4khz

Crystal structure of the maltose-binding protein/maltose transporter complex in an pre-translocation conformation bound to maltoheptaose

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 2	Maltose transport system permease protein MalF × 1 （P02916） Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component × 1 （C9QV46） Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component × 2 （C9QV42） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–370； UniProt 27–396

Maltose transport system permease protein MalF

Escherichia coli

UniProt P02916

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 2	Maltose-binding periplasmic protein × 1 （P0AEX9） Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component × 1 （C9QV46） Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component × 2 （C9QV42） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514

Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component

Escherichia coli

UniProt C9QV46

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 2	Maltose-binding periplasmic protein × 1 （P0AEX9） Maltose transport system permease protein MalF × 1 （P02916） Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component × 2 （C9QV42） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9QV46_ECOD1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–296； UniProt 1–296

Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component

Escherichia coli

UniProt C9QV42

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 2	Maltose-binding periplasmic protein × 1 （P0AEX9） Maltose transport system permease protein MalF × 1 （P02916） Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component × 1 （C9QV46） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9QV42_ECOD1
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 B； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4khz
沉积日期 deposition_date	2013-05-01
结构标题 title	Crystal structure of the maltose-binding protein/maltose transporter complex in an pre-translocation conformation bound to maltoheptaose
关键词 keywords	ABC transporter, ATPase Maltodextrin transporter, ATP binding maltodextrin binding, inner membrane, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4khz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4khz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4khz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.27 Å
Rg（电子密度）	47.83 Å
总 Rg	47.85 Å
原子数	14654
残基数	1873
排除体积	264610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4khz__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltose-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	41898.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	14715

KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITKASASHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Maltose transport system permease protein MalF
分子量 formula_weight	57052.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MDVIKKKHWWQSDALKWSVLGLLGLLVGYLVVLMYAQGEYLFAITTLILSSAGLYIFANRKAYAWRYVYPGMAGMGLFVLFPLVCTIAIAFTNYSSTNQLTFERAQEVLLDRSWQAGKTYNFGLYPAGDEWQLALSDGETGKNYLSDAFKFGGEQKLQLKETTAQPEGERANLRVITQNRQALSDITAILPDGNKVMMSSLRQFSGTQPLYTLDGDGTLTNNQSGVKYRPNNQIGFYQSITADGNWGDEKLSPGYTVTTGWKNFTRVFTDEGIQKPFLAIFVWTVVFSLITVFLTVAVGMVLACLVQWEALRGKAVYRVLLILPYAVPSFISILIFKGLFNQSFGEINMMLSALFGVKPAWFSDPTTARTMLIIVNTWLGYPYMMILCMGLLKAIPDDLYEASAMDGAGPFQNFFKITLPLLIKPLTPLMIASFAFNFNNFVLIQLLTNGGPDRLGTTTPAGYTDLLVNYTYRIAFEGGGGQDFGLAAAIATLIFLLVGALAIVNLKATRMKFD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component
分子量 formula_weight	32246.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAMVQPKSQKARLFITHLLLLLFIAAIMFPLLMVVAISLRQGNFATGSLIPEQISWDHWKLALGFSVEQADGRITPPPFPVLLWLWNSVKVAGISAIGIVALSTTCAYAFARMRFPGKATLLKGMLIFQMFPAVLSLVALYALFDRLGEYIPFIGLNTHGGVIFAYLGGIALHVWTIKGYFETIDSSLEEAAALDGATPWQAFRLVLLPLSVPILAVVFILSFIAAITEVPVASLLLRDVNSYTLAVGMQQYLNPQNYLWGDFAAAAVMSALPITIVFLLAQRWLVNGLTAGGVKG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	536056
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component
分子量 formula_weight	42184.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MASVQLQNVTKAWGEVVVSKDINLDIHEGEFVVFVGPSGCGKSTLLRMIAGLETITSGDLFIGEKRMNDTPPAERGVGMVFQSYALYPHLSVAENMSFGLKLAGAKKEVINQRVNQVAEVLQLAHLLDRKPKALSGGQRQRVAIGRTLVAEPSVFLLDEPLSNLDAALRVQMRIEISRLHKRLGRTMIYVTHDQVEAMTLADKIVVLDAGRVAQVGKPLELYHYPADRFVAGFIGSPKMNFLPVKVTATAIDQVQVELPMPNRQQVWLPVESRDVQVGANMSLGIRPEHLLPSDIADVILEGEVQVVEQLGNETQIHIQIPSIRQNLVYRQNDVVLVEEGATFAIGLPPERCHLFREDGTACRRLHKEPGVASASHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	536056
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4khza1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d4khza2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.6 — MOP-like
家族 Family family	b.40.6.3 — ABC-transporter additional domain

结构域编号 domain_id	d4khzb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

结构域编号 domain_id	d4khzb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.6 — MOP-like
家族 Family family	b.40.6.3 — ABC-transporter additional domain

结构域编号 domain_id	d4khze_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d4khzf1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.70 — MalF N-terminal region-like
超家族 Superfamily superfamily	e.70.1 — MalF N-terminal region-like
家族 Family family	e.70.1.1 — MalF N-terminal region-like

结构域编号 domain_id	d4khzf2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamily	f.58.1 — MetI-like
家族 Family family	f.58.1.1 — MetI-like

结构域编号 domain_id	d4khzg_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamily	f.58.1 — MetI-like
家族 Family family	f.58.1.1 — MetI-like

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	4khzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4khzA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4khzA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4khzB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4khzB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4khzB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4khzE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4khzE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4khzF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 — MalF N-terminal region-like

结构域编号 domain_id	4khzF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	650 — MalF N-terminal region-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MalF N-terminal region-like

结构域编号 domain_id	4khzF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	430 — Periplasmic binding protein-like II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — D-maltodextrin-binding protein, MBP

结构域编号 domain_id	4khzF04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

结构域编号 domain_id	4khzG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MetI-like

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晶胞边长 a length_a	76.253 Å
晶胞边长 b length_b	92.221 Å
晶胞边长 c length_c	117.814 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.73 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	103.60 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.810 Å
R 因子 r_factor	0.2454
R_work r_work	0.2434
R_free r_free	0.2830

Crystal structure of the maltose-binding protein/maltose transporter complex in an pre-translocation conformation bound to maltoheptaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltose transport system permease protein MalF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4khz__assembly_1__model_1

4khz__assembly_1__model_1 | I(q)

4khz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)