4jxg

Crystal Structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in Complex with Oxacillin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

Escherichia coli

UniProt P00811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–377 未记录 1S6 (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-1-{[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-1,3-thiazolidine-4-carb oxylic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.7;296 K;1.7M potassium phosphate, 3.5mg/ml AmpC, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.65 Å R-free 0.185
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 20–377 未记录 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 1 1S6 (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-1-{[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-1,3-thiazolidine-4-carb oxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.7;296 K;1.7M potassium phosphate, 3.5mg/ml AmpC, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.65 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、228 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMPC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–358; UniProt 20–377 作者链 B; PDB构建体 1–358; UniProt 20–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4jxg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4jxg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4jxg
沉积日期 deposition_date2013-03-28
结构标题 titleCrystal Structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in Complex with Oxacillin
关键词 keywordscephalosporinase, beta-lactamase, serine hydrolase, acyl-enzyme complex, hydrolase-antibiotic complex; hydrolase/antibiotic
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.24
零角强度 I(0) i095906200.00
分子量 molecular_weight79160.0 kDa
排除体积 excluded_volume99704 ų
包络体积 envelope_volume115510 ų
水化壳体积 shell_volume34340 ų
包络直径 envelope_diameter103.3
壳层 Rg shell_rg35.16
包络 Rg envelope_rg28.46
形状 Rg shape_rg28.25
总 Rg total_rg28.84
总原子数 total_atoms5603
残基数 n_residues716
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.7
Rg (实空间) rg_real29.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real9.5910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal95910000.0000
解质量估计 total_estimate0.8822
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.398
峰度 Kurtosis kurtosis-0.404
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35680000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4jxga_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd4jxgb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4jxgA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id4jxgB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)