4jds

SETD7 in complex with inhibitor PF-5426 and S-adenosyl-methionine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 N-[(2R)-3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl]-8-fluoro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 28 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 N-[(2R)-3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl]-8-fluoro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 8 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 N-[(2R)-3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl]-8-fluoro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 9 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 N-[(2R)-3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl]-8-fluoro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 6 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SETD7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366 作者链 C； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366 作者链 D； PDB构建体 1–258； UniProt 109–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jds
沉积日期 deposition_date	2013-02-25
结构标题 title	SETD7 in complex with inhibitor PF-5426 and S-adenosyl-methionine
关键词 keywords	;SETD7, SAM, PF-5426, Structural Genomics Consortium, SGC, Methyltransferase, SET domain, histone modification, transcription regulation, histone lysine methyltransferase, inhibitor, S-adenosyl-L-methionine, transferase-transferase inhibitor complex ;; transferase/transferase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4jds__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`4jds__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
3	1	`4jds__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
4	1	`4jds__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
分子量 formula_weight	29684.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8940

QYKDNIRHGVCWIYYPDGGSLVGEVNEDGEMTGEKIAYVYPDERTALYGKFIDGEMIEGKLATLMSTEEGRPHFELMPGNSVYHFDKSTSSCISTNALLPDPYESERVYVAESLISSAGEGLFSKVAVGPNTVMSFYNGVRITHQEVDSRDWALNGNTLSLDEETVIDVPEPYNHVSKYCASLGHKANHSFTPNCIYDMFVHPRFGPIKCIRTLRAVEADEELTVAYGYDHSPPGKSGPEAPEWYQVELKAFQATQQKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[(2R)-3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl]-8-fluoro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide
分子量 formula_weight	456.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	37

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	953

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4jdsa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4jdsa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4jdsa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4jdsb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4jdsb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4jdsb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4jdsc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4jdsc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4jdsc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4jdsd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.2 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
家族 Family family	b.76.2.1 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4jdsd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.1 — Histone lysine methyltransferases

结构域编号 domain_id	d4jdsd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4jdsA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4jdsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	4jdsB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4jdsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	4jdsC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4jdsC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	4jdsD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	110 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4jdsD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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晶胞边长 a length_a	118.048 Å
晶胞边长 b length_b	134.482 Å
晶胞边长 c length_c	137.255 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1988
R_work r_work	0.1986
R_free r_free	0.2226

SETD7 in complex with inhibitor PF-5426 and S-adenosyl-methionine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

SETD7 in complex with inhibitor PF-5426 and S-adenosyl-methionine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase SETD7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)