SAXSdb — 4joi

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CST complex subunit STN1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–184	片段：Stn1 N-terminal domain	CST complex subunit TEN1 × 1 （Q86WV5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M citric acid pH 4.0 and 5% jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 19–184	片段：Stn1 N-terminal domain	CST complex subunit TEN1 × 1 （Q86WV5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M citric acid pH 4.0 and 5% jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4JOI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4JQF Structure of the C-terminal domain of human telomeric Stn1 提交 2013-03-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 191–368（178 aa）片段：unp residues 191-368	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289.15 K；1.6 M Ammonium phosphate dibasic, 100 mM Tris, 3% Ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, Microbatch Crystallization, temperature 289.15K	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
6W6W Cryo-EM structure of CST bound to telomeric single-stranded DNA 提交 2020-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 C 2–368（367 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7U5C Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state 提交 2022-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 F 1–368（368 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8D0B Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 B 7–368（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8D0K Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 B 2–368（367 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
8SOJ Cryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the absence of telomeric ssDNA 提交 2023-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–368（368 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8SOK Cryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the presence of telomeric ssDNA 提交 2023-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 B 1–368（368 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–166； UniProt 19–184 作者链 B； PDB构建体 1–166； UniProt 19–184

CST complex subunit TEN1

Homo sapiens

UniProt Q86WV5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–122	未记录	CST complex subunit STN1 × 1 （Q9H668）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M citric acid pH 4.0 and 5% jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–122	未记录	CST complex subunit STN1 × 1 （Q9H668）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M citric acid pH 4.0 and 5% jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4JOI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W6W Cryo-EM structure of CST bound to telomeric single-stranded DNA 提交 2020-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 D 3–123（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7U5C Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state 提交 2022-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 G 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8D0B Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 C 3–123（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8D0K Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC 提交 2022-05-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 C 3–123（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
8SOJ Cryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the absence of telomeric ssDNA 提交 2023-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8SOK Cryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the presence of telomeric ssDNA 提交 2023-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 C 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TEN1L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4joi
沉积日期 deposition_date	2013-03-18
结构标题 title	Crystal structure of the human telomeric Stn1-Ten1 complex
关键词 keywords	OB fold, DNA binding protein; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.82 Å
零角强度 I(0) i0	55481200.00
分子量 molecular_weight	59843.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75524 Å³
包络体积 envelope_volume	102500 Å³
水化壳体积 shell_volume	28224 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.87 Å
包络 Rg envelope_rg	31.51 Å
形状 Rg shape_rg	31.78 Å
总 Rg total_rg	32.43 Å
总原子数 total_atoms	4211
残基数 n_residues	518
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8440
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.726
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.657

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CST complex subunit STN1
分子量 formula_weight	19139.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4376

LDPVFLAFAKLYIRDILDMKESRQVPGVFLYNGHPIKQVDVLGTVIGVRERDAFYSYGVDDSTGVINCICWKKLNTESVSAAPSAARELSLTSQLKKLQETIEQKTKIEIGDTIRVRGSIRTYREEREIHATTYYKVDDPVWNIQIARMLELPTIYRKVYDQPFHS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CST complex subunit TEN1
分子量 formula_weight	13740.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

MLPKPGTYYLPWEVSAGQVPDGSTLRTFGRLCLYDMIQSRVTLMAQHGSDQHQVLVCTKLVEPFHAQVGSLYIVLGELQHQQDRGSVVKARVLTCVEGMNLPLLEQAIREQRLYKQERGGSQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	165

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4joiA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4joiB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4joiC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4joiD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	130.613 Å
晶胞边长 b length_b	58.101 Å
晶胞边长 c length_c	87.458 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2127
R_work r_work	0.2108
R_free r_free	0.2486

fit	/app/data/saxs_computation/jo/4joi/4joi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jo/4joi/4joi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jo/4joi/4joi.dat

Crystal structure of the human telomeric Stn1-Ten1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CST complex subunit STN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CST complex subunit TEN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)