SAXSdb — 4jm0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein UL141

Human herpesvirus 5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 5 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–279 链 B； UniProt 30–279	片段：UL141 ECTODOMAIN, UNP residues 30-279	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；295.15 K；0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole pH 8, 10% (w/v) polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.25 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4JM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4I9X Crystal structure of human cytomegalovirus glycoprotein UL141 targeting the death receptor TRAIL-R2 提交 2012-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 32–246（215 aa）片段：UL141, UNP residues 32-246 链 B 32–246（215 aa）片段：UL141, UNP residues 32-246	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295.15 K；20% PEG 8K, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
9DIX HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex, ectodomain 提交 2024-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 30–279（250 aa）链 E 30–279（250 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
9DIY Local Cryo-EM structure of HCMV gH/UL116 interaction 提交 2024-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–279（250 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.36 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UL141_HCMVM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–250； UniProt 30–279 作者链 B； PDB构建体 1–250； UniProt 30–279

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jm0
沉积日期 deposition_date	2013-03-13
结构标题 title	Structure of Human Cytomegalovirus Immune Modulator UL141
关键词 keywords	;viral protein in complex with human receptor, Immunoglobulin-like V-set folg of N-terminal domain; Ig-like beta sandwich domain, viral immunomodulator, host-virus interaction, TRAIL-R2, CD155, glycosylation, membrane, CELL ADHESION ;; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.23 Å
零角强度 I(0) i0	28437700.00
分子量 molecular_weight	40679.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50767 Å³
包络体积 envelope_volume	62471 Å³
水化壳体积 shell_volume	24195 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.37 Å
包络 Rg envelope_rg	21.76 Å
形状 Rg shape_rg	21.25 Å
总 Rg total_rg	22.11 Å
总原子数 total_atoms	2863
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7582
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.332
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.206
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.629; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4jm0A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3790 —

结构域编号 domain_id	4jm0B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3790 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.060 Å
晶胞边长 b length_b	96.060 Å
晶胞边长 c length_c	136.071 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	11.980 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2790

描述 description	Protein UL141
分子量 formula_weight	29419.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2863

Structure of Human Cytomegalovirus Immune Modulator UL141

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein UL141

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Human herpesvirus 5
通用名 common_name	HHV-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	295027
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

fit	/app/data/saxs_computation/jm/4jm0/4jm0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/4jm0/4jm0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/4jm0/4jm0.dat