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4k17

Crystal Structure of mouse CARMIL residues 1-668

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 218.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat-containing protein 16A

Mus musculus

UniProt Q6EDY6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–668 片段：PH and LRR domains (UNP residues 1-668) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；16 % PEG3350, 130 mM lithium sulfate, 0.25 % w/v salicylamide, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.90 Å R-free 0.259
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–668 片段：PH and LRR domains (UNP residues 1-668) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） OHB salicylamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；16 % PEG3350, 130 mM lithium sulfate, 0.25 % w/v salicylamide, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.90 Å R-free 0.259
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–668 片段：PH and LRR domains (UNP residues 1-668) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；16 % PEG3350, 130 mM lithium sulfate, 0.25 % w/v salicylamide, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.90 Å R-free 0.259
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–668 片段：PH and LRR domains (UNP residues 1-668) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；16 % PEG3350, 130 mM lithium sulfate, 0.25 % w/v salicylamide, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4K17 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KZ7 Solution structure of the CARMIL CAH3a/b domain bound to capping protein (CP) 提交 2010-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 965–1039（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 0.35 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] CPalpha subunit, 0.35 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] CPbeta subunit, 0.39 mM [U-2H] CARMIL CAH3a/b domain, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.35 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] CARMIL CAH3a/b domain, 0.39 mM [U-2H] CPalpha subunit, 0.39 mM [U-2H] CPbeta subunit, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.35 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] CPalpha subunit, 0.35 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] CPbeta subunit, 0.39 mM [U-2H; spin labeled at 1 or 5 postions] CARMIL CAH3a/b domain, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
3AA0 Crystal structure of Actin Capping Protein in complex with the Cp-binding motif derived from CARMIL 提交 2009-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 985–1005（21 aa） 片段：CP-BINDING MOTIF, recidues 985-1005
未记录 CO3 CARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18% PEG 400, 40MM BACL2, 100MM MES-NAOH, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3AAE Crystal structure of Actin capping protein in complex with CARMIL fragment 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 971–1002（32 aa） 片段：CP-BINDING MOTIF, residues 971-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 3350, 180MM TRI-AMMONIUM CITRATE, 100MM MES-NAOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.271
3AAE Crystal structure of Actin capping protein in complex with CARMIL fragment 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 971–1002（32 aa） 片段：CP-BINDING MOTIF, residues 971-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 3350, 180MM TRI-AMMONIUM CITRATE, 100MM MES-NAOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.271
3AAE Crystal structure of Actin capping protein in complex with CARMIL fragment 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 971–1002（32 aa） 片段：CP-BINDING MOTIF, residues 971-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 3350, 180MM TRI-AMMONIUM CITRATE, 100MM MES-NAOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.271
3AAE Crystal structure of Actin capping protein in complex with CARMIL fragment 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 W 971–1002（32 aa） 片段：CP-BINDING MOTIF, residues 971-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 3350, 180MM TRI-AMMONIUM CITRATE, 100MM MES-NAOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.271
3AAE Crystal structure of Actin capping protein in complex with CARMIL fragment 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 971–1002（32 aa） 片段：CP-BINDING MOTIF, residues 971-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 3350, 180MM TRI-AMMONIUM CITRATE, 100MM MES-NAOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.271

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LR16A_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–669； UniProt 1–668 作者链 B； PDB构建体 2–669； UniProt 1–668 作者链 C； PDB构建体 2–669； UniProt 1–668 作者链 D； PDB构建体 2–669； UniProt 1–668

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4k17

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4k17
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4k17
沉积日期 deposition_date2013-04-04
结构标题 titleCrystal Structure of mouse CARMIL residues 1-668
关键词 keywords;PH domain, LRR domain, lipid binding, protein-protein interaction, phosphatidylserine, phosphatidylinositol, phosphatidylinositol-5-phosphate, plasma membrane, LIPID BINDING PROTEIN ;; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron67.58 Å
零角强度 I(0) i01254600000.00
分子量 molecular_weight294330.0 kDa
排除体积 excluded_volume366730 ų
包络体积 envelope_volume568810 ų
水化壳体积 shell_volume75769 ų
包络直径 envelope_diameter251.4 Å
壳层 Rg shell_rg60.01 Å
包络 Rg envelope_rg66.35 Å
形状 Rg shape_rg67.53 Å
总 Rg total_rg67.60 Å
总原子数 total_atoms20357
残基数 n_residues2559
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax218.8 Å
Rg (实空间) rg_real66.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal65.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1250000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8181
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary63.8 Å
偏度 Skewness skewness0.541
峰度 Kurtosis kurtosis-0.329
角度范围 angular_range— – 0.1200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0040
最高正则化参数 α highest_alpha42920000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.908; Smooth: 0.145
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id4k17A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k17A02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850 —
结构域编号 domain_id4k17A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id4k17B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k17B02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850 —
结构域编号 domain_id4k17B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id4k17C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k17C02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850 —
结构域编号 domain_id4k17C03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id4k17D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k17D02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850 —
结构域编号 domain_id4k17D03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)