SAXSdb — 4kp3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-Va

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	RILP-like protein 2 × 2 （Q99LE1） Melanophilin × 2 （Q91V27） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYO5A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–404； UniProt 1469–1853 作者链 B； PDB构建体 20–404； UniProt 1469–1853

RILP-like protein 2

Mus musculus

UniProt Q99LE1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Unconventional myosin-Va × 2 （Q99104） Melanophilin × 2 （Q91V27） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIPL2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–103； UniProt 1–97 作者链 D； PDB构建体 7–103； UniProt 1–97

Melanophilin

Mus musculus

UniProt Q91V27

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Unconventional myosin-Va × 2 （Q99104） RILP-like protein 2 × 2 （Q99LE1） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MELPH_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–43； UniProt 170–208 作者链 F； PDB构建体 5–43； UniProt 170–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4kp3
沉积日期 deposition_date	2013-05-13
结构标题 title	Crystal Structure of MyoVa-GTD in Complex with Two Cargos
关键词 keywords	Helix bundle, MOTOR PROTEIN-PROTEIN TRANSPORT complex; MOTOR PROTEIN/PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4kp3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4kp3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4kp3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.17 Å
Rg（电子密度）	39.18 Å
总 Rg	39.40 Å
原子数	7286
残基数	907
排除体积	130850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4kp3__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Unconventional myosin-Va
分子量 formula_weight	46106.3 kDa
突变 mutation	C1674S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7359

HHHHHHSSGLGVLFQGPGSKDFQGMLEYKREDEQKLVKNLILELKPRGVAVNLIPGLPAYILFMCVRHADYLNDDQKVRSLLTSTINSIKKVLKKRGDDFETVSFWLSNTCRFLHCLKQYSGEEGFMKHNTSRQNEHCLTNFDLAEYRQVLSDLAIQIYQQLVRVLENILQPMIVSGMLEHETIQGVSGVKPTGLRKRTSSIADEGTYTLDSILRQLNSFHSVMSQHGMDPELIKQVVKQMFYIVGAITLNNLLLRKDMCSWSKGMQIRYNVSQLEEWLRDKNLMNSGAKETLEPLIQAAQLLQVKKKTDDDAEAICSMCNALTTAQIVKVLNLYTPVNEFEERVSVSFIRTIQMRLRDRKDSPQLLMDAKHIFPVTFPFNPSSLALETIQIPASLGLGFIARV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RILP-like protein 2
分子量 formula_weight	11608.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPGSEFMEDHPVREEEDGEEDEGALAKSPLQLTTDDVYDISYVVGRELMALGSDPRVTRLQFKIVRVMEMLETLVNEGSLAVEELRMERDNLKQEVEGLRKAG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Melanophilin
分子量 formula_weight	4882.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GPGSDLDTEARDQPLNSKKKKRLLSFRDVDFEEDSDHLVQPCS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4kp3a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.27 — DIL domain-like
家族 Family family	a.118.27.1 — DIL domains from class V myosins

结构域编号 domain_id	d4kp3b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.27 — DIL domain-like
家族 Family family	a.118.27.1 — DIL domains from class V myosins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4kp3C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1770 —

结构域编号 domain_id	4kp3D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1770 —

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晶胞边长 a length_a	81.850 Å
晶胞边长 b length_b	107.933 Å
晶胞边长 c length_c	83.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.405 Å
最低分辨率 resolution_low	38.694 Å
R 因子 r_factor	0.1945
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2411

Crystal Structure of MyoVa-GTD in Complex with Two Cargos

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-Va

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RILP-like protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Melanophilin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4kp3__assembly_1__model_1

4kp3__assembly_1__model_1 | I(q)

4kp3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of MyoVa-GTD in Complex with Two Cargos

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-Va

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RILP-like protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Melanophilin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4kp3__assembly_1__model_1

4kp3__assembly_1__model_1 | I(q)

4kp3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)