4kdf

Crystal Structure of Thermus thermophilus Malate Dehydrogenase in Complex with NAD

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 112.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malate dehydrogenase

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–327 链 D； UniProt 1–327	片段：Malate Dehydrogenase	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；283 K；22.5% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.36 Å R-free 0.232
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–327 链 C； UniProt 1–327	片段：Malate Dehydrogenase	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；283 K；22.5% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.36 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4KDF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BDM THE STRUCTURE AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION OF A SINGLE SITE MUTANT (T189I) OF MALATE DEHYDROGENASE FROM THERMUS FLAVUS WITH INCREASED ENZYMATIC ACTIVITY 提交 1993-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	未记录	NAX BETA-6-HYDROXY-1,4,5,6-TETRHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1BMD DETERMINANTS OF PROTEIN THERMOSTABILITY OBSERVED IN THE 1.9 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF MALATE DEHYDROGENASE FROM THE THERMOPHILIC BACTERIUM THERMUS FLAVUS 提交 1992-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1IZ9 Crystal Structure of Malate Dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8 提交 2002-10-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG MME 2000, Nickel Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1WZE Structural basis for alteration of cofactor specificity of Malate dehydrogenase from Thermus flavus 提交 2005-03-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	突变：E41G, I42S, P43E, Q44R, A45S, M46F, K47Q 突变：E41G, I42S, P43E, Q44R, A45S, M46F, K47Q	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, dithiothreitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
1WZI Structural basis for alteration of cofactor specificity of Malate dehydrogenase from Thermus flavus 提交 2005-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	突变：E41G, I42S, P43E, Q44R, A45S, M46F, K47Q 突变：E41G, I42S, P43E, Q44R, A45S, M46F, K47Q	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, dithiothreitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1Y7T Crystal structure of NAD(H)-depenent malate dehydrogenase complexed with NADPH 提交 2004-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.207
2CVQ Crystal structure of NAD(H)-dependent malate dehydrogenase complexed with NADPH 提交 2005-06-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.08 Å R-free 0.247
4KDE Crystal Structure of the Apo Form of Thermus thermophilus Malate Dehydrogenase 提交 2013-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）片段：Malate Dehydrogenase 链 B 1–327（327 aa）片段：Malate Dehydrogenase	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；283 K；22.5% PEG 4000, 1.0M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 1.80 Å R-free 0.170

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDH_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327 作者链 B； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327 作者链 C； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327 作者链 D； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4kdf
沉积日期 deposition_date	2013-04-25
结构标题 title	Crystal Structure of Thermus thermophilus Malate Dehydrogenase in Complex with NAD
关键词 keywords	Dehydrogenase, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.58 Å
零角强度 I(0) i0	289269000.00
分子量 molecular_weight	138030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173160 Å³
包络体积 envelope_volume	224970 Å³
水化壳体积 shell_volume	51317 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.56 Å
包络 Rg envelope_rg	34.64 Å
形状 Rg shape_rg	35.59 Å
总 Rg total_rg	36.08 Å
总原子数 total_atoms	9688
残基数 n_residues	1270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	289300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9065
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.678
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	120000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Malate dehydrogenase
分子量 formula_weight	37150.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10013

MKAPVRVAVTGAAGQIGYSLLFRIAAGEMLGKDQPVILQLLEIPQAMKALEGVVMELEDCAFPLLAGLEATDDPKVAFKDADYALLVGAAPRKAGMERRDLLQVNGKIFTEQGRALAEVAKKDVKVLVVGNPANTNALIAYKNAPGLNPRNFTAMTRLDHNRAKAQLAKKTGTGVDRIRRMTVWGNHSSTMFPDLFHAEVDGRPALELVDMEWYEKVFIPTVAQRGAAIIQARGASSAASAANAAIEHIRDWALGTPEGDWVSMAVPSQGEYGIPEGIVYSFPVTAKDGAYRVVEGLEINEFARKRMEITAQELLDEMEQVKALGLIRKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	325

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4kdfa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.5 — LDH N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d4kdfa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.162 — LDH C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.162.1 — LDH C-terminal domain-like
家族 Family family	d.162.1.1 — Lactate & malate dehydrogenases, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4kdfb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.5 — LDH N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d4kdfc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.5 — LDH N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d4kdfd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.5 — LDH N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d4kdfd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.162 — LDH C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.162.1 — LDH C-terminal domain-like
家族 Family family	d.162.1.1 — Lactate & malate dehydrogenases, C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4kdfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	4kdfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	110 — L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal

结构域编号 domain_id	4kdfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	4kdfB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	110 — L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal

结构域编号 domain_id	4kdfC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	4kdfC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	110 — L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal

结构域编号 domain_id	4kdfD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	4kdfD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	110 — L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.601 Å
晶胞边长 b length_b	114.617 Å
晶胞边长 c length_c	144.077 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.356 Å
最低分辨率 resolution_low	24.270 Å
R 因子 r_factor	0.1847
R_work r_work	0.1833
R_free r_free	0.2316

fit	/app/data/saxs_computation/kd/4kdf/4kdf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kd/4kdf/4kdf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kd/4kdf/4kdf.dat