4jc6

Mercury activation of the plant aquaporin SoPIP2;1 - structural and functional characterization

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aquaporin

Spinacia oleracea

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	octyl beta-D-glucopyranoside × 6 CADMIUM ION × 9 MERCURY (II) ION × 16 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	octyl beta-D-glucopyranoside × 7 CADMIUM ION × 8 MERCURY (II) ION × 16 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q41372_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 B； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 C； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 D； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 H； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 J； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 N； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jc6
沉积日期 deposition_date	2013-02-21
结构标题 title	Mercury activation of the plant aquaporin SoPIP2;1 - structural and functional characterization
关键词 keywords	Membrane protein, aquaporin, mercury, cadmium, Transport Protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4jc6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4jc6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4jc6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.31 Å
Rg（电子密度）	27.33 Å
总 Rg	28.31 Å
原子数	7661
残基数	1004
排除体积	140820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4jc6__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4jc6__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aquaporin
分子量 formula_weight	29929.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,H,J,L,N
原子数 atom_count	15969

MSKEVSEEAQAHQHGKDYVDPPPAPFFDLGELKLWSFWRAAIAEFIATLLFLYITVATVIGHSKETVVCGSVGLLGIAWAFGGMIFVLVYCTAGISGGHINPAVTFGLFLARKVSLLRALVYMIAQCLGAICGVGLVKAFMKGPYNQFGGGANSVALGYNKGTALGAEIIGTFVLVYTVFSATDPKRSARDSHVPILAPLPIGFAVFMVHLATIPITGTGINPARSFGAAVIFNSNKVWDDQWIFWVGPFIGAAVAAAYHQYVLRAAAIKALGSFRSNPTN

来源 Source

来源生物 organism	Spinacia oleracea
通用名 common_name	Spinach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3562
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	616

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4jc6a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jc6b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jc6c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jc6d_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jc6h_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jc6j_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jc6l_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jc6n_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.19 — Aquaporin-like
超家族 Superfamily superfamily	f.19.1 — Aquaporin-like
家族 Family family	f.19.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4jc6A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

结构域编号 domain_id	4jc6B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

结构域编号 domain_id	4jc6C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

结构域编号 domain_id	4jc6D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

结构域编号 domain_id	4jc6H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

结构域编号 domain_id	4jc6J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

结构域编号 domain_id	4jc6L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

结构域编号 domain_id	4jc6N00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1080 — Glycerol uptake facilitator protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycerol uptake facilitator protein.

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晶胞边长 a length_a	123.546 Å
晶胞边长 b length_b	141.818 Å
晶胞边长 c length_c	186.515 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.152 Å
最低分辨率 resolution_low	29.900 Å
R 因子 r_factor	0.1984
R_work r_work	0.1969
R_free r_free	0.2270

Mercury activation of the plant aquaporin SoPIP2;1 - structural and functional characterization

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aquaporin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4jc6__assembly_1__model_1

4jc6__assembly_1__model_1 | I(q)

4jc6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Mercury activation of the plant aquaporin SoPIP2;1 - structural and functional characterization

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aquaporin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4jc6__assembly_1__model_1

4jc6__assembly_1__model_1 | I(q)

4jc6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)