SAXSdb — 4kqz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S protein

Human betacoronavirus 2c EMC/2012

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 367–606	片段：UNP RESIDUES 367-606	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M ammonium tartrate dibasic pH7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.251
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 367–606	片段：UNP RESIDUES 367-606	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M ammonium tartrate dibasic pH7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4KQZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4KR0 Complex structure of MERS-CoV spike RBD bound to CD26 提交 2013-05-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 367–606（240 aa）片段：UNP RESIDUES 367-606	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；6% v/v 2-propanol, 0.1M sodium acetate pH4.5, 26% PEG 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
4MOD Structure of the MERS-CoV fusion core 提交 2013-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 992–1054（63 aa）链 A 1252–1286（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4MOD Structure of the MERS-CoV fusion core 提交 2013-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 992–1054（63 aa）链 B 1252–1286（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
6Q04 MERS-CoV S structure in complex with 5-N-acetyl neuraminic acid 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
6Q05 MERS-CoV S structure in complex with sialyl-lewisX 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
6Q06 MERS-CoV S structure in complex with 2,3-sialyl-N-acetyl-lactosamine 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6Q07 MERS-CoV S structure in complex with 2,6-sialyl-N-acetyl-lactosamine 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–1294（1276 aa）链 B 19–1294（1276 aa）链 C 19–1294（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 FOL FOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7V3L MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 6516 提交 2021-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1290（1290 aa）链 B 1–1290（1290 aa）链 C 1–1290（1290 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7V5J MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 0722(state 2) 提交 2021-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 18–1206（1189 aa）链 B 18–1206（1189 aa）链 C 18–1206（1189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7V5K MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 0722 (state 1) 提交 2021-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 18–1206（1189 aa）链 B 18–1206（1189 aa）链 C 18–1206（1189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7V6N MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 state1 提交 2021-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 18–1206（1189 aa）链 B 18–1206（1189 aa）链 C 18–1206（1189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
7V6O MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 (state 2) 提交 2021-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 18–1206（1189 aa）链 B 18–1206（1189 aa）链 C 18–1206（1189 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.56 Å
7X25 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class4 (2u1d RBD with 3Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 1–1290（1290 aa）链 I 1–1290（1290 aa）链 J 1–1290（1290 aa）	突变：V1060P, L1061P 突变：V1060P, L1061P 突变：V1060P, L1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7X28 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class3 (2u1d RBD with 2Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–1290（1290 aa）链 G 1–1290（1290 aa）链 I 1–1290（1290 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7X29 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class2 (1u2d RBD with 2Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1290（1290 aa）链 B 1–1290（1290 aa）链 C 1–1290（1290 aa）	突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7X2A MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class1 (1u2d RBD with 1Fab) 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1290（1290 aa）链 B 1–1290（1290 aa）链 C 1–1290（1290 aa）	突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
7YMT Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 2 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 6.55 Å
7YMV Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 1 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 6.74 Å
7YMW Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 4 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 6.05 Å
7YMX Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 2 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.44 Å
7YMY Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 1 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.96 Å
7YMZ Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, intermediate conformation 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.39 Å
7YN0 Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, all RBD-down conformation 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–1291（1275 aa）链 B 17–1291（1275 aa）链 C 17–1291（1275 aa）	突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.	分辨率 4.10 Å

共 22 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K0BRG7_9BETC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–245； UniProt 367–606 作者链 B； PDB构建体 6–245； UniProt 367–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4kqz
沉积日期 deposition_date	2013-05-15
结构标题 title	structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike
关键词 keywords	core subdomain, strand-dominated receptor binding motif, receptor binding, CD26, viral surface, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.59 Å
零角强度 I(0) i0	34673000.00
分子量 molecular_weight	46205.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58062 Å³
包络体积 envelope_volume	71899 Å³
水化壳体积 shell_volume	23859 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.18 Å
包络 Rg envelope_rg	26.60 Å
形状 Rg shape_rg	26.54 Å
总 Rg total_rg	27.40 Å
总原子数 total_atoms	3244
残基数 n_residues	416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8777
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.458
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.281
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	4474000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.892

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S protein
分子量 formula_weight	27599.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3307

ADGIQEAKPSGSVVEQAEGVECDFSPLLSGTPPQVYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFSVNDFTCSQISPAAIASNCYSSLILDYFSYPLSMKSDLSVSSAGPISQFNYKQSFSNPTCLILATVPHNLTTITKPLKYSYINKCSRLLSDDRTEVPQLVNANQYSPCVSIVPSTVWEDGDYYRKQLSPLEGGGWLVASGSTVAMTEQLQMGFGITVQYGTDTNSVCPKLEFANDTKIASQLGNCVEYHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human betacoronavirus 2c EMC/2012
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1235996
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4kqzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

结构域编号 domain_id	4kqzA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4kqzB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain

结构域编号 domain_id	4kqzB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.977 Å
晶胞边长 b length_b	108.473 Å
晶胞边长 c length_c	125.925 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.514 Å
最低分辨率 resolution_low	49.813 Å
R 因子 r_factor	0.2101
R_work r_work	0.2079
R_free r_free	0.2509

fit	/app/data/saxs_computation/kq/4kqz/4kqz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kq/4kqz/4kqz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kq/4kqz/4kqz.dat

structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction