazole glycerol phosphate synthase subunit hisF (EC 4.1.3.-) (tm1036) from Thermotoga maritima at 1.64 A resolution 提交 2005-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–253（253 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 7 PO4 PHOSPHATE ION × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP；pH 6.9；273 K；0.2None Nal, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 273K	分辨率 1.64 Å R-free 0.192
2LLE Computational design of an eight-stranded (beta/alpha)-barrel from fragments of different folds 提交 2011-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 103–247（145 aa）	突变：R4I, D78G, I95L, L201A,V213G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）350；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] CheYHisF-sfr_RM, 50 mM potassium phosphate, 300 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CheYHisF-sfr_RM, 50 mM potassium phosphate, 300 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2W6R Crystal structure of an artificial (ba)8-barrel protein designed from identical half barrels 提交 2008-12-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–245（123 aa）片段：RESIDUES 123-245 AND 123-253 链 A 123–253（131 aa）片段：RESIDUES 123-245 AND 123-253	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M TRIS-HCL PH 8.0, 12% W/V PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.285
2WJZ Crystal structure of (HisH) K181A Y138A mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (HisH HisF) which displays constitutive glutaminase activity 提交 2009-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG8K 10-12%, 100 MM HEPES PH = 8.5 22.5MM NH4NO3 / NH4AC 5% (V/V) MPD 10 MM DTT 20 MM L-GLN PROT. CONC.= 12 MG/ML	分辨率 2.60 Å R-free 0.218
2WJZ Crystal structure of (HisH) K181A Y138A mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (HisH HisF) which displays constitutive glutaminase activity 提交 2009-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG8K 10-12%, 100 MM HEPES PH = 8.5 22.5MM NH4NO3 / NH4AC 5% (V/V) MPD 10 MM DTT 20 MM L-GLN PROT. CONC.= 12 MG/ML	分辨率 2.60 Å R-free 0.218
2WJZ Crystal structure of (HisH) K181A Y138A mutant of imidazoleglycerolphosphate synthase (HisH HisF) which displays constitutive glutaminase activity 提交 2009-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PEG8K 10-12%, 100 MM HEPES PH = 8.5 22.5MM NH4NO3 / NH4AC 5% (V/V) MPD 10 MM DTT 20 MM L-GLN PROT. CONC.= 12 MG/ML	分辨率 2.60 Å R-free 0.218
3OG3 Crystal structure of an artificial thermostable (BA)8-barrel protein from identical half barrels 提交 2010-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–219（97 aa）链 A 99–219（121 aa）链 A 99–122（24 aa）	突变：A3R, Y22H, Y143H 突变：A3R, Y22H, Y143H 突变：A3R, Y22H, Y143H	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 18% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.08 Å R-free 0.196
3ZR4 STRUCTURAL EVIDENCE FOR AMMONIA TUNNELING ACROSS THE (BETA-ALPHA)8 BARREL OF THE IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE BIENZYME COMPLEX 提交 2011-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–253（253 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.41 Å R-free 0.258
3ZR4 STRUCTURAL EVIDENCE FOR AMMONIA TUNNELING ACROSS THE (BETA-ALPHA)8 BARREL OF THE IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE BIENZYME COMPLEX 提交 2011-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–253（253 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.41 Å R-free 0.258
3ZR4 STRUCTURAL EVIDENCE FOR AMMONIA TUNNELING ACROSS THE (BETA-ALPHA)8 BARREL OF THE IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE BIENZYME COMPLEX 提交 2011-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–253（253 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.41 Å R-free 0.258
4EWN Structure of HisF-D130V+D176V with bound rCdRP 提交 2012-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–253（253 aa）	突变：D130V-D176V	0VR 1-(O-carboxy-phenylamino)-1-deoxy-D-ribulose-5-phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
4FX7 Structure of Sym2 D9V+D55V+D130V+D176V 提交 2012-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–219（97 aa）链 A 99–219（121 aa）链 A 99–122（24 aa）	突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V	PI HYDROGENPHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.233
4FX7 Structure of Sym2 D9V+D55V+D130V+D176V 提交 2012-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–219（97 aa）链 B 99–219（121 aa）链 B 99–122（24 aa）	突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V	PI HYDROGENPHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.233
4FX7 Structure of Sym2 D9V+D55V+D130V+D176V 提交 2012-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 123–219（97 aa）链 C 99–219（121 aa）链 C 99–122（24 aa）	突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V	PI HYDROGENPHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.233
4FX7 Structure of Sym2 D9V+D55V+D130V+D176V 提交 2012-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 123–219（97 aa）链 D 99–219（121 aa）链 D 99–122（24 aa）	突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V 突变：A3R, D9V, Y22H, D55V, D130V, Y143H, D176V	PI HYDROGENPHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.233
5TQL Crystal structure of TIM-Barrel protein HisF-C9S 提交 2016-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	突变：C9S	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
5TQL Crystal structure of TIM-Barrel protein HisF-C9S 提交 2016-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–253（252 aa）	突变：C9S	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 25% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
6RTZ Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.87 Å R-free 0.336
6RU0 Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
6RU0 Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
6RU0 Light-Regulation of Imidazole Glycerol Phosphate Synthase by Interference with its Allosteric Machinery through Photo-Sensitive Unnatural Amino Acids 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
6VDG Crystal Structure of the Y182A HisF Mutant from Thermotoga maritima 提交 2019-12-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–253（253 aa）	突变：Y182A	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；23% PEG 3350, 20mM Potassium Phosphate	分辨率 2.79 Å R-free 0.263
6YMU Imidazole Glycerol Phosphate Synthase 提交 2020-04-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–253（253 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG	分辨率 2.11 Å R-free 0.250
6YMU Imidazole Glycerol Phosphate Synthase 提交 2020-04-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–253（253 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG	分辨率 2.11 Å R-free 0.250
6YMU Imidazole Glycerol Phosphate Synthase 提交 2020-04-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–253（253 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG	分辨率 2.11 Å R-free 0.250
7AC8 Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. 提交 2020-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–253（253 aa）	未记录	GUO [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；Pentaerythritol (5/4 PO/OH), sodium thiocyanate, HEPES, L-glutamine, ProFAR	分辨率 2.06 Å R-free 0.186
7AC8 Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. 提交 2020-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–253（253 aa）	未记录	GLN GLUTAMINE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；Pentaerythritol (5/4 PO/OH), sodium thiocyanate, HEPES, L-glutamine, ProFAR	分辨率 2.06 Å R-free 0.186
7AC8 Molecular basis for the unique allosteric activation mechanism of the heterodimeric imidazole glycerol phosphate synthase complex. 提交 2020-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–253（253 aa）	未记录	GUO [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 GLN GLUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；Pentaerythritol (5/4 PO/OH), sodium thiocyanate, HEPES, L-glutamine, ProFAR	分辨率 2.06 Å R-free 0.186
7QC3 HisF from T. maritima 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；292 K；100 mM TRIS, 23% PEG 3350	分辨率 1.65 Å R-free 0.157
7QC6 HisF_C9A_L50H_I52H mutant (apo) from T. maritima 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	突变：C9A, L50H, I52H	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；292 K；100 mM TRIS, 23% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.216
7QC7 HisF-C9A-D11E-V33A_L50H_I52H mutant (apo) from T. maritima 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	突变：C9A, D11E, V33A, L50H, I52H	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；292 K；100 mM TRIS, 23% PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.159
7QC8 HisF-C9A-D11E-V33A_L50H_I52H mutant in complex with Zn(II) from T. maritima 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	突变：C9A, D11E, V33A, L50H, I52H	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；292 K；100 mM TRIS, 23% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.159
7QC9 HisF-C9A-D11E-V33A_L50H_I52H mutant in complex with Ni(II) from T. maritima 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–253（252 aa）	突变：C9A, D11E, L50H, I52H	NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；292 K；100 mM TRIS, 23% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
8S8R An induced-fit motion of a mobile loop 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–253（253 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；ammonium phosphate	分辨率 1.20 Å R-free 0.208
8S8S An induced-fit motion of a mobile loop 提交 2024-03-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–251（250 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；ammonium phosphate	分辨率 1.31 Å R-free 0.209

共 24 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIS6_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–121； UniProt 97–216 作者链 A； PDB构建体 122–246； UniProt 96–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4j9j
沉积日期 deposition_date	2013-02-16
结构标题 title	Structure of designed HisF
关键词 keywords	beta barrel, protein engineering, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.24 Å
零角强度 I(0) i0	9919590.00
分子量 molecular_weight	24346.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30932 Å³
包络体积 envelope_volume	35293 Å³
水化壳体积 shell_volume	17082 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.39 Å
包络 Rg envelope_rg	17.25 Å
形状 Rg shape_rg	17.23 Å
总 Rg total_rg	18.28 Å
总原子数 total_atoms	1715
残基数 n_residues	227
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8126
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.506
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2735000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4j9jA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.212 Å
晶胞边长 b length_b	63.142 Å
晶胞边长 c length_c	56.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	41.712 Å
R 因子 r_factor	0.2443
R_work r_work	0.2415
R_free r_free	0.2970

描述 description	Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
分子量 formula_weight	26326.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.-
突变 mutation	S6I,V45A,T76A,D81G,D156G,D202V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1862

Structure of designed HisF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

fit	/app/data/saxs_computation/j9/4j9j/4j9j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/4j9j/4j9j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/4j9j/4j9j.dat